اگر کسی ادعا کند که آزادی اندیشه از مختصات اساسی دین اسلام است، این ادعا مبالغه نخواهد بود. دلیل بسیار روشن این مدعا صدها آیات قرآن مجید است که با بیانات گوناگون دستور به تفکر و تعقل و به جریان انداختن شعور و فهم می دهد، اگر اندیشه در واقعیات عالم هستی اعم از واقعیات جهان برون ذاتی و درون ذاتی و دیگر واقعیات عالم هستی، آزاد نبود، خداوند متعال آن همه دستورات اکید به اندیشه بدون تعیین محتوی و تعیین چهارچوب صادر نمی فرمود. نهایت امر چنان که آزادی در عقیده نباید به حدی برسد که حیات آدمی را از قابلیت تفسیر و توجیه ساقط نماید، همچنان نباید آزادی اندیشه در حدی تجویز شود که منجر به سقوط یا بی اعتباری اندیشه گردد. و همچنین نباید آزادی اندیشه مزاحم سایر فعالیت های مغزی و روانی انسان بوده باشد.
آیا می توان حکم به آزادی اندیشه در حدی نمود که نتیجه اش بیهوده یا مضر بودن خود اندیشه بوده باشد!! چنانکه بعضی از متفکر نماها ابراز کرده اند، یعنی گفته اند: بشر از موقعی که اندیشیده و عواطف و احساسات را کنار گذاشته است، گرفتار نکبت و اضطرابات گوناگون گشته است!! آیا می توان ازآن آزادی اندیشه دفاع نمود که ثابت ترین اصول علم و معرفت را مورد تردید و اخلالگری قرار بدهد!! ایا منطقی است که من در اندیشیدن آن اندازه خودم را آزاد تلقی کنم که به اندیشه یا به آزادی دیگران صدمه وارد کنم؟ اگر ما به این قانون ثابت توجه داشته باشیم که خود به جریان انداختن قضایا و مفاهیم در مغز و کشف ارتباطات آنها یا جعل ارتباطات میان آنها به نام اندیشه، هیچگونه ارزشی ندارد، بلکه اینگونه فعالیت های مغزی همان شطرنج بازی های ذهنی است که جز بیهوده تلف کردن انرژی های مغزی و فانی ساختن زندگی در خیالات و تداعی معانی های بی نتیجه، ثمری نخواهد بخشید. آنچه که باید انجام داد اندیشه مفید است و اندیشه مفید عبارتست از آن فعالیت مثبت ذهنی که متفکر را برای کشف واقعیات نائل می سازد، بنابراین، اندیشه بهترین وسیله برای بهترین هدف ها است که وصول به واقعیاتست و خود به تنهایی هدف نیست، چنانکه خود شناخت واقعیات نمی تواند هدف نهایی از علم و معرفت بوده باشد، بلکه واقعیات پس از شناخته شدن، باید مورد استفاده انسانی قرار بگیرد. ممکن است این مسئله مطرح شود که این بیانات موجب سلب آزادی اندیشه از انسان ها خواهد گشت و این کار قطعا به زیان بشریت منتهی می گردد. پاسخ این اعتراض بسیار روشن است، زیرا این بیانات از هدر رفتن حیات آدمی و انرژی های مغزی او درباره قضایای دارای محتویات فاسد و یا قضایای بی نتیجه جلوگیری می نماید نه از آزادی معقول اندیشه، زیرا اندیشه یکی از عالی ترین فعالیترین مغز انسانی است که باید در تنظیم «حیات معقول» بشریت به کار بیفتد. پس چنان که نظریه «هنر برای حیات معقول انسان ها» ارزش قائل شدن به «حیات معقول» انسان ها است نه سانسور هنر، همچنین اندیشه برای حیات معقول انسان ها، برای ارائه ارزش «حیات معقول» انسان هاست، نه سانسور اندیشه. چنانکه تحقیق و کاوش جدی برای تشخیص صلاحیت مواد نوعی قرص برای معالجه سردرد، بیان کننده ارزش جان آدمی است، نه سانسور شیمی و دارو سازی و پزشکی. آنچه که در موضوع آزادی اندیشه به نظر می رسد منطقی ترین راه حل مشکل آزادی اندیشه در ارتباط با حیات معقول انسانی چنین است:
1- اندیشه هایی که مربوط به تحقیق و کشف و تنظیم موضوعات عالم طبیعت و ابعاد طبیعی انسان است که علوم تحقیقی آنها را به عهده گرفته است، بدون قید و شرطی آزاد است مگر در آن موارد که نتایج آنها به ضرر بشریت تمام شود.
2-اندیشه هایی که پیرامون هویت انسانی معنی دار و بایستگی ها و شایستگی های او صورت می گیرد و همچنین اندیشه هایی که پیرامون مسائل مربوط به کل هستی انجام می گیردو در تعیین ارزش و موقعیت انسانی تاثیر می نماید. در این قسم اندیشه ها، بدان جهت که موضوعات و قضایای مورد اندیشه عینیت محسوس ندارند و ذوق ها و آرمانهای پذیرفته شده و شرایط محیطی و فرهنگی و دیگر انگیزه های شخصی و اجتماعی، در طرز اندیشه و انتخاب اصول موضوعه و حتی بدیهی یا نظری تلقی کردن اصول دخالت و تصرف دارند، لذا حتما باید برای حفظ مغزها و روان های افراد جامعه از اختلال و اضطراب و اجتناب از غوطه ور شدن در خیالات، قانونی برای اندیشه وجود داشته باشد که از محذورات فوق جلوگیری فوق جلوگیری نماید. این قانون عبارتست از هدف قرار دادن کشف و شناخت حیات معقول انسان ها در جهانی معقول و هدفدار. فقط با مراعات این قانون است که یک انسان متفکر، نمی تواند هویت انسانی معنی دار در جهان معنی دار را مهره های شطرنج مغز خود تلقی کند و یا موجودیت و ارزش شخصیت ابراهیم خلیل و موسی بن عمران و عیسی بن مریم و محمد بن عبدالله و علی بن ابیطالب (ع) را با موجودیت و ارزش فراعنه شهوتران و خود پرست و طواغیت ضد انسان یکی بشمارد، و یا فطرت پاک و غریزه مقدس کمال جویی انسان را با یک غریزه حیوانی تفسیر و توجیه نماید. ما هیچ چاره ای جز پذیرفتن این قانون نداریم که «چنانکه جهان با شناسایی جهان فرق دارد» همچنین هیچ راهی برای پیمودن راه معرفت نداریم مگر اینکه باید بپذیریم که واقعیت با اندیشه متفاوت است و واقعیت قانون دارد و باید هر اندیشه ای در صدد شناختن و شناساندن آن قانون باشد و با اصطلاح خوشایند «آزادی اندیشه» خود و دیگران را نفریبد، و باید این اصل را هم قبول کنیم که کسی که به جهت علاقه به لذت آزادی اندیشه بی ثمر و بی نتیجه دست از تکاپو و تلاش قانونی اندیشه با نتیجه و مثمر بر دارد، در حقیقت یا فلسفه و حکمت اندیشه را نفهمیده است و یا ضرورت وصول به واقعیت را.