هجرت از نظر اسلام تنها هجرت مکانى و خارجى نیست، بلکه باید قبل از این هجرت هجرتى از درون آغاز شود، و آن هجرت و دورى از چیزهائى است که منافات با اصالت و افتخارات انسانى دارد، تا در سایه آن براى هجرت خارجى و مکانى آماده شود. و این هجرت لازم است، تا اگر نیازى به هجرت مکانى نداشت، در پرتو این هجرت درونى در صف مهاجران راه خدا در آید. اصولا روح هجرت، همان فرار از ظلمت به نور و از کفر به ایمان، از گناه و نافرمانى به اطاعت فرمان خدا است، و لذا در احادیث مى خوانیم: مهاجرانى که جسمشان هجرت کرده اما در درون و روح خود هجرتى نداشته اند، در صف مهاجران نیستند، و به عکس آنها که نیازى به هجرت مکانى نداشته اند، اما دست به هجرت در درون وجود خود زده اند، در زمره مهاجرانند.
امام على (ع) مى فرماید: «و یقول الرجل هاجرت، و لم یهاجر، انما المهاجرون الذین یهجرون السیئات و لم یاتوا بها»، «بعضى مى گویند مهاجرت کرده ایم در حالى که مهاجرت واقعى نکرده اند مهاجران واقعى آنها هستند که از گناهان هجرت مى کنند و مرتکب آن نمى شوند». بنابراین هجرت پیش از آنکه جنبه برون ذاتى داشته باشد جنبه درون ذاتى دارد، نخست در درون دل و جان هجرتى باید کرد، هجرت از آلودگیها به سوى پاکی ها، هجرت از شرک به ایمان و هجرت از گناه به طاعت پروردگار بزرگ. این هجرت درونى سرآغازى خواهد بود براى تحول فرد و جامعه، و مقدمه اى براى هجرت برونى. قرآن کریم، سه مفهوم مقدس را در بسیاری از آیات خود، توأم آورده است: ایمان، هجرت و جهاد. انسان، موجودی است وابسته به ایمان و وارسته از هر چیزی دیگر. این موجود وابسته به ایمان برای نجات ایمان خود هجرت می کند و برای نجات ایمان جامعه و در حقیقت برای نجات جامعه از چنگال اهریمن بی ایمانی جهاد می نماید. سید مهدى بحرالعلوم در رساله لباب الباب از سه نوع هجرت صغرى و کبری و عظمی نام می برد و می نویسد: انسان چون قبل از عالم خلوص باید مسافر الى الله تعالى دوازده عالم را طى کند، اسلام اصغر و اکبر و اعظم، و ایمان أصغر و أکبر و أعظم، و هجرت صغرى و کبرى و عظمى، و جهاد اصغر و اکبر و اعظم، به همین جهت باید خصوصیات این عوالم و آثار و علائم و موانع و صوارف آنها را نیز بداند. هجرت کبرى یعنی اینکه چون سالک به مرتبه ایمان اکبر رسید باید مهیاى هجرت کبرى گردد، و آن هجرت به تن است از مخالطه اهل عصیان و مجالست اهل بغى و طغیان و أبناء روزگار خوان، و هجرت به دل است از مودت و میل به ایشان، و هجرت به تن و دل است معا از عادات و رسوم متعارفه و اعتباریات و مقرراتى که سالک را از راه خدا باز مى دارد و مانع و عائق سفر او مى گردد، چه عادات و رسوم از مهمات بلاد کفر است. و در هجرت عظمى سالک باید از وجود خود مهاجرت نموده و آن را به طور کلی رها کند و کنار بگزارد و آن مسافرت به عالم وجود مطلق است و به این مرحله ناظر است گفتار بعضى از بزرگان که: «دع نفسک وتعال» خودت را رها کن. و نیز اشاره به این مرحله است قوله تعالى: «فادخلى فی عبادى و ادخلى جنتى»، چه «و ادخلى جنتى» بعد از «فادخلى فی عبادى» (فجر/آیه 29-30)؛ «پس در زمره بندگانم داخل شو و در بهشت من وارد شو»، آمده است.