دورهی بین سالهای 950 تا 1258 م. (339 تا 656 ه.ق) از نظر سیاسی دوره آشوب و تجزیه است. خلفای عباسی بیشتر قدرت خود را از دست داده بودند و تقریبا به صورت سران تشریفاتی گروهی از ممالک که کمتر با یکدیگر در صلح و صفا به سر میبردند درآمدند. در حقیقت، حتی سیادت اسمی خلفا همواره مورد قبول نبود. در سال (969م. 359 ه.ق) سلسلهی فاطمیان در مصر مستقر شد و شهر نوساز قاهره را پایتخت خود ساخت؛ و داعیانی به بخشهای آسیایی جهان اسلامی گسیل داشت تا مردم را به نوعی تشیع اسماعیلی دعوت کنند با این هدف که نظامهای حکومتی موجود را واژگون سازند. از سال 945 م. (334 ه.ق) امرای آل بویه، که شیعی مذهب بودند، بر بغداد شخص خلیفه نظارت داشتند. هر چند تشیع بدینسان در حال اوج گیری بود، تسنن در عامهی ناس عمیقا ریشه دوانیده بود و چنین فشارهایی از جانب دولتها در بینش دینی مردم عادی اثر ناچیزی داشت. (شهر قاهره را ابوالحسن جوهر، حاکم مصر در زمان معز، خلیفهی فاطمی، نزدیک فسطاط بنا نهاد، و آن پایتخت خلفای فاطمی مصر شد و توسعه یافت.
قرن یازدهم میلادی (اواخر قرن چهارم و قرن پنجم هجری) شاهد تجدید حیات سیاسی تسنن گردید. محمود غونوی (998-1030 م./ 389-421 ه.ق) و جانشینانش، ابتدا در ایران و سپس در ماوراءالنهر، آسیای مرکزی و شمال غربی هند، دولتی مهم تأسیس کردند. محمود، که اصلا ترک نژاد بود، خود را قهرمان تسنن و حامی خلیفه نشان داد. اندکی بعد، سلسلهی ترک نژاد دیگری، در قلمروهای شمالی و غربی، جانشین غزنویان گشت، و سرانجام در سال 1055 م (447 ه.ق) بغداد را تصرف کرد و جانشین آل بویه گردید که چند زمانی سلطهاش بس ضعیف شده بود. این همان سلسله سلجوقیان بود، و می توان گفت که حکومت آنان یک قرن دوام یافت، هر چند در نیمهی دوم این دوره از نیمهی اول بس ضعیف تر بودند. آنان نیز برای حمایت و تقویت تسنن بسیار کوشیدند.
همانطور که می دانیم در همین اوان بود که صلیبیان از جانب اروپا ظاهر شدند و انطاکیه را به سال 1098 (491 ه.ق) و بیت المقدس را به سال 1099 م. (492 ه.ق) تصرف کردند. هر چند صلیبیان در شام و فلسطین، حدود یک قرن و نیم، جای پای خود را حفظ کردند، جنگهای صلیبی در نظر مسلمانان به طور کلی هرگز چیزی بیش از یک واقعهی مرزی نبود. موفقیتی که صلیبیان به دست آوردند بدان سبب میسر گشت که این بخش از دنیای اسلام در شرایط تفرقه به سر می برد؛ و در مقیاس کلی، صلیبیان صرفا یکی از چند گروهی بودند که بر سر قدرت نزاع داشتند. تأثیر جنگهای صلیبی بر جهان اسلامی در مقایسه با تأثیر آن در جهان مسیحیت قابل اغماض بود. یکی از تنایج نبرد با صلیبیان، انقراض فاطمیان در مصر و جانشینی ابوبیان، تحت فرماندهی صلاح الدین ایوبی (حکومت 1169-1193 م./ 564-589 ه.ق) به جای آنان بود. این سلسله، که تنها یکی دیگر از سلسله های قابل ذکر آن دوره است، نیز سنی بود.
پایان این دوره که مصادف است با هجوم مغول، یک رشته وقایع به همراه داشت که در وحشت زایی دست کمی از بمباران هیروشیما نداشت. مغولان، در زمان چنگیزخان (1175-1227 م./ 571-624 ه.ق) از دشتهای آسیا به ایران یورش آورند. در سال 1258 م. (656 ه.ق)، هلاکو، سردار مغول در خاورمیانه بغداد را تسخیر کرد و آخرین خلیفه عباسی را کشت. مغولان در آنجا دولتی تأسیس نکردند، بلکه دیری نگذشت که به آسیای مرکزی باز پس کشیدند و جز در مصر (تحت حکومت ممالیک) پشت سر خود، ویرانی و آشوب بر جای نهادند.
طی قرن دهم میلادی (قرن سوم/ چهارم هجری) فلسفه همچنان در میان گروههای کوچکی به رونق خود ادامه داد. متعلمان فلسفه به هیچ روی پیروان متعصب اسلام نبودند، و در بحثهای فلسفی و حتی در کار تدریس، ظاهرا مسلمانان و مسیحیان با شرایطی برابر شرکت داشتند. البته، هنوز فلسفه با طب مرتبط بود. به ویژه، از محفلی در بغداد، در اواخر قرن دهم میلادی (اواخر قرن چهارم هجری) یاد شده است که در خانهی ابوسلیمان منطقی سجستانی (وفات پس از 1001 م./ پس از 391 ه.ق) برپا می شد. ابوسلیمان، به خلاف بیشتر فیلسوفان، ظاهرا هیچ منصب رسمی نداشت، هر چند در دربار آل بویه مورد عنایت بود. شاگرد جوانترش، ابوحیان توحیدی (وفات پس از 110 م./ پس از 400 ه.ق)، که هر چند از راه دبیری وزراء و دیگر صاحب منصبان درباری در بغداد و ایالات، امرار معاش می کرد، چهرهی ادبی مهمی بود و برخی از مباحثاتی را که در خانهی استاد روی داده بود ضبط کرده است.
