پادشاه سوریه ظلم و ستم بر بنی اسرائیل را به اوج خود می رساند. او مردم را مجبور می سازد، تا از آیین خود دست برداشته، شعایر دینی پادشاه را انجام دهند. سرانجام یکی از کاهنان یهود به نام متتیا همراه با پنج پسر خود سر به شورش می زند و عده زیادی از بنی اسرائیل با او همراه می شوند. متتیای کاهن که متتیای حشمونایی خوانده می شد، نهضتی را پایه گذاری کرد که پس از سالها جنگ و گریز و مقاومت، سرانجام به استقلال بنی اسرائیل و کشور یهودا انجامید. متتیا چون سالخوره شد و مرگ خود را نزدیک دید، فرزندش یهودا را به جانشینی خود برگزید؛ کسی که به سبب شجاعت در نبردها «مکابی» (چکش، کوبنده) خوانده می شد و به همین مناسبت، او و پیروان و جانشینانش گاه مکابیان خوانده می شوند.
یهودای مکابی با دشمنان جنگهای بسیاری انجام داد و لطمات زیادی به آنان وارد کرد. او در یکی از جنگها کشته شد و یکی از برادرانش رهبری سپاهیان را بر عهده گرفت. سرانجام در زمانی که کشور سوریه دچار اعتشاش داخلی شده بود و آخرین پس متتیا به نام شمعوم رهبری نهضت را بر عهده داشت، این نهضت به پیروزی نهایی رسید و کشور یهودا در سال 142 قبل از میلاد استقلال خود را به دست آورد. بدین ترتیب، حکومت سلسله ای بر کشور یهودای مستقل آغاز گشت که مکابیان حشمونائی ها خوانده می شدند. سر سلسله این خاندان، شمعون فرزند متتیا بود که مانند پدر و برادران خود مقام کاهن بزرگ یهودیان را نیز بر عهده داشت. سرانجام شمعون با توطئه خارجیان و خیانت یکی از نزدیکانش کشته شد، اما فرزندان او یکی پس از دیگری بر سرزمین یهودا حکومت کردند. کتاب اول مکابیان، (از کتابهای ابوکریفایی عهد قدیم) ماجرای قیام متتیا، مبارزات او و فرزندانش، آزادی یهود، به حکومت رسیدن شمعون، کشته شدن او و جانشینی پسرش را به تفصیل نقل کرده است.
یونانیان با خود فرهنگ یونانی را به سرزمین یهودا آوردند و گروههایی به این فرهنگ گرایش یافتند که «هلنیست» خوانده می شدند. در مقابل این گرایش، گروه دیگری نیز ظهور کرد که «حسیدیم» خوانده می شد. این گروه به سختی به سنت دینی یهود پایبند بود و هر گونه گرایش به فرهنگ بیگانه را به شدت رد می کرد. بعدها از این دو گرایش، دو فرقه دینی متولد شد که صدوقیان و فریسیان نام گرفتند. نویسنده ای یهودی درباره ظهور این دو فرقه و تفاوتهای عقیدتی آنان می گوید صدوقیان که در زبان عبری "صدوقیم" خوانده می شوند، نام خود را از صدوق کاهن بزرگ زمان داود و سلیمان گرفته بودند. ایشان بیش از حد تحت تأثیر فلسفه هلنیسم قرار گرفته بودند و عقیده داشتند که بسیاری از رسوم بیگانگان از قبیل طرز لباس پوشیدن، فرهنگ و زبان را می توان تقلید کرد. ایشان به تقلید از تمام مظاهر دنیای خارج معتقد بودند. صدوقیان اغلب از بازرگانان ثروتمند و مأموران دولت بودند که بنا به اقتضای شغلشان با سایر اقوام و ملل تماس حاصل می کردند.
آنان معتقد بودند که اگر مردم یهودا را همرنگ و هم عقیده سایر ملتهای جهان نمایند، خواهند توانست آن را به صورت کشوری نیرومند در آورند. ایشان می خواستند خرماها، انجیرها، پرتقال ها و انارهای های شیرین و لذیذی را که به حد وفور در سرزمین یهودا تولید می شد به خارج از کشور صادر نمایند، و در مقابل عاجهای گرانبها، ظروف بلوری ظریف و فرشهای ذی قیمتی را که در ممالک دیگر ساخته می شد به کشور خود وارد کنند. این عمل به خودی خود ممکن بود برای یهودا خوب باشد، ولی صدوقیان فکر می کردند که تنها راه توسعه تجارتشان این است که تا آنجا که ممکن باشد به صورت اقوامی که با آنها ارتباط بازرگانی دارند در آیند. صدوقیان علاقه مند به ثروتمند و نیرومند کردن یهودا بودند. ایشان حاضر به انجام هر کاری حتی اقدام به جنگ برای رسیدن به مقصود خود بودند.
