حضرت زکریا (ع) همیشه اهل دعا و راز و نیاز بود، ولی دیدن منظره غذاهای بهشتی کنار محراب حضرت مریم (ع)، و استجابت دعاهای مریم (ع)، گویی جرقهای بود که چاشنی قلب او را منفجر کرد و سخت تحت تأثیر قرار گرفت. سالها بود تقاضای فرزندی از خدا نموده بود، تا پس از او وارث او گردد، ولی نتیجه نگرفته بود. شاید زکریا (ع) دیگر امید نداشت تا دارای فرزند شود، زیرا هم خودش به نهایت پیری رسیده بود و هم همسرش پیر شده بود، چنان که از ابن عباس نقل شده: «زکریا صد و بیست سال داشت، و همسرش دارای نود و هشت سال بود.» اما دیدار منظره میوههای بهشتی تابستانی در فصل زمستان و به عکس، روح و جان او را سرشار از امید کرد، و دریافت که میتواند در فصل پیری دارای میوه فرزند شود، چنان که مریم (ع) در غیر فصل میوه، دارای میوههای گوناگون شده است.
در همین جا بود که به خدا عرض کرد: «رب هب لی من لدنک ذریه طیبه إنک سمیع الدعاء؛ خداوندا! از طرف خود فرزند پاکیزهای (نیز) به من عطا فرما، که تو دعا را میشنوی.» (آل عمران/ 38) طولی نکشید که فرشتگان در آن موقع که او در محراب ایستاده و مشغول نیایش بود صدا زدند: «که هان ای زکریا! خداوند تو را به یحیی بشارت میدهد، در حالی که کلمه خدا (حضرت عیسی (ع)) را تصدیق میکند و آقا و رهبر خواهد بود، و از هوی و هوس برکنار، و پیامبری از صالحان است.» (آل عمران/ 39). زکریا (ع) (که به چگونگی داشتن فرزند در سنین پیری میاندیشید) گفت: «پروردگارا! چگونه ممکن است فرزندی برای من باشد در حالی که پیری به من رسیده، و همسرم نازا است.» خداوند به او فرمود: «این گونه خداوند هر کاری را که بخواهد انجام میدهد.» زکریا (ع) که میخواست قلبش سرشار از یقین گردد و ایمانش به مرحله شهود برسد (چنان که ابراهیم خلیل (ع) برای آرامش قلبش، تقاضای مشاهده صحنه معاد کرد) از این رو به خدا عرض کرد: «پروردگارا! نشانهای برای من قرار ده!» خداوند فرمود: «آیتک ألا تکلم الناس ثلاثه أیام إلا رمزا و اذکر ربک کثیرا و سبح بالعشی و الإبکار؛ نشانه تو آن است که سه روز جز به اشاره و رمز با مردم سخن نخواهی گفت (و زبانت بدون علت ظاهری از کار میافتد) پروردگارت را (به شکرانه این نعمت) بسیار یاد کن، و به هنگام صبح و شام او را تسبیح بگو.» (آل عمران/ 41)
زکریا از محراب عبادتش به سوی مردم آمد و با اشاره به آنها گفت: «صبح و شام (به شکرانه این نعمت) خدا را تسبیح گویید.» (مریم/ 11) آری این علامت آشکار شد، زکریا (ع) دید بدون علت زبانش بسته شد ولی هنگام ذکر خدا، زبانش گشوده میشد، او از همین راه دریافت و یقین کرد همان خدایی که زبان بسته را برای ذکر میگشاید، قادر است که رحم بسته (بر اثر نازایی) را بگشاید و از آن، فرزندی به وجود آورد. او در این سه روز، با اشاره لبها و تکان دادن سر، با مردم سخن میگفت، و بقیه را به ذکر خدا و سپاسگزاری پروردگار به خاطر بشارت به داشتن فرزند اشتغال داشت. طولی نکشید که همسر زکریا (ع) احساس بارداری کرد، و پس از مدتی یحیی (ع) چشم به جهان گشود و حضرت زکریا و همسرش، پس از سالها امید و آرزو دارای فرزندی مبارک شدند. شاید این حادثه مقدمهای بود تا اذهان مردم برای تولد حضرت عیسی (ع) بدون پدر آماده گردد، و بدانند همان خدایی که قادر است از زن و شوهر پیر فرزندی به وجود آورد، قدرت آن را دارد که به بانویی بدون شوهر، فرزندی بدهد. به هر حال باید به خدا توکل کرده و قدرت بیکران او را باور نمود و نسبت به الطاف ذات اقدس او امید سرشار داشت.
