استاد محمدتقی جعفری در سال 1304 ه.ش در شهر تبریز دیده به جهان گشود. تحصیلات ابتدایی را در دبستان اعتماد آغاز کرد. از آنجا که قبل از ورود به مدرسه نزد مادر مقداری درس خوانده بود و آمادگی بسیار برای ورود به کلاسهای بالاتر را داشت، لذا ایشان را از کلاس اول به کلاس چهارم می برند. در این کلاس رتبه ی دوم را به دست می آورد در سال بعد در کلاس پنجم به رتبه ی اول نائل می شود. متأسفانه در این هنگام به علت فقر مالی ناگزیر می شود تا مدرسه را رها کرده و برای امرار معاش مشغول کار شود. وی که از عدم ادامه ی تحصیل سخت ناراحت بود یک شب در خواب با خود صحبت می کند و در حال خواب افسوس می خورد که چرا نمی تواند به تحصیلات خود ادامه دهد. پدر ایشان با توجه به ناراحتی فرزند خود راضی می شود تا فرزندش در مدرسه ی طالبیه به درس ادامه دهد. استاد نیمی از روز را به کار می پرداخت و نیمی دیگر را به تحصیل در مدرسه طالبیه نزد سیدحسن شربیانی کتاب امثله و صرف میر را شروع می کند؛ دروس سیوطی و مطول را نزد آقا شیخ احمد اهری (1388 ق) که در ادبیات بسیار قوی بود فرا می گیرد. در تبریز نیز مقداری فلسفه و منطق را می آموزد. پس از مدتی تحصیل در مدرسه طالبیه، استاد جهت ادامه تحصیل عازم تهران می شود.
استاد در تهران به مدرسه ی مروی وارد شده، مطالعه و تحصیل متن رسائل و مکاسب را پی می گیرد. همچنین برای تکمیل سطوح در درس مرحوم آیة الله شیخ محمدرضا تنکابنی (1282-1385 ق) حاضر شده و از درس فیلسوف بزرگ عصر میرزا مهدی آشتیانی (1306-1372 ق) نیز که در مدرسه مروی تشکیل می شد بهره های بسیار می برد. استاد نزد ایشان به مدت دو سال منظومه و مقداری از امور عامه اسفار را فرا می گیرد.
استاد پس از تحصیل در تهران عازم قم می شود و در آنجا مدت یک سال به ادامه به ادامه تحصیلات خود می پردازد. به مدت یک سال از درسهای اخلاق امام خمینی استفاده می کند. در این مدت از دروس آیاتی چون حاج میرزا محمد فیض قمی (1293-1370 ق) سید محمدتقی خوانساری (1305-1371 ق) سید محمد حجت کوه کمری (1310-1372 ق) و سید صدرالدین صدر (1299-1373 ق) شرکت می کند. در دوران تحصیل در حوزه ی قم، استاد درگیر فقر شده تا حدی که یک بار مدت دو شبانه روز گرسنگی می کشد و برای تهیه ی مواد غذایی به بقالی محل سکونت خود رجوع می کند تا مقداری برنج و روغن و خرما تهیه کند. بقال پس از آنکه، آنها را وزن می کند تقاضای پول می کند و چون ایشان اظهار می کند که بعدا وجه آن را پرداخت خواهد کرد، بقال آن مواد غذایی را به جای خود باز می گرداند و ایشان را ناامید روانه ی خانه می سازد. استاد بر اثر گرسنگی در حجره ی خود دچار بی حالی می شود که ناگاه طلبه ای جهت رفع اشکال درسی خود به ایشان در حجره ی خود به ایشان رجوع می کند و استاد را جهت صرف نهار به حجره خویش دعوت می کند. به این ترتیب استاد از گرسنگی نجات پیدا می کند. از این قبیل محرومیتها در دوران طلبگی استاد بسیار بوده است. پس از یک سال اقامت در قم به تبریز می رود تا مادر خود را که مریض بوده ملاقات کند. اما با ورود به تبریز خبر مرگ مادر را می شنود و این حادثه ایشان را سخت ناراحت می کند.