اکثر کاهنان و اعیان و اشراف عضو سنهدرین، از صدوقیان بودند. اقلیتی از اعضاء سنهدرین که با صدوقیان هم عقیده نبودند، خود را از هلنیست ها جدا ساخته بودند. در زبان عبری به افرادی که خود را از دیگران جدا می سازند نام پروشیم (جمع پاروش به معنی جدا شده) اطلاق می شود. بدین جهت این گروه را «پروشیم» یا «فریسیان» می خواندند. برای نام «جدایی طلب» یا خوارج که به فریسیان داده شده بود، علت دیگری هم وجود داشت. ایشان معتقد بودند که قوم یهود باید قومی مجزا از دیگران باشد و نباید از سایر اقوام دنیا تقلید کند و یا با آنها مخلوط شده و در هم آمیزد. فریسیان می گفتند که یهودا نباید به بهای از دست دادن مذهب و فرهنگ خود به ثروت و دولت برسند. موفقیت در بازرگانی و داشتن اسبان زیبا و خانه های مجلل با اهمیت تر از آموختن تورات و اجرای فرامین آن نیست. آنان می گفتند سیاست صدوقیان تنها می تواند به جنگ منتهی شود، زیرا یهودا به تدریج تجملات و تفریحات بیشتری را آرزو خواهد کرد و روز به روز آزمندتر و حریص تر خواهد شد. فریسیان معتقد بودند که حتی بزرگ ترین گنج های دنیا نمی تواند توجیه کننده جنگ باشد. آنچه ایشان می خواستند این بود که قوم یهود را قومی مذهبی و مومن به قوانین تورات نگاه دارند.
اما مهمترین فرق بین صدوقیان و فریسیان طرز تفکر ایشان نسبت به دنیای خارج نبود، بلکه مربوط به طرز تفکر ایشان درباره خود تورات بود. صدوقیان تنها قوانین مرقوم در پنج سفر تورات را که «تورات مکتوب» خوانده می شود قبول داشتند. ایشان به قوانین و مقرراتی که توسط یهودیان اجرا می گردد اما در تورات ثبت نشده است اعتقاد نداشتند، و این خود یک اختلاف جدی بود. زیرا صدوقیان با تفسیرهایی که توسط عزرا و اعضای «مجمع کبیر» (کنست هگدولا) به عمل آمده بود موافقت نداشتند. این تفسیرها «تورات شفاهی» نام دارند و مطالبی هستند که تورات مکتوب را تشریح کرده و دستوراتش را مفهوم و قابل اجرا می سازند. تورات شفاهی شامل بسیاری از آداب و رسوم است که در تورات مکتوب ثبت نشده و همین تورات شفاهی است که قوانین دینی را برای یهودیان روشن تر و اجرای آن را آسان تر می سازد، ولی صدوقیان از پذیرش آن خودداری می کردند.
ایشان معتقد بودند که فقط قوانین و دستورات مندرج در تورات مکتوب است که باید اجرا گردد. فریسیان هر دو تورات مکتوب و شفاهی را یکسان مقدس می دانستند. ایشان می دانستند که تعالیم عزرا و کاتبان و سایر دانشمندان یهود از درگاه الهی الهام شده است. آنان این تعالیم را به صورت جزئی از تورات مکتوب و مکمل آن می پذیرفتند، و تورات شفاهی برای ایشان دارای همان اهمیت تورات مکتوب بود. همان گونه که از این فقره بر می آید، دو فرقه صدوقیان و فریسیان علاوه بر اختلافی که در برخورد با فرهنگ یونانی داشتند، در آموزه های بنیادین عقیدتی نیز هم نظر نبودند در حقیقت، همه اختلافات عقیدتی آنان از نگرش آنان به کتاب مقدس ناشی می شد. صدوقیان تنها ظاهر عبارت پنج سفر تورات را معتبر می دانستند و هیچ گونه شرح و تفسیر از این کتاب را اجازه نمی دادند. در مقابل، فریسیان علاوه بر پنج سفر تورات، دیگر نوشته های عهد قدیم را قبول داشتند. اینان علاوه بر این معتقد بودند که سنتی شفاهی (که تورات شفاهی خوانده می شد) از حضرت موسی باقی مانده که مطالب مندرج در تورات مکتوب را شرح و تفسیر می کند.
اختلاف درباره کتاب مقدس، دو اختلاف عقیدتی دیگر را در پی داشت از آنجا که در تورات ذکر صریحی از معاد و زندگی پس از مرگ و نیز ملائکه و فرشتگان نیامده، بلکه در دیگر قسمتهای عهد قدیم بیان شده، فرقه صدوقیان (که فقط تورات را قبول داشتند) به این دو آموزه معتقد نبودند؛ حال آنکه فریسیان آنها را قبول داشتند. اختلاف دیگر این دو فرقه این بود که صدوقیان بر اجرای مراسم دینی در معبد بیت المقدس تأکید می کردند، اما فریسیان انجام دادن این امور را در جاهای دیگر نیز اجازه می دادند.