حضرت زکریا (ع) از درگاه خداوند خواست تا نامهای پنج تن آل عبا را به او بیاموزد. خداوند نام آنها را به او آموخت. زکریا (ع) هر گاه نام محمد (ص)، علی (ع)، فاطمه (س) و حسن را به زبان میآورد، غم و اندوه از او برطرف میشد. ولی وقتی که نام حسین (ع) را به زبان میآورد، بیاختیار منقلب شده و اشکهایش جاری میگشت و نفسهایش به شماره میافتاد. روزی به خدا عرض کرد: «خداوندا! چه شده که وقتی نام محمد (ص)، علی (ع)، فاطمه (س) و حسن (ع) را به زبانم میآورم، اندوهم برطرف میگردد، ولی همین که نام حسین (ع) را به زبان میآورم منقلب میشوم و اشکهایم سرازیر میشود؟» خداوند ماجرای جانسوز شهادت حسین (ع) را به او خبر داد و فرمود: «کهیعص» کاف اشاره به کربلا است، هاء اشاره به هلاکت عترت حسین (ع) است، یاء اشاره به یزید ستمگر است که موجب ظلم به حسین (ع) میشود، عین اشاره به عطش حسین (ع) است، و صاد اشاره به صبر او است.
وقتی زکریا قصه حسین (ع) را شنید، سه روز از مسجد بیت المقدس بیرون نیامد و برای مصائب حسین (ع) گریه و ناله کرد و گفت: «خدایا! آیا علی و فاطمه (ع) را به چنین مصیبت جانسوزی مبتلا میکنی؟!» آن گاه عرض کرد: «خدایا! به من فرزندی بده که در این سنین پیری چشمم از او روشن گردد. سپس علاقه آن فرزند را در قلبم بیفکن، آن گاه همان گونه که محمد (ص) حبیبت، را به فاجعه جانسوز قتل فرزندش مبتلا کردی، مرا نیز به فاجعه جانسوز قتل پسرم مبتلا گردان تا من نیز همدرد پیامبر اسلام گردم.» خداوند حضرت یحیی (ع) را به زکریا داد و همین حضرت یحیی (ع) به خاطر نهی از منکر، به فرمان طاغوت زمان، کشته شد و سرش را در میان طشت طلا نهادند، و جریان شهادتش شبیه شهادت حسین (ع)، جانسوز بود. (بحار، ج 14، ص 178)
سالها بود که حضرت زکریا (ع) از تنهایی و نداشتن فرزند که یار و یاور او باشد رنج میبرد، و با امیدی سرشار به خدا دل میبست و از خدا میخواست که او را تنها نگذارد. سرانجام خداوند او را از تنهایی بیرون آورد، و یحیی (ع) را به او داد، و زندگی او و همسرش را با داشتن چنین فرزندی نورانی، سامان بخشید. خداوند از این رو آنها را مورد الطاف سرشارش قرار داد که در انجام نیکیها سرعت مینمودند و همواره به خاطر عشق به رحمت خدا، و ترس از عذاب او، او را میخواندند، و خضوع و اخلاص خاصی در در خانه خدا داشتند. (انبیاء/ 89- 90) یحیی (ع) همدم و مونس خوبی برای پدر و مادرش بود، و عصای پیری آنها در جهت ظاهر و باطن به شمار میرفت، و به راستی که آنها را از تنهایی بیرون آورد، و یار و فرزند صالحی برای آنها شد. آری کسانی که با قلبی صاف و پاک، و اخلاصی بیشائبه به درگاه خداوند بروند این گونه به نتیجه درخشان میرسند، و زندگی با صفا و درخشنده پیدا مینمایند.