پس از مدت کوتاهی اقامت در تبریز استاد در سال 1320 ه.ش. به اصرار آیة الله میرزا فتاح شهیدی (1296-1372 ق) رهسپار نجف می شود. در این هنگام، یکی دو هفته از فوت آیات عظام شیخ محمدحسین اصفهانی (معروف به کمپانی) و آقا ضیاء عراقی (1361 ق) می گذشت. در نجف به مدرسه صدر وارد می شود و یک بار دیگر جلد دوم کفایه را بحث و مطالعه می کند و سپس دروس خارج را شروع کرده و مقدار زیادی از باب طهارت و مکاسب محرمه را نزد مرحوم آیة الله شیخ محمدکاظم شیرازی (1290-1367 ق) و حدود دو دوره اصول فقه را با ابوابی از فقه مانند مکاسب محرمه نزد آیة الله حاج سیدابوالقاسم خویی (1317-1414 ق) می خواند و برای مطالعه ی کتاب صید و ذباحه در دروس آیة الله سید محمود شاهرودی (1301-1394 ق) شرکت می کند. حدود یک سال و نیم از درسهای آیة الله حکیم (1306-1390ق)، و قاعده ی فراع و تجاوز را نیز از درس آیة الله سیدجمال گلپایگانی (1296-1377 ق)، و هفت سال از درسهای آیة الله سید عبدالهادی شیرازی (1302-1382 ق) بهره می برد. همچنین در درسهای فقه و اصول آیة الله میلانی (1313-1395 ق) شرکت می کند.
استاد دروس فلسفه را در بعضی از مباحث نزد آقا شیخ صدرا قفقازی و دروس فلسفی و عرفانی را از آقا شیخ مرتضی طالقانی (1280-1364 ق) فرا می گیرد و به مطالعه ی کتابهای علوم انسانی به ویژه آثار فلسفی می پردازد؛ این کتابها از مصر و ایران و ترکیه و لبنان وارد نجف می شده است. به این وسیله، استاد با اندیشه ها و معارف شرق و غرب آشنا می شود. پس از تحصیل در نزد اساتید فوق، استاد به تدریس خارج فقه و اصول، به ویژه کتابهای مکاسب و کفایه می پردازد. در نجف قسمتی از تقریرات درس آیة الله خویی را با عنوان «امربین الامرین» تحریر می کند و «مسائل رضاع» از درسهای آیة الله سید عبدالهادی شیرازی را نیز به نگارش در می آورد. جلد اول کتاب ارتباط انسان و جهان را در نجف تألیف می کند و جلدهای دوم و سوم آن را سپس در مشهد به اتمام می رساند. استاد در دوران طلبگی خود در نجف به علت کمبود شهریه ناگزیر بود تا مدتها روزی دو الی سه ساعت کار کند. در مجموع حدود هفده سال ایشان در نجف تحصیل می کنند. (37-1320 ه.ش) در مدت اقامت در نجف، یه تدریس فلسفه و معارف اسلامی نیز می پردازد. چنان که شهید آیة الله محمدباقر صدر (1353- 1400 ق) مدت یک سال از درسهای ایشان بهره می گیرد.
از میان استادان متعدد ایشان در حوزه ی نجف، مرحوم شیخ مرتضی طالقانی که فقیه و عارف والا مقامی بوده تأثیرات اخلاقی بسیار بر استاد گذاشته است. استاد از ایشان خاطره ای دارد که به نقل آن می پردازیم: «داستان از این قرار بود که من در دوران حضور در محضرشان، روزی که آخرین روزهای ذی الحجه بود برای درس به خدمتشان رسیدم. همین که وارد شدم و رویارویشان نشستم، فرمودند: برای چه آمدی آقا؟ من عرض کردم: آمدم که درس را بفرمایید. ایشان فرمودند: برو آقا، درس تمام شد. چون ماه محرم رسیده بود من خیال کردم ایشان می فرماید که تعطیلات محرم (14 روز) رسیده است، لذا درس تعطیل است، و آنچه که به هیچ وجه به ذهنم خطور نکرد، این بود که ایشان خبر مرگ و رحلت خود را از دنیا به من اطلاع می دهد. و همه ی آقایان که در آن موقع در نجف بودند می دانند که ایشان بیمار نبود، لذا من عرض کردم: آقا دو روز به محرم مانده است و درسها تعطیل نشده است. ایشان کلمه ی اخلاص (لااله الاالله) را با هیجان غیر قابل توصیفی به زبان آورد و فرمود: می دانم آقا! می دانم! به شما می گویم درس تمام شد. خر طالقان رفته پالانش مانده، روح رفته جسدش مانده، و خدا را شاهد می گیرم هیچ گونه علامت بیماری در ایشان نبود. من متوجه شدم که آن مرد الهی خبر رحلت خود را می دهد. سخت منقلب شدم. عرض کردم پس چیزی بفرمایید برای یادگار. بار دیگر کلمه لااله الاالله را با یک قیافه ی روحانی. رو به ابدیت گفت. در این حال اشک از دیدگان مبارکش به محاسن شریفش جاری شد و این بیت را در حال عبور از پل زندگی و مرگ برای من فرمود:
تا رسد دستت به خود شو کارگر *** چون فتی از کار خواهی زد به سر
بار دیگر لااله الاالله را با حالتی عالی تر گفت. من برخاستم و هر چه کردم که بگذار دستش را ببوسیم نگذاشت و با قدرت بسیار دستش را کشید و من خم شدم پیشانی و محاسن مبارکش را چند بار بوسیدم و اثر قطرات اشکهای مقدس آن مسافر دیار ابدیت را در صورتم احساس کردم و رفتم. پس فردا در مدرسه ی صدر که ما در آنجا درس می خواندیم و محرم وارد شده بود، به یاد سرور شهیدان امام حسین (ع) نشسته بودیم که مرحوم آقا شیخ محمدعلی خراسانی که از زهاد معروف نجف بود، برای منبر رفتن آمدند و همین که بالای منبر نشست پس از حمد و ثنای خداوند گفت، انالله و انا الیه راجعون. شیخ مرتضی طالقانی به لقاءلله پیوست. بروید به تشییع جنازه. ایشان در یکی از حجره های مدرسه آیة الله العظمی آقا سید محمد کاظم یزدی سکونت داشت و ازدواج نکرده بود، رفتیم. اغلب مراجع و عظمای حوزه و طلبه ها آمده بودند. از یکی از طلبه های مدرسه سید پرسیدم؛ شیخ چگونه از دنیا رفت؟ او گفت: دیشب هم مانند همه شب یک ساعت به اذان صبح مانده شیخ از پله های پشت بام بالا رفت و به طور آهسته مناجات گفت. او همیشه آهسته مناجات می کرد. آمد پایین. نماز صبح را خواند و رفت حجره. ما دیدیم آفتاب برآمده است و شیخ بیرون نیامد، لذا از پنجره نگاه کردیم، دیدیم چشم از این دنیا بر بسته و حوالی طلوع خورشید، روحش از این فضا ناپدید شد و به ابدیت پیوسته است.»
پس از اتمام تحصیلات در حوزه نجف ،در سال 1337 ه.ش. عازم ایران می شود. استاد در ضمن نقل خاطره ای، علت بازگشت خود به ایران را چنین بیان می کند:
«از جمله خاطرات من یکی داستانی شخصی است که با مرحوم آقا سیدعبدالهادی شیرازی داشتم. زمانی که من از نجف برگشته بودم به ایران بعد از دو سه سال دو بار به نجف برگشتم و نظرم این بود که آنجا بمانم آن زمان آقا سید عبدالهادی مریض بود. رفتم دست بوش ایشان. دیدم در بستر بیماری ناله می کنند. عرض کردم آقا چیزی نیست ان شاءالله هر چه زودتر بهبود می یابید. ایشان با یک حالت خاص فرمودند: جان عزم رحیل کرد گفتم که مرو گفتا چه کنم خانه فرو می آید. با ایشان مشورت کردم که می خواهم نجف بمانم چگونه است؟ فرمودند: اگر نجف بمانید برای شما راهی هست، ولی من معادش را نمی دانم. فردای آن روز آیة الله خویی ما را به نهار دعوت کرده بودند. من در آنجا قبل از صرف نهار به ایشان نیز گفتم که می خواهم نجف بمانم. ایشان نیز فرمودند: اگر بمانید برای شما راهی هست، ولکن نمی دانم معادش چه می شود! از این رو من نود درصد تصمیم به بازگشت گرفتم. در عین حال گفتم خوب است برویم کربلا تا در ضمن زیارت یک استخاره هم بکنم. رفتم کربلا، هنگام اذان صبح مشرف شدم حرم اباعبدالله (ع) و مطلب را با ایشان در میان گذاشتم و خواستم از خداوند بخواهند تا در یک استخاره امر را بر من روشن کنند. استخاره کردم آیه ی شریفه ای آمد که به طور شگفت انگیز اشاره به حرکت از عراق داشت. فهمیدم که خداوند سرنوشت مرا این گونه قرار داده است که برگردم به ایران و برگشتم و ابتدا رفتم مشهد. زمان مرحوم آیة الله میلانی بود. در جلسات استفتائات ایشان شرکت می کردم و همچنین یکی از درسهای عمومی ایشان نیز می رفتم.»
