مهمترین مسأله ای که دانشمندان بزرگ را در این داستان به خود مشغول ساخته ماجراهای سه گانه ای است که این مرد عالم در برابر موسی انجام داد، موسی چون از باطن امر آگاه نبود زبان به اعتراض گشود، ولی بعدا که توضیحات استاد را شنید قانع شد. سؤال این است که آیا واقعا می توان اموال کسی را بدون اجازه او معیوب کرد به خاطر آنکه غاصبی آن را از بین نبرد؟ و آیا می توان نوجوانی را به خاطر کاری که در آینده انجام می دهد مجازات کرد؟! و آیا لزومی دارد که برای حفظ مال کسی ما مجانا زحمت بکشیم و بیگاری کنیم؟! در برابر این سؤالها دو راه در پیش داریم:
نخست آنکه اینها را با موازین فقهی و قوانین شرع تطبیق دهیم، همانگونه که گروهی از مفسران این راه را پیمودند. نخستین ماجرا را منطبق بر قانون اهم و مهم دانسته اند و گفته اند حفظ مجموعه کشتی مسلما کار اهمی بوده، در حالی که حفظ آن از آسیب جزئی، چیز زیادی نبوده، یا به تعبیر دیگر خضر در اینجا "دفع افسد به فاسد" کرده، به خصوص اینکه رضایت باطنی صاحبان کشتی را در صورتی که از این ماجرا آگاه می شدند ممکن بود پیش بینی کرد و به تعبیر فقهی، خضر در این کار اذن فحوی داشت در مورد آن نوجوان، این گروه از مفسران اصرار دارند که او حتما بالغ بوده، و مرتد و یا حتی مفسد، و به این ترتیب به خاطر اعمال فعلیش جایز القتل بوده است، و اگر خضر در کار خود استناد به جنایات او در آینده می کند به خاطر آنست که می خواهد بگوید این جنایتکار نه تنها فعلا مشغول به این کار بلکه در آینده نیز جنایتهای بزرگتری را مرتکب خواهد شد، پس کشتن او طبق موازین شرع به اعمال فعلیش جایز بوده است.
اما در مورد سوم هیچکس نمی تواند به کسی ایراد کند که چرا فداکاری و ایثار در حق دیگری می کنی و اموال او را از ضایع شدن با بیگاری خود حفظ می کنی؟ ممکن است این ایثار واجب نباشد ولی مسلما کار خوبی است و شایسته تحسین، بلکه ممکن است در پاره ای از موارد به سرحد وجوب برسد مثل اینکه اموال عظیمی از کودک یتیمی در معرض تلف بوده باشد، و با زحمت مختصری بتوان جلو ضایع شدن آن را گرفت بعید نیست در چنین موردی این کار واجب باشد. راه دوم بر این اساس است که توضیحات بالا هر چند در مورد گنج و دیوار قانع کننده است ولی در مورد نوجوانی که به قتل رسید چندان با ظاهر آیه سازگار نیست، زیرا مجوز قتل او را ظاهرا عمل آینده اش شمرده است نه اعمال فعلیش. در مورد کشتی نیز تا اندازه ای قابل بحث و گفتگو است، آیا ما می توانیم خانه و مال و زندگی هر کس را که یقین داریم در آینده غصب می شود بدون اطلاع او از پیش خود معیوب کنیم تا از خطر برهد آیا براستی فقهاء چنین حکمی را می پذیرند؟!
بنابراین باید راه دیگری را پیش گرفت و آن این است: ما در این جهان دارای دو نظام هستیم: "نظام تکوین" و "نظام تشریع" گر چه این دو نظام در اصول کلی هماهنگ می باشند، ولی گاه می شود که در جزئیات از هم جدا می شوند. مثلا خداوند برای آزمایش بندگان آنها را مبتلا به "خوف" (ناامنی) و "نقص اموال و ثمرات" از بین رفتن نفوس و عزیزان می کند، تا معلوم شود چه اشخاصی در برابر این حوادث صابر و شکیبا هستند. آیا هیچ فقیهی و یا حتی پیامبری می تواند اقدام به چنین کاری بکند یعنی اموال و نفوس و ثمرات و امنیت را از بین ببرد تا مردم آزمایش شوند. و یا اینکه خداوند بعضی از پیامبران و بندگان صالح خود را به عنوان هشدار و تربیت در برابر ترک اولی گرفتار مصیبتهای عظیم می نمود، همچون مصیبت یعقوب به خاطر کم توجهی به بعضی از مستمندان و یا ناراحتی یونس به خاطر یک ترک اولای کوچک. آیا کسی حق دارد به عنوان مجازات و کیفر اقدام به چنین کاری کند؟ و یا اینکه می بینیم گاهی خداوند نعمتی را از انسان به خاطر ناشکری می گیرد، مثلا شکر اموال را به جای نیاورده اموالش در دریا غرق می شود و یا شکرانه سلامتی را به جا نیاورده، خدا سلامت را از او می گیرد، آیا از نظر فقهی و قوانین تشریعی کسی می تواند به خاطر ناشکری اموال دیگری را نابود کند و سلامت را مبدل به بیماری. نظیر این مثالها فراوان است، و مجموعا نشان می دهد که جهان آفرینش مخصوصا آفرینش انسان بر این نظام احسن استوار است که خداوند برای اینکه انسان راه تکامل را بپیماید قوانین و مقرراتی برای او از نظر تکوین قرار داده که تخلف از آنها عکس العمل های مختلفی دارد. در حالی که از نظر قانون شرع نمی توانیم همه آنها را در چارچوب این قوانین بریزیم.