در طول دوره حکومت مکابیان نزاع بین این دو فرقه به شدت در جریان بود و در این میان، پادشاهان مکابی به گونه ای هر دو گروه را حفظ می کردند. در همین هنگام، یکی از این پادشاهان به نام یوحنای هیرکانوس از قدرت روز افزون فریسیان بیمناک شده، به سوی صدوقیان متمایل شدند؛ در نتیجه حکومت یهودا استقلال خود را از دست داد. به مرور زمان اختلاف مابین این دو فرقه اشتداد یافت. وقتی که یوحنا هیرکانوس حکمران مکابی از قوت روز افزون جماعت فریسیان بیمناک گشت و با صدوقیان روی موافقت نشان داد، فریسیان از حمایت سلاطین خویش خودداری کردند و به مخالفت و خصومت با آنها برخاستند و شورش ها و طغیان ها در مملکت یهودیه به وقوع پیوست و خونریزی و قتل و سفک فراوان روی داد.
بالاخره کار به جنگ داخلی انجامید و ناگزیر طرفین از سردار رومی پومپئی، که در آن وقت حکمران شام بود، قضاوت و دادرسی خواستند. وی نیز فرصت را غنیمت شمرده، در سال 63 ق. م از شام به فلسطین تاخت و آن مملکت را در قبضه تسخیر خود در آورد و از آن پس کشور یهودیه یکی از ایالات تابع رم شد. اما نویسنده دیگر یهودی با نگاهای دیگر، ماجرا را اندکی متفاوت نقل می کند. شلومیت آلکساندرا دارای دو پسر به نام های آریستوبولوس و هیرکانوس دوم بود. آریستوبولوس پیرو مرام صدوقیان و از برادرش قوی تر بود. هنگامی که ملکه در بستر مرگ افتاد، او اقدام به قیام نمود. او می دانست که مادرش در نظر دارد هیرکانوس را به جانشینی خود برگزیند، در حالی که او این مقام را حق خود می دانست. به مجردی که شلومیت در گذشت، جنگ داخلی بین دو برادر آغاز شد. دو برادر به مدت چهار سال به سختی با یکدیگر جنگیدند. بسیاری از یهودیان کشته شدند و خون بی گناهان زیاد بر زمین ریخته شد. در این ضمن دولت روم روز به روز قوی تر می شد و کشوری پس از کشور دیگر را تسخیر می نمود.
اکنون پمپئی فرمانروای آن سامان در سوریه به سر می برد ولی هنور روم به یهودا حمله ای نکرده بود. دو برادر نزد پمپئی چنین اندیشید که بهترین راه تسخیر یهودا آن است که برادر قوی تر یعنی آریستوبولوس را از سر راه خود بردارد. علت این امر این بود که در صورتی که برادر ضعیف تر را انتخاب می کرد، می توانتس میان وفادارن دولت یهودا تفرقه انداخته و بدین ترتیب حکومت آن را در دست گیرد. در این، حال یک نفر ادومی به نام آنتی پاتر که سالها پیش طبق فرمان آلکساندرینای، یهودی شده بود، به تشویق هیرکانوس، برادر ضعیف تر پرداخت تا راهنمایی پمپئی را بپذیرد. هیرکانوس این پیشنهاد را با خوشحالی پذیرفت.
آرستوبولوس از دسیسه ای که پمپئی علیه او چیده بود آگاه شد و با سربازانش به اورشلیم گریخت و به معبد بت همیقداش پناهنده شد. رومیان بی رحمانه به تعقیب ایشان پرداختند. آنان با دستگاه های قلعه خراب کن و نیروهای زیاد خویش مقاومت مدافعان معبد را در هم شکستند در این حمله دوازده هزار نفر از یهودیان کشته شدند. هیرکانوس بیچاره فکر می کرد که پس از آن اعمال می تواند پادشاهی کند. ولی پمپئی نقشه های دیگری داشت. هر چند که او به هیرکانوس اجازه داده بود که عنوان سلطنت را حفظ کند ولی در حقیقت این ادومی یهودی شده نیرنگ باز یعنی آنتی پاتر بود که بر یهودا حکومت می کرد.
آریستوبولوس با پسران و دخترانش به اسارت به روم برده شدند، و این پایان دوران حکومت حشمونائی ها بود. کشور یهودا که در سال 142 قبل از میلاد توسط شمعون حشمونائی قدرت یافته بود، در سال 63 قبل از میلاد قدرت و استقلال خود را از دست داد، و اینک حکمران رومی فرمانروای جدید یهودا شده بود.