پس از بازگشت به ایران، در قم به خدمت آیة الله بروجردی شرفیاب می شود. ایشان از استاد می خواهد تا در قم بماند و به تدریس بپردازد. چون آب قم با مزاج استاد سازگار نبود، عازم مشهد می شود و پس از یک سال اقامت در آنجا به تهران می آید و در مدرسه ی مروی به تدریس می پردازد. آیات عظام شیخ محمدتقی آملی و سید احمد خوانساری؛ نیز از ایشان می خواهند تا امامت جماعت مسجدی را بپذیرند ولی چون احساس می کند که برای اداره مساجد اشخاص بسیاری هستند، به کار تدریس و تحقیق و تألیف می پردازد.
در این ایام استاد با دانشگاهیان ارتباط برقرار می کند و هم زمان، با شخصیتهایی چون استاد مطهری و دکتر محمد ابراهیم آیتی به ایراد سخنرانی در دانشگاهها می پردازد. در یک سفر نیز که عازم مشهد بود در اتوبوس با مرحوم بدیع الزمان فروزانفر آشنا می شود. در یک بحث و گفتگوی علمی، استاد فروزانفر اعتماد علمی به ایشان پیدا می کند و از استاد برای تدریس در دانشگاه دعوت به عمل می آورد که استاد نمی پذیرد.
1- امربین الامرین فی الجبر و التفویض، انتشارات حیدریه، نجف، 1371، هـ ق.
2- الرضاع، انتشارات حیدریه، نجف، 1373 هـ.ق.
3- تعاون الدین و العلم، ناشر: مرحوم آقای حاج سیدعلی خلیلی، تهران، 1378 هـ.ق.
4- ارتباط انسان و جهان در 3 جلد، انتشارات دارالکتب اسلامیه، تهران، 1337 هـ. ش.
5- وجدان، انتشارات اسلامی، تهران، 1342 هـ. ش. چاپ دوم، نشر کرامت، 1376 هـ. ش.
6- توضیح و بررسی مصاحبه برتراند راسل - وایت، کتابخانه مرتضوی، تهران، 1342 هـ. ش.
7- جبر و اختیار، شرکت انتشار، تهران، 1344 هـ. ش.
8- آفرینش انسان، شرکت انتشار، تهران، 1344 هـ. ش.
9- علم در خدمت انسان، شرکت انتشارات، تهران، 1344 هـ. ش.
10- طبیعت و ماوراء طبیعت، شرکت انتشارات، تهران، 1344 هـ. ش.
11- اخلاق و مذهب، شرکت انتشارات، تهران، 1344 هـ. ش.
12- رابطه علم و حقیقت، انتشارات سروش، تبریز 1345 هـ. ش.
13- نیایش حسین (ع) در عرفات، انتشارات شمس، تهران، 1347 هـ. ش.چاپ دوم، نشر کرامت، 1376 هـ. ش.
14- منابع فقه، شرکت انتشار، تهران، 1349 هـ. ش.
15- انسان در افق قرآن، انتشارات جهان اسلام، اصفهان 1349 هـ. ش.
16- نقد و بررسی برگزیده افکار راسل، ترجمه دکتر عبدالرحیم گواهی، شرکت انتشار، تهران، 1350 هـ. ش. چاپ سوم، 1370 هـ. ش.
17- ایده آل زندگی و زندگی ایده آل، انتشارات حقیقت، تهران، 1352 هـ. ش.
18- نگاهی به امام علی (ع) انتشارات نور، تهران، 1353 هـ. ش.
19- تفسیر و نقد و تحلیل مثنوی، در 15 مجلد، انتشارات اسلامی، تهران، 57- 1349 هـ. ش.
