برخی از افراد در تاریخ اسلام صرفا به خاطر اشتغال به علوم عقلی مورد اتهام زندقه واقع شدند.
ابن الندیم در الفهرست، ضمن شرح حال ابوزید احمدبن سهل بلخی می گوید: "وی متهم به زندقه بود" و از یکی از دوستان نزدیکش نقل می کند که: "این مرد مظلوم بود، مردی بود موحد و خداپرست، من بهتر از دیگران او را می شناسم، با هم بزرگ شدیم، علت شهرتش به زندقه اشتغال به منطق بود، ما با هم منطق خواندیم و هیچ کدام تمایلی به الحاد نداشتیم" (الفهرست، صفحه 204).
احمد امین (ضحی الاسلام، جلد 1 صفحه 163) از الاغانی نقل می کند که: حمیدبن سعید از چهره های نمایان معتزله بود، در برخی از مسائل با ابن ابی داود، قاضی القضاه معروف دوره معتصم، مخالفت کرد. ابن ابی دواد ذهن معتصم را درباره او خراب کرد که او شعوبی و زندیق است. درباره ابن مناذر نیز از شخصی نقل می کند در مجلس یونس بن ابی فروه رسما او را در ردیف زنادقه معرفی می کردند، تصادفا آن شخص به مسجد می رود و می بیند ابن مناذر تنها در گوشه ای مشغول نماز است.
افشین را به زندق متهم کردند، ولی عقیده بعضی از مورخین این است که زندقه پاپوشی بود که رقبای سیاسی افشین برای او ساختند.
منصور دوانیقی خلیفه عباسی، و سفیان بن معاویه مهلبی حاکم بصره هر کدام به علت خاصی دشمن عبدالله بن مقفع شدند و سفیان با دستور محرمانه منصور او را کشت و بعد گفتند اسلام ابن مقفع ظاهری