دانشمندان و تذکره نویسان شیعه متفقند که نعش دختر پیغمبر را شبانه به خاک سپردند.
ابن سعد نیز در روایت های خود که از طریق ابن شهاب، عروه، عایشه، زهری و دیگران است گوید فاطمه (ع) را شبانه دفن کردند و علی (ع) او را به خاک سپرد.
بلاذری نیز در روایت خود همین را نوشته است بخاری نیز چنین نویسد:
«شوی او شبانه او را به خاک سپرد و رخصت نداد تا ابوبکر بر جنازه او حاضر شود.»
کلینی که از بزرگان علما و محدثان شیعی است و در آغاز قرن چهارم هجری درگذشته و کتاب خود را در نیمه دوم قرن سوم نوشته و نوشته او از دیرینه ترین سندهای شیعه به شمار می رود، چنین نوشته است:
چون فاطمه (ع) درگذشت. امیرالمومنین او را پنهان به خاک سپرد و آثار قبر او را از میان برد. سپس رو به مزار پیغمبر کرد و گفت:
- ای پیغمبر خدا از من و از دخترت که به دیدن تو آمده و در کنار تو زیر خاک خفته است، بر تو درود باد!
خدا چنین خواست که او زودتر از دیگران به تو بپیوندد. پس از او شکیبائی من به پایان رسیده و خویشتن داری من از دست رفته، اما آنچنان که در جدائی تو صبر را پیشه کردم، در مرگ دخترت نیز جز صبر چاره ندارم که شکیبائی بر مصیبت سنت است. ای پیغمبر خدا! تو بر روی سینه من جان دادی! تو را به دست خود در دل خاک سپردم! قرآن خبر داده است که پایان زندگی همه بازگشت به سوی خداست.
اکنون امانت به صاحبش رسید، زهرا از دست من رفت و نزد تو آرمید.
ای پیغمبر خدا پس از او آسمان و زمین زشت می نماید، و هیچگاه اندوه دلم نمی گشاید.
چشمانم بی خواب، و دل از سوز غم کباب است، تا خدا مرا در جوار تو ساکن گرداند.
مرگ زهرا ضربتی بود که دل را خسته و غصه ام را پیوسته گردانید. و چه زود جمع ما را به پریشانی کشانید. شکایت خود را به خدا می برم و دخترت را به تو می سپارم! خواهد گفت که امتت پس از تو با وی چه ستمها کردند. آنچه خواهی از او بجو و هرچه خواهی بد بگو! تا سر دل بر تو گشاید، و خونی که خورده است بیرون آید و خدا که بهترین داور است میان او و ستمکاران داوری نماید.
سلامی که به تو می دهم بدرود است نه از ملالت، و از روی شوق است، نه کسالت. اگر می روم نه ملول و خسته جانم و اگر می مانم نه به وعده خدا بدگمانم. و چون شکیبایان را وعده داده است در انتظار پاداش او می مانم که هر چه هست از اوست و شکیبائی نیکوست.
اگر بیم چیرگی ستمکاران نبود برای همیشه در کنار قبرت می ماندم و در این مصیبت بزرگ، چون فرزند مرده جوی اشک از دیدگانم می راندم.
خدا گواهست که دخترت پنهانی به خاک می رود. هنوز روزی چند از مرگ تو نگذشته، و نام تو از زبانها نرفته، حق او را بردند و میراث او را خوردند. درد دل را با تو در میان می گذارم و دل را به یاد تو خوش می دارم که درود خدا بر تو باد و سلام و رضوان خدا بر فاطمه.