20- مجموعه مقالات، انتشارات فجر، تهران، 1357 هـ. ش.
21- حرکت و تحول از دیدگاه قرآن، انتشارات قلم، تهران، 1357 هـ. ش.
22- مولوی و جهان بینیها، انتشارات بعثت، تهران، 1357 هـ. ش.
23- ترجمه و تفسیر نهج البلاغه در 27 مجلد، دفتر نشر فرهنگ اسلامی، تهران، 78- 1357 هـ. ش.
24- فلسفه و هدف زندگی، انتشارات صدر، تهران، 1359 هـ. ش.
25- طرحهایی در انقلاب فرهنگی، انتشارات پیشوا، تهران، 1359 هـ. ش.
26- علم از دیدگاه اسلام، سازمان پژوهشهای علمی و صنعتی، تهران، 1360 هـ. ش.
27- شناخت از دیدگاه علمی و از دیدگاه قرآن، دفتر نشر فرهنگ اسلامی، 1360 هـ. ش.
28- حیات معقول، انتشارات سیمای نور، تهران، 1360 هـ. ش.
29- شناخت انسان در تصعید حیات تکاملی، انتشارات امیرکبیر، تهران، 1362 هـ. ش.
30- از دریا به دریا (کشف الابیات مثنوی)، در 4 مجلد، انتشارات وزارت ارشاد، تهران، 1364 هـ. ش.
31- فلسفه زیبایی و هنر از دیدگاه اسلام، انتشارات وزارت ارشاد، تهران، 1364 ه. ش. چاپ سوم، 1375ه.ش. 32- تحلیل شخصیت خیام، انتشارات کیهان، تهران، 1368 هـ. ش.
33- علم و دین در حیات معقول، کانون علم و دین، تهران، 1369 هـ. ش.
34- کیفر سرقت در اسلام، انتشارات اسلامی، تهران، 1369 هـ. ش.
35- حکمت اصول سیاسی در اسلام، بنیاد نهج البلاغه، تهران، 1369 هـ. ش.
36- حکمت، عرفان و اخلاق در شعر نظامی، انتشارات کیهان، تهران، 1370 هـ. ش.
37- اعلامیه جهانی حقوق بشر از دیدگاه اسلام و غرب، انتشارات دفتر خدمات حقوقی بین المللی، تهران، 1370 هـ. ش.
38- بقاء در قرن بیست و یکم (نقد و بررسی بیانیه وانکوور)، کمیسیون ملی یونسکو، تهران، 1371 هـ. ش.
39- سرگذشت اندیشه ها، تألیف آلفرد نورث وایتهد، ترجمه دکتر عبدالرحیم گواهی، بررسی و نقد از استاد جعفری، 71-1370 هـ. ش.
40- تحقیقی در فلسفه ی علم، انتشارات علمی دانشگاه صنعتی شریف، تهران، 1372 هـ. ش.
41- تکاپوی اندیشه ها (مجموعه مصاحبه های استاد) در 2 مجلد، به کوشش علی رافعی، دفتر نشر فرهنگ اسلامی، تهران، 1373 هـ. ش.
42- عرفان اسلامی، انتشارات علمی دانشگاه صنعتی شریف، تهران، 1373 هـ. ش.
43- فرهنگ پیرو، فرهنگ پیشرو، انتشارات علمی و فرهنگی، تهران، 1373 هـ. ش.
44- بررسی و نقد نظریات هیوم در چهار مسئله ی فلسفی، دانشگاه علم و صنعت، تهران، 1374 هـ. ش.
45- فلسفه ی دین، پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی، تهران، 1375 هـ. ش. چاپ دوم، 1378 هـ. ش.
46- عوامل جذابیت سخنان مولوی، دانشگاه تبریز، 1376 هـ. ش.
47- پیام خرد (مجموعه مقالات و سخنرانیهای بین المللی)، نشر کرامت، 1377 هـ. ش.
48- جامعه شناسی ادیان، ژان پل ویلم، ترجمه ی دکتر عبدالرحیم گواهی با نقد و بررسی استاد محمد تقی جعفری، تهران، 1377 هـ. ش.
49- موسیقی از دیدگاه فلسفی و روانی، نشر کرامت، 1378 هـ. ش.