در دوره آباء، منطقه مدیترانه و مراکز قدرتى چون رم و قسطنطنیه اهمیتى اساسى داشت. سقوط رم به دست نیروهاى مهاجم شمال، منطقه غرب مدیترانه را دستخوش اغتشاش کرد. در سراسر منطقه، بى ثباتى گسترش یافته بود. مورخان هنوز نیز به دوره اى از هنگام سقوط رم تا حدود سال 1000 «قرون تاریک» اطلاق مى کنند تا نشان دهند که فرهنگ و آموزش در این دوره آکنده از بى ثباتى و ناامنى، در شرایطى دست نیافتنى قرار داشت. در این دوره، هرچند مباحث الهیاتى در کلیساى غرب ادامه یافت اما این برخلاف گرایش فکرى موجود بود. توجه عمومى به چنین بحث هاى الهیاتى نسبتا اندک بود. در ناحیه شرق مدیترانه، اسلام رو به گسترش نهاد. مسیحیت هرچند کاملا از منطقه بیرون رانده نشد، اما به زودى خود را در جایگاه دینى اقلى یافت. طى این دوره در تاریخ اروپا، مرکز بحث هاى الهیاتى در مسیحیت از منطقه مدیترانه به غرب اروپا انتقال یافت. در سال 410 رم سرانجام به دست آلاریک افتاد. معمولا این حادثه آغازگر «قرون تاریک» در غرب اروپا شناخته مى شود. گسترش اسلام در منطقه مدیترانه در قرن هفتم موجب بى ثباتى سیاسى گسترده و تغییرات ساختارى بیشتر در منطقه شد. در قرن یازدهم، تا حدى ثبات در منطقه حاکم شد و سه گروه سیاسى عمده در هم ادغام شده و جاى امپراتورى روم در منطقه را گرفتند.
1- بیزانس که مرکز آن شهر قسطنطنیه (استانبول کنونى در ترکیه امروزى) بود. در این منطقه، شکلى از مسیحیت رواج داشت که اساس آن زبان یونانى بود و ریشه هاى عمیقى در آثار دوره محققان آباء در منطقه شرق مدیترانه مانند آتاناسیوس اهل کاپادوکیا و یوحناى دمشقى داشت.
2- غرب اروپا، عمدتا مناطقى چون فرانسه، آلمان، هلند، بلژیک، لوگزامبورگ و شمال ایتالیا. در این منطقه شکلى از مسیحیت رواج یافت که مرکز آن شهر رم، و اسقف آن به پاپ معروف بود. (با این حال، در دوره معروف به شقاق عظیم پاره ای از آشفتگی های سیاسی پدید آمد: دو فرد رقیب، مدعی مقام پاپی بودند، یکی در رم و دیگری در جنوب فرانسه در شهر آوینیون) در اینجا، الهیات بر مکتب های الهیاتی حوزوی و دانشگاهى بزرگ پاریس و غیره متمرکز بود که اساس آن تا حد زیادى نوشته هاى آگوستین، امبروز و هیلاری اهل پواتیه [شهرى در غرب فرانسه] به زبان لاتینى بود.
3- دارالخلافه، منطقه اسلامى که شامل بیشتر بخش هاى شرقى و جنوبى مدیترانه تا منتهى الیه آن بود. گسترش اسلام همچنان ادامه داشت و با سقوط قسطنطنیه در سال، بیشتر اروپا در بهت فرو رفت. در پایان قرن پانزدهم، حضور اسلام در دو منطقه از اروپا به طور جدى تثبیت شد که یکى اسپانیا و دیگرى بالکان بود. روند پیشروى اسلام سرانجام با شکست مسلمانان در اسپانیا در آخرین دهه قرن پانزدهم و شکست سپاهیان اسلام در بیرون وین در سال 1523 متوقف شد.
کم شدن مناسبات میان کلیساى شرق با کلیساى غرب
یکى از حوادث بسیار مهم در تاریخ کلیسا در همین دوره رخ داد. به دلایل مختلفى، مناسبات میان کلیساى شرق، که مرکز آن قسطنطنیه بود، با کلیساى غرب که مرکز آن رم بود، طى قرن نهم و دهم روز به روز سردتر شد. اختلافات روزافزون بر سر عبارت «و از پسر» (filioque) در اعتقادنامه نیقیه در فضایى که روز به روز سنگین تر مى شد، اهمیت کمى نداشت. در این میان، عوامل دیگرى نیز وجود داشتند، از جمله رقابت سیاسى میان رم لاتینى زبان و قسطنطنیه یونانى زبان و ادعاهاى رو به رشد پاپ رم در باب مرجعیت. معمولا تاریخ جدایى نهایى غرب کاتولیک و شرق ارتدوکس، سال 1054 ذکر مى شود، هر چند این تاریخ تا حدى فاقد مبناست. یکى از پیامدهاى این کشمکش این بود که میان شرق و غرب، تعامل چندانى در زمینه الهیات صورت نگرفت. گرچه بعضى از الهیدانان غرب مانند توماس آکویناس آزادانه از آثار پدران یونانى استفاده کردند، اما این آثار مربوط به دوره پیش از این بود. در غرب، آثار الهیدانان متأخر ارتدوکس چون گرگورى پالاماس نویسنده برجسته، کمتر مورد توجه قرار گرفت. تنها در قرن بیستم است که شاید حقیقتا بتوان گفت که الهیات غرب به کشف مطالب غنى سنت ارتدوکس پرداخت. اصطلاح الهیات «قرون وسطى» اغلب براى اشاره به الهیات در غرب در طى این دوره است؛ در حالى که اصطلاح الهیات بیزانسى براى اشاره به الهیات کلیساى شرق، تقریبا طى همین دوره تا پیش از سقوط قسطنطنیه در سال 1453 به کار مى رود. طى این دوره در تاریخ غرب اروپا، مراکز الهیات مسیحى آرام آرام به شمال مرکز فرانسه و آلمان نقل مکان دادند. رم همچنان یکى از مراکز قدرت مسیحیت در منطقه باقى ماند اما فعالیت هاى فکرى به تدریج به صومعه هاى فرانسه مانند شارتر، رنس و بک انتقال یافت. با تأسیس دانشگاه ها در قرون وسطى، الهیات به سرعت به یکى از حوزه هاى اساسى مطالعات دانشگاهى تبدیل شد. دانشگاه هاى قرون وسطى معمولا داراى چهار دانشکده بود: دانشکده ادبیات و هنر -که در رده پایینى قرار داشت- و سه دانشکده در زمینه الهیات، پزشکى و حقوق که از اهمیت بیشترى برخوردار بود.