آیات قرآن کریم که درباره روح انسان سخن می گوید دو گروه است.
گروه اول: بعضی از آیات نشانگر آن است که روح قبلا بوده و سپس به بدن تعلق گرفته است نظیر آیاتی که در نحوه پیدایش آدم ابوالبشر – سلام الله علیه – آمده است، قرآن می فرماید: «انی خالق بشرا من طین فاذا سویته و نفخت فیه من روحی فقعوا له ساجدین؛ من آفریننده بشری از گل هستم، پس وقتی او را آراستم و از روحم در او دمیدم پس سجده کنان برای او به خاک بیفتید» (ص/ 71-72)
ظاهر آیه این است که روح قبلا وجود داشته، و بعد از این که بدن به نصاب خاص خود رسید، روح به بدن تعلق گرفته است- البته در تعلق یک موجود مجرد به یک موجودی مادی و پیدایش یک نوع حقیقی از آن دو سخن فراوان است و به تعبیر مرحوم صدرالمتألهین یکی از دشوارترین مسائل فلسفی این است که چگونه یک مجرد و یک مادی هماهنگ شده و یک نوع حقیقی را به بار می آورند. پس بخشی از آیات قرآن نشانه آن است که روح قبلا وجود داشته و سپس به بدن تعلق پیدا کرده و اضافه و افاضه اشراقی یافته است، و روایاتی که احیانا در این زمینه آمده است، این بخش از آیات را تأیید می کند، مثل: "خلق الله الارواح قبل الاجساد بالفی عام؛ خداوند، جانها را دوهزار سال قبل از تن ها آفرید."
گروه دوم: آیاتی که نشانگر این معناست که روح از همین نشئه طبیعت و بدن پیدا شده و برمی خیزد، یعنی همین موجود مادی که ادوار و اطوری را پشت سر گذاشت، به مرحله روح می رسد. این طایفه از آیات، جسمانیه الحدوث و روحانیه البقاء بودن روح را تأیید می کند. مثلا در سوره مؤمنون می فرماید: ما بشر اولیه را از گل خلق کردیم، نسل او را از آب آفریدیم، آنگاه نطفه را به صورت علقه درآورده، علقه را مضغه ساخته، مضغه را به صورت استخوان درآورده و لباسی از گوشت به پیکر این استخوان پوشانده و او را به آفرینش دیگر پدید آوردیم.
«فکسونا العظام لحما ثم أنشاناه خلقا آخر فتبارک الله أحسن الخالقین؛ بعد استخوانها را با گوشتى پوشانیدیم آنگاه [جنین را در] آفرینشى دیگر پدید آوردیم آفرین باد بر خدا که بهترین آفرینندگان است.» (مؤمنون/ 14)
یعنی همان موجود را ما به چیز دیگری تبدیل کردیم. از این که فرمود «ثم أنشاناه خلقا آخر» معلوم می شود خلق آخر از سنخ گذشته ها و از سنخ تحولات مادی و تطورات ماده نیست، و گرنه نمی فرمود "خلق دیگر" به بیان دیگر اگر یک امر مادی و قابل تشریح و تبیین و در دسترس علوم تجربی قرار می گرفت، دیگر نمی فرمود: «ثم أنشاناه خلقا آخر».
از آیات پر محتوای قرآن کریم آیه مبارکه: «فتبارک الله أحسن الخالقین» است. چون انسان "أحسن المخلوقین" است، ذات اقدس اله هم "أحسن الخالقین" می شود و خداوند سبحان پس از آفرینش این مجموعه می فرماید: من أحسن الخالقین هستم.
انسان بدنی دارد که مراحل تطور آن را حیوانات دیگر نیز طی می کنند. یعنی اگر سخن از نطقه، علقه، مضغه، استخوان "فکسونا العظام لحما" و جنین شدن است، این مراحل را حیوانات دیگر هم دارند، در صورتی که خداوند درباره آنها نمی فرماید: «فتبارک الله أحسن الخالقین» و اگر سخن از روح تنهاست، فرشتگان دارای روحی در کمال عظمت و طهارتند، ولی پس از خلقت آنها هم نمی فرماید: «فتبارک الله أحسن الخالقین»، پس از احسن الخالقین بودن خدا که مستلزم احسن المخلوقین بودن کار خدا است، نه مربوط به بدن انسان و نه مربوط به جان اوست. نه بدن به تنهایی مهم است و نه جان، بلکه مهم آن است که آن موجود مجرد بدون تجافی تنزل کرده و با موجود مادی، هماهنگ شده و هر دو معجونی بشوند بنام "انسان" که از او به "کون جامع" یاد می شود. مهم است که این انسان با داشتن همه سرمایه های خرد و فرزانگی، و با داشتن موانع و رهزن های بی شماری که از نشئه «تراب؛ خاک» (حج/ 5) و «طین؛ گل» (انعام/ 2) و «حمأ مسنون؛ گل سیاه و بدبو» (حجر/ 26) و «طین لازب؛ گل چسبنده» (صافات/ 11) و «صلصال کالفخار؛ گل خشکیده» (رحمن/ 14) نشئت گرفته است، بتواند از همه موانع و عقبه های کئود بگذرد و معلم فرشته ها بشود، این انسان، "احسن المخلولقین" است و کاری می کند که از هیچ موجودی ساخته نیست. اینجاست که خدای سبحان بعد از آفرینش چنین موجودی می فرماید: «فتبارک الله أحسن الخالقین».
