رسول اکرم (ص) حدود پانزده روز در قباء در خانه کلثوم ابن هدم ساکن شده و سپس به سمت داخل مدینه حرکت کرد.
مدینه که در آن روز یثرب نامیده می شد عبارت از منطقه ای بود که طوایف اوس و خزرج و نیز قبایل مختلف یهودی در آن سکونت داشتند. این منطقه در میان دو رشته از سنگلاخهای سیاه و سخت قرار داشت که به آنها «حره» گفته می شد. مجموع منطقه، حره ی دیگری نیز داشت که از ناحیه دیگری این منطقه را محدود می کرد. قباء در حره غربی قرار داشت و رسول الله (ص) آنجا را به سمت مرکز این منطقه داخل مدینه ترک گفت. محلی که پیامبر (ص) به سمت آن حرکت کرد محله بنونجار بود. محله بنو نجار جمعیت بیشتری نسبت به مناطق دیگر داشت و از این جهت پایگاه بهتری برای تبلیغ و گسترش اسلام محسوب می شد. در مورد نام یثرب و تغییر نام آن به مدینه گفته اند که چون یثرب معانی قبیح و زننده ای داشت فلذا از زمان هجرت پیامبر (ص) به آنجا نام آن را عوض کرده و نامهای زیبایی همچون «مدینه الرسول» و «طیبه» بر آن نهادند.
در مورد زمان خروج پیامبر از قباء و حرکت ایشان به داخل مدینه گفته اند این سفر روز جمعه صورت گرفته و پیامبر به سمت «رانوناء» حرکت کردند و در همانجا نماز جمعه را برقرار نمودند. طبق نقل برخی مورخین این نماز جمعه اولین نماز جمعه ای است که پیامبر با مردم اقامه فرمودند و بعدها در محلی که آن حضرت نماز جمعه خواندند مسجدی به نام «مسجدالجمعه» ساخته شد که اکنون نیز به شکل زیبائی بازسازی شده است. از ماجراهای مورد اتفاق مورخین در سفر رسول اکرم (ص) به مدینه، ماجرای انتخاب محل سکونت ایشان است. تمامی منابع موجود در این امر متفق اند که رسول اکرم (ص) در انتخاب محل سکونتشان مستقیما دخالت نکردند بلکه در برابر خواسته های متعدد طوایف مختلف انصار که خواستار توقف آن حضرت در نزد خود بودند می فرمودند هر جا شترشان توقف کردند همانجا اقامت خواهند کرد و همچنین می فرمودند: «انی امرت بقریه تاکل القری»؛ «من مامور شده ام در محله ای ساکن شوم که از نظر وسعت و گنجایش، ظرفیت در برگرفتن دیگر قریه ها را در خود داشته باشد». در واقع آن حضرت به دنبال منطقه ای بودند که آمادگی لازم برای تبدیل شدن به مرکز مسلمین را داشته باشد و بتواند طوایف مختلف را پذیرا باشد. در نهایت شتر آن حضرت در میان طایفه «نومالک بن نجار» فرود آمد و در این وقت ابو ایوب پیش از دیگران اثاثیه ایشان را به منزل برد و آن حضرت نیز در برابر درخواست دیگران فرمود: «هر کس باید همراه اثاثیه خود باشد» و با این فرموده هم از ناراحت شدن دیگران جلوگیری فرمودند و هم از مهمان نوازی ابو ایوب تقدیر لازم را داشتند.
آن طور که در منابع تاریخی آمده منزل ابو ایوب دو طبقه بود و در هر طبقه تنها یک اتاق داشت، در طبقه اول پیامبر اکرم (ص) و در طبقه ی فوقانی ابو ایوب و همسرش ساکن شدند.
همچنان که گذشته محل فرود آمدن شتر پیامبر زمینی متعلق به بنی نجار بود گفته شده که در این زمین درختان نخل و نیز قبوری از مشرکان وجود داشت و این زمین توسط پیامبر اکرم (ص) خریداری و پس از صاف کردن به عنوان مسجد مورد استفاده قرا گرفت. البته نقل دیگری نیز هست که محل فرود آمدن شتر را زمینی متعلق به دو کودک یتیم می داند؛ طبق این نقل زمین مذکور برای خشک کردن خرما توسط آن دو یتیم مودر استفاده قرار می گرفته و پس از مدتی مسلمانان در آن ساخته شده است. از نکات دگر قابل ذکر در مورد هجرت به مدینه، ایجاد انس و محبت و وحدت و هم دلی میان مسلمانان است به همین منظور میان گروه انصار و مهاجرین برادری برقرار شد و انصار بسیاری از اموال خود را در اختیار مهاجرین قرار دادند. خداوند متعال در توصیف انصار می فرماید: «الذین تبوء الدار و الایمان من قبلهم یحبون من هاجر الیهم و لا یجدون فی صدورهم حاجه مما اوتوا و یوثرون علی انفسهم و لو کان بهم خصاصه»؛ «کسای که در این سرا (یعنی سرزمین مدینه) و در سرای ایمان پیش از مهاجران مسکن گزیدند و کسانی را که به سویشان هجرت کنند دوست می دارند و در دل خود نیازی به آنچه به مهاجران داده شده احساس نمی کنند و آنها را بر خود مقدم می دارند هرچند خودشان بسیار نیازمند باشند». (حشر/ 9).
میزان ارادت و عنایت انصار نسبت به مهاجران جدا ستودنی بوده و ماجراهای مختلفی در این خصوص در کتب تاریخی ذکر شده من جمله نقل است که انصار برای بردن مهاجران به خانه های خود به نزاع با یکدیگر پرداخته و با قرعه کشی مشخص می کردند که هر یک از مهاجران به منزل چه کسی برده شود. و نیز نقل است که انصار هر مقدار زمین اضافی داشتند همه را به رسول اکرم (ص) هدیه کرده و گفتند اگر آن حضرت امر کند حاضرند حتی خانه هایشان را نیز در اختیار آن حضرت قرار دهند. رسول اکرم (ص) با دریافت زمین های اضافی انصار و واگذاری آنها به مهاجران و همچنین با واگذاری برخی زمین های بدون صاحب به ایشان زمینه را برای اسکان مهاجران آماده فرمودند البته در ابتدای هجرت به علت کمبود جا عده ای از مهاجران بدون مسکن مانده و بر روی سکوی مسجد منزل گزیدند و بدین جهت به «اصحاب صفه» مشهور شدند اما کم کم با گسترش زمین های مسکونی و با همت انصار و مهاجرین؛ مدینه بسیار آباد گشته و به مرکزی مستحکم برای اسلام تبدیل شد.