فیلسوف دیگری که سزاوار ذکر است مسکویه یا ابن مسکویه است. وی ایرانی و دبیر آل بویه و وزیرانش بود. بیشترین شهرتش به خاطر تاریخ عمومی مفصلی است، که بخش آخر آن زیر عنوان کسوف خلافت عباسی به انگلیسی ترجمه شده است. از جملهی آثار دیگری که از او بر جای مانده کتابی است در کلام فلسفی، که از وجود خدا، وجود روح و ماهیت نبوت بحث می کند. این کتاب، در تاریخ تفکر اسلام، اثر مهمی نیست ولی نمونهی جالبی است که نشان میدهد چگونه متفکرانی که در درجهی نخست فیلسوف بودهاند، معالوصف چارچوب مفاهیم اسلامی را پذیرفتند؛ مثلا آخرین قسمت این کتاب، بر اساس بیان فلسفی روح توضیح میدهد که چگونه نبوت امکانپذیر است. با این همه، از نظر فلسفی، پرنفوذترین کتابش، بیگمان، تهذیب الاخلاق است که شرح دستگاه کاملی از اخلاقیات است که عمدتا بر پایهی آراء افلاطونی قرار دارد. غزالی و نویسندگان بسیار دیگری پس از او، از این کتاب استفاده کردند.
فلسفه در بسیاری از مراکز دنیای اسلام تدریس می شده. تصادفا سخن از کسانی می شنویم که در شهر کوچکی نزدیک کرانهی جنوبی دریای خزر در علوم فلسفی متبحر بودند. لااقل یکی از اهالی این شهر بود که نخستین تعلیم فلسفه را به کودکی داد که بعدا، به عقیدهی بسیاری بزرگترین فیلسوف عربی نویس شد. این کودک همان ابوعلی سینا (980-1037 م./ 370-428 ه.ق) است. ابن سینا ایرانی بود، وی در بخارا رشد کرد، و تحصیلات خود را پیش از آنکه فقه بپردازد، با از بر کردن قرآن و شعر آغاز نمود.
فلسفهی او به طور عمده در دو کتاب شفا و نجات آمده است. شفا اثری است جامع، شامل علوم و فلسفه، در حالی که نجات خلاصه بخشهای فلسفی شفاست. نجات به سه بخش تقسیم شده، یکی در منطق، دیگری در «سماع طبیعی» (در واقع مسائلی پیرامون مطالبی چون جوهر و عرض و ماهیت نفس انسانی)، و سومی دربارهی «الهیات» (از جمله کیهان شناسی). موضع کلی ابن سینا نوافلاطونی است. خدا واحد و واجب الوجود است و همه چیز از او صادر می شود. پایین تر از او عقل مجرد و افلاکند. مفهوم نفس انسانی در نزد ابن سینا اساسا ارسطویی است، ولی ظاهرا تحت تأثیر بحثها و تفسیرهای فیلسوفان افلاطونی مشرب متأخر یونان اصلاحاتی در آن شده است. ابن سینا، مانند غالب فیلسوفان اسلامی دیگر، امکان نبوت را توضیح می دهد؛ ولی در آنجا که فارابی نبوت را با عالیترین شکل قوهی مخیله مربوط می سازد، ابن سینا آن را با عالیترین حصهی نفس، یعنی عقل ربط می دهد.
همچنین این امر که به خلاف فارابی، در ابن سینا هیچ نشانه ای از تشیع نیست یعنی او هیچ کوششی برای نشان دادن این نکته که فرمانروای واقعی چیزی بیش از سهم متعارفی از حکمت الهی برخوردار است، به عمل نمی آورد. وی به طور عمده دربند آن است که توضیح دهد چگونه می توان اساسا دولتی را، که از طریق پیامبر، بر بنیاد حکمت الهی ایجاد شده، تأسیس نمود. این تغییر لحن در بیان مطلب و خودداری آشکار از شیعی گری، شاید بیشتر معلول این واقعیت باشد که در این دوران فاطمیان در مشرق دنیای اسلام فعال بودند. خود ابن سینا به یاد می آورد که وقتی کودک بود چگونه داعیان به بخارا آمده بودند. او به طور مخفیانه به بحثهای داغ آنان راجع به تعلیمات خود گوش فرا می داد. حتی در روزگار بلوغ او فرمانروایان شیعهی امامیه می بایست دریافته باشند که این دعوت، قدرت آنان را به خطر می افکند؛ و لذا هر چیزی که به این دعوت شباهت داشت مورد سوء ظن می بود. نکته ای که یادآوری آن در اینجا لازم است این است که ابن سینا آن اندازه که می خواست قدرت سیاسی داشت، و ظاهرا به هیچ وجه، احساس رقابت با علمای سنی نمی کرد. لذا انگیزهی خاصی که او را به مبالغهی دربارهی اهمیت فلسفه وادار سازد وجود ندارد. از این لحاظ، وی در موضعی شبیه وضع معتزله در طی دورهی استیلای سیاسی آنها بود؛ و مانند آنها اصل را بر این فرض گذاشت که تفسیر فلسفی او از اسلام تفسیری درست است. در میان عرفا نیز متداول بود که تفسیر فلسفی او از اسلام تفسیری درست است. در میان عرفا نیز متداول بود که تفسیر خود را با اسلام واقعی یکی بشمرند. در ابن سینا جنبهای عرفانی نیز وجود داشت.