البته انسان هایی که با داشتن همه سرمایه های گرانقدر، اخلاد به زمین، آنان «کالانعام بل هم أضل؛ آنان همانند چهارپایان بلکه گمراه ترند.» (اعراف/ 179) هستند و خداوند برای آفرینش آنان خود را به عنوان "أحسن الخالقین". نستود. همچنین درباره آفرینش کسانی هم که قبلی «کالحجارة أو أشد قسوة؛ همانند سنگ یا سخت تر از آن.» (بقره/ 74) دارند، خدا نفرمود: «فتبارک الله أحسن الخالقین» بلکه آنان که مصادیق: «ان فی ذلک لذکری لمن کان له قلب أو ألقی السمع و هو شهید؛ حقیقتا در آن- نشانه ها- یادآوری برای کسانی است که قلبی دارند یا گوش فرا می دارند و گواهند.» (ق/ 37) می باشند، از این مزیت برخوردارند.
پس آیه مبارکه سوره مؤمنون نشان می دهد که روح از نشئه طبیعت برخاسته زیرا خدا فرمود: من همین انسان را و همین جنین را به خلق دیگر در آورده صورت دیگری به او دادم، البته هر تطوری محرک می طلبد و هر گونه حرکتی حرکت دهنده دارد و ممکن نیست ناقص، خود به خود کامل شود. لذا اگر موجود ناقص بخواهد حرکت کند، محرک می طلبد و اگر بخواهد به هدف نایل شود مبدأ غائی خاص می خواهد، که این کمال را به او اعطا کند.
در سوره مبارکه آل عمران هم مشابه این تعبیر آمده است. با این تفاوت که تعبیر سوره مؤمنون به حسب ظاهر مربوط به نسل آدم است ولی آیه سوره مبارکه آل عمران مشابه همین تعبیر را در مورد خود آدم آورده است. یعنی آدم و فرزندانش در این جهت یکسانند که ابتدائا مراحل بدنسازی آنها به کمال می رسد، بعد مرحله تبدیل به روحانیت فرا می رسد، قرآن می فرماید: «ان مثل عیسی عندالله کمثل آدم خلقه من تراب ثم قال له کن فیکون؛ در واقع مثل عیسى نزد خدا همچون مثل [خلقت] آدم است [که] او را از خاک آفرید سپس بدو گفت باش پس وجود یافت.» (آل عمران/ 59)
افراطی ها و تفریطی ها درباره مسیح (ع) دو نظر متضاد داشتند، و این آیه، هم می تواند جواب افراطی ها باشد و هم جواب تفریطی ها، گرچه شأن نزولش در پاسخ افراطی ها است، آنها که قائل به الوهیت یا تثلیت یا ابن اللهی مسیح شده اند، خدا آنها را با جدال احسن مجاب می کند، و می فرماید: شما که از قدرت خدا در جریان آفرینش آدم باخبرید! کاری که خدا درباره آدم انجام داده درباره عیسی نکرده است. چون عیسی مادر داشت ولی آدم – سلام الله علیه- نه پدر داشت و نه مادر، چطور درباره آدم – سلام الله علیه – سخن به گزاف نگفته و نمی گویید ابن الله است، اما درباره مسیح چنین گزافه سخن می گویید؟ در این آیه برای خلقت آدم دو مرحله ذکر شده است: مرحله خلقت او از خاک و مرحله ای که از آن تعبیر به "کن فیکون" می شود. آن مرحله ای که به خاک برمی گردد ممکن است، زماندار باشد- دراز مدت یا کوتاه مدت- اما پس از تحول و تطور به مقام روحانیت و مرحله تجرد، دیگر زمان در آن نقشی ندارد، و از این مرحله به "کن فیکون" یاد می کنند، یعنی در هنگام افاضه و اضافه اشراقی روح، تعبیر "کن فیکون" است.
تعبیر "کن فیکون" طبق بیان حضرت امیرالمؤمنین (ع) که می فرماید: "یقول لمن أراد کونه: کن، فیکن، لا بصوت یقرع و لا بنداء یسمع و انما کلامه سبحانه فعل منه انشاء و مثله؛ سخن خدا، کار خداست. چیزی را که اراده وجود کند، به او می گوید: «کن» - باش- او نیز به وجود می آید، ولی خطاب او با صدا و کلمه نیست، بلکه همان کار است که با اراده او پدید می آید.»
سخن خدا لفظ نیست، کار است. لذا سراسر جهان که کار خدا می باشد، کلمات الهی هستند، خدا وقتی بخواهد به ابر دستور بارش دهد او را می باراند، نه این که بگوید: ببار. کلمه "کن فیکون" عبارت از "ایجاد و وجود" است، حرف و لهجه و لفظ و .... نیست. البته گاهی کلمه ایجاد می کند، گاهی هم باران و یا رعد و برق و مانند آن، ولی همه را با "کن، فیکون" ایجاد می کند. روی این اصل، گرچه روح، بنا بر ظاهر آیات بخش دوم، سابقه مادیت دارد، اما در دالان انتقالی، از نشئه ماده به تجرد، نشانه های مادی را از خود، دور می سازد و دیگر جایی برای سخن از ذکورت و انوثت نیست. بدن برای رسیدن به نصاب خود، ممکن است مذکر یا مؤنث باشد، ولی وقتی در سایه حرکت جوهری، به دالان ورود به مرحله بالای وجود و هماهنگی با روح مجرد می رسد- البته به صورت تجلی روح در جسم نه تجافی و دور افتادن روح از اصل خویش- دیگر سخن از ذکورت و انوثت نیست، گرچه درک تنزل روح به عالم طبیعت و هماهنگ شدن با موجود طبیعی از سویی و ترقی این مجموعه به مقام «نفس» کار آسانی نیست.