قتل عثمان خود مولود فتنه هایی بود و باب فتنه هایی دیگر را بر جهان اسلام گشود که قرنها دامنگیر اسلام شد و آثار آن هنوز باقی است. از مجموع سخنان علی در نهج البلاغه بر می آید که بر روش عثمان سخت انتقاد داشته است و گروه انقلابیون را ذیحق می دانسته است. در عین حال قتل عثمان را در مسند خلافت به دست شورشیان با مصالح کلی اسلامی منطبق نمی دانسته است.
پیش از آنکه عثمان کشته شود علی این نگرانی را داشته است و به عواقب وخیم آن می اندیشیده است. اینکه جرایم عثمان در حدی بود که او را شرعا مستحق قتل کرده بود یا نه و دیگر اینکه آیا موجبات قتل عثمان را بیشتر اطرافیان خود او به عمد یا به جهل فراهم کردند و همه راهها را جز راه قتل عثمان بر انقلابیون بستند، یک مطلب است و اینکه قتل عثمان به دستور شورشیان در مسند خلافت به مصلحت اسلام و مسلمین بود یا نبود، مطلب دیگر است.
از مجموع سخنان علی بر می آید که آن حضرت می خواست عثمان راهی را که می رود رها کند و راه صحیح عدل اسلامی را پیشه نماید. و در صورت امتناع، انقلابیون او را برکنار و احیانا حبس کنند. و خلیفه ای که شایسته است روی کار بیاید، آن خلیفه که مقام صلاحیت دار است بعدها به جرایم عثمان رسیدگی کند و حکم لازم را صادر نماید. لهذا علی نه فرمان به قتل عثمان داد و نه او را علیه انقلابیون تایید کرد.
تمام کوشش علی در این بود که بدون اینکه خونی ریخته شود خواسته های مشروع انقلابیون انجام شود، یا عثمان خود علیه روش گذشته خود انقلاب کند و یا کنار رود و کار را به اهلش بسپارد. علی درباره دو طرف اینچنین قضاوت کرد: «استاثر فاساء الاثرة و جزعتم فاساتم الجزع.» (نهج البلاغه/ خطبه 30)
یعنی عثمان روش مستبدانه پیش گرفت همه چیز را به خود و خویشاوندان خود اختصاص داد و به نحو بدی این کار را پیشه کرد و شما انقلابیون نیز بیتابی کردید و بد بیتابی کردید. آنگاه که به عنوان میانجی خواسته های انقلابیون را برای عثمان مطرح کرد، نگرانی خود را از اینکه عثمان در مسند خلافت کشته شود و باب فتنه ای
بزرگ برای مسلمین باز شود به خود عثمان اعلام کرد.
فرمود: «و انی انشدک الله الا تکون امام هذه الامه المقتول، فانه کان یقال: یقتل فی هذه الامة امام یفتح علیها القتل و القتال الی یوم القیامه، و یلبس امورها علیها، و یبث الفتن فیها، فلا یبصرون الحق من الباطل، یموجون فیها موجا، و یمرجون فیها مرجا؛ من تو را به خدا سوگند می دهم که کاری نکنی که پیشوای مقتول این امت بشوی زیرا این سخن گفته می شد که در این امت یک پیشوا کشته خواهد شد که کشته شدن او در کشت و کشتار را بر این امت خواهد گشود و کار این امت را بر او مشتبه خواهد ساخت و فتنه ها بر این امت خواهد انگیخت که حق را از باطل نشناسند و در آن فتنه ها غوطه بخورند و درهم بیامیزند.» (نهج البلاغه/ خطبه 164)
آن حضرت در زمان عثمان رو در روی او و یا در غیاب او بر او اعتراض و انتقاد می کرده است. همچنانکه بعد از درگذشت عثمان نیز انحرافات او را همواره یاد می کرده است و از اصل: اذکروا موتاکم بالخیر که گفته می شود سخن معاویه است و به نفع حکومت ها و شخصیت های فاسد گفته شده که سابقه شان با مردنشان لوث شود تا برای نسل های بعدی درسی و برای حکومت های فاسد بعدی خطری نباشد پیروی نکرده است.