فی المثل طبیب می تواند انگشت انسانی را به خاطر اینکه زهر به قلب او سرایت نکند قطع نماید، ولی آیا هیچکس می تواند انگشت انسانی را برای پرورش صبر و شکیبایی در او و یا به خاطر کفران نعمت قطع نماید؟! (در حالی که مسلما خدا می تواند چنین کاری را بکند چرا که موافق نظام احسن است). حال که ثابت شد ما دو نظام داریم و خداوند حاکم بر هر دو نظام است، هیچ مانعی ندارد که خداوند گروهی را مامور پیاده کردن نظام تشریع کند، و گروهی از فرشتگان یا بعضی از انسانها (همچون خضر) را مامور پیاده کردن نظام تکوین نماند. از نظر نظام تکوین الهی هیچ مانعی ندارد که خداوند حتی کودک نابالغی را گرفتار حادثه ای کند و در آن حادثه جان بسپارد چرا که وجودش در آینده ممکن است خطرات بزرگی به بار آورد، همانگونه که گاهی ماندن این اشخاص دارای مصالحی مانند آزمایش و امتحان و امثال اینها است. و نیز هیچ مانعی ندارد خداوند مرا امروز به بیماری سختی گرفتار کند به طوری که نتوانم از خانه بیرون بروم چرا که می داند اگر از خانه بیرون روم حادثه خطرناکی پیش خواهد آمد و مرا لایق این می داند که از آن خطر برهاند. و به تعبیر دیگر گروهی از ماموران خدا در این عالم مامور به باطنند و گروهی مامور به ظاهر، آنها که مامور به باطنند ضوابط و اصول برنامه ای مخصوص به خود دارد همانگونه که ماموران به ظاهر برای خود اصول و ضوابط خاصی دارند.
درست است که خط کلی این دو برنامه هر دو انسان را به سمت کمال می برد، و از این نظر هماهنگند، ولی گاهی در جزئیات مانند مثالهای بالا از هم جدا می شوند. البته بدون شک در هیچ یک از دو خط هیچکس نمی تواند خودسرانه اقدامی کند، بلکه باید از مالک و حاکم حقیقی مجاز باشد، لذا خضر با صراحت این حقیقت را بیان کرد و گفت «ما فعلته عن أمری؛ من هرگز پیش خود این کار را انجام ندادم.» (کهف/ 82) بلکه درست طبق یک برنامه الهی و ضابطه و خطی که به من داده شده است گام برمی دارم. و به این ترتیب تضاد بر طرف خواهد شد. و اینکه می بینیم موسی تاب تحمل کارهای خضر را نداشت به خاطر همین بود که خط ماموریت او از خط ماموریت خضر جدا بود، لذا هر بار مشاهده می کرد گامش بر خلاف ظواهر قانون شرع است فریاد اعتراضش بلند می شد، ولی خضر با خونسردی به راه خود ادامه می داد، و چون این دو رهبر بزرگ الهی به خاطر ماموریتهای متفاوت نمی توانستند برای همیشه با هم زندگی کنند «هذا فراق بینی و بینک؛ گفت اين [بار ديگر وقت] جدايى ميان من و توست.» (کهف/ 78) را گفت.
در هر حال کارهای خضر (ع) به خصوص کشتن نوجوان گرچه ظاهری بسیار زننده داشت، ولی باید توجه داشت که فرق است بین نظام تشریع و تکوین، خداوند حاکم بر هر دو نظام است، در این صورت هیچ مانعی ندارد که خداوند گروهی مانند موسی (ع) را مأمور اجرای نظام تشریع کند، و گروهی یا شخصی (مانند خضر) را مأمور اجرای نظام تکوین، از نظر نظام تکوین، هیچ مانعی ندارد که خداوند حتی کودک نابالغی را دچار حادثهای کند که جان بسپارد، چرا که وجودش ممکن است در آینده موجب خطرهای عظیم گردد، مانند اینکه پزشک دست یا پای کسی را قطع میکند تا میکرب سرطان از آن به سایر اعضاء سرایت ننماید.
کارهای حضرت خضر (ع) در ماجرای فوق در محدوده نظام تکوین بوده، ولی حضرت موسی (ع)مأمور کارها در محدوده تشریع بود، از این رو مقام موسی (ع) در این راستا از حضرت خضر (ع) بالاتر بود، اگرچه در محدوده نظام تکوین، مقام خضر (ع) بالاتر بود. از سوی دیگر این کار خضر (ع) از نشانههای رحمت الهی و پاداش او به پدر و مادر با ایمان بود، خضر به دستور خدا آن کودک کافر را که اگر می ماند موجب کفر و انحراف پدر و مادر می شد، کشت، ولی به جای آن کودک، خداوند دختری به آن پدر و مادر مرحمت فرمود، که کانون ایمان و تقوا بود و به فرموده امام صادق (ع) از نسل او هفتاد پیامبر، به وجود آمد.