هنگامی که حضرت مریم (ع) به قدرت الهی بدون شوهر باردار شد، شیطان وسوسهگر به میان بنی اسرائیل رفت و این تهمت ناجوانمردانه و بسیار زشت را به مردم القاء کرد که اگر مریم (ع) باردار شده، کار زکریا (ع) است. همین تهمت ناجوانمردانه باعث شد که عدهای از اشرار تصمیم گرفتند حضرت زکریا را به قتل برسانند. و از بعضی از تواریخ استفاده میشود که طاغوت عصر زکریا، حضرت یحیی (ع) پسر زکریا (ع) را به خاطر نهی از منکری که نموده بود، کشت. زکریا از قتل یحیی با خبر شد، خود احساس خطر کرد، چرا که طاغوت میخواست او را نیز بکشد، زکریا گریخت و به بوستانی که در نزدیک مسجد بیت المقدس بود وارد شد و در آن جا تنه درختی باز شد و به زکریا پناه داد، و سرانجام با راهنمایی ابلیس، مأموران طاغوت آمدند و آن درخت را قطعه قطعه نموده و در نتیجه حضرت زکریا با وضع دلخراشی به شهادت رسید. (بحار، ج 14، ص 189) بنابراین علت قتل زکریا، تهمت مذکور نبوده است. به هر حال به همین منظور به سوی او هجوم بردند. او از دست آنها گریخت. در بیابان به نزدیک درختی رسید. آن درخت به زبان آمد و گفت: «ای پیامبر خدا! نزد من بیا.» زکریا کنار آن درخت رفت، درخت شکافته شد، زکریا به داخل تنه درخت رفت، سپس تنه درخت به هم پیوست و به این ترتیب آن درخت به زکریا (ع) پناه داد. ابلیس به آن جا رسید و گوشهای از عبای زکریا (ع) را گرفت و در بیرون درخت نگه داشت، سپس دید گروهی در جستجوی کسی هستند، از آنها پرسید «در جستجوی چه کسی هستید؟» گفتند: «در جستجوی زکریا (ع) هستیم.»
ابلیس گفت: «او کنار این درخت آمد و جادو کرد، بر اثر سحر و جادوی او تنه این درخت شکافته شده او به درون این درخت رفت. نشانهاش همین قسمت عبای او است که در بیرون درخت مانده است.»
آنها تبر تهیه کردند و هم چنین اره آوردند و آن درخت را قطع کرده سپس با اره قطعه قطعه کردند، به این ترتیب حضرت زکریا (ع) مظلومانه در میان آن درخت به شهادت رسید.
در پاره اى از نقل هاست که علت خروج زکریا از شهر بیت المقدس آن بود که یهودیان آن بزرگوار را متهم به زناى با مریم کردند، زیرا کس دیگرى جز او نزد مریم رفت و آمد نمى کرد و مریم نیز بدون داشتن شوهر حامله شده بود. یهود گفتند: «این کورک از زکریاست.» و شیطان نیز به این شایعه کمک کرد و یهود را بر ضد زکریا تحریک نمود و آن حضرت ناچار شد از شهر خارج شود و به آن باغ پناه ببرد، ولى یهودیان به تعقیب آن حضرت آمدند و چنان که ذکر شد، در آن باغ میان آن درخت او را شهید کردند و طبق نقلى آن درخت نزد یهود مقدس بود و حاضر به قطع آن نبودند، اما شیطان سرانجام آن را قطع کردند. سپس خداوند تعالى براى انتقام خون یحیى و زکریا خبیث ترین مردم را بر آن ها مسلط کرد و جمع بى شمارى از آن ها را به انتقام ریختن خون پاک آن دو پیغمبر بزرگوار به دیار نابودى فرستاد و بیت المقدس را ویران کرد. پس از شهادت زکریا (ع) خداوند فرشتگان را کنار پیکر مطهر او فرستاد. آنها آمدند و بدن زکریا (ع) را غسل دادند و کفن کردند، و سه روز پشت سر هم آمدند و نماز بر آن خواندند، سپس او را به خاک سپردند. (بحار، ج 14، ص 179) جنازه آن بزرگوار در بیت المقدس دفن شد و قبر آن حضرت در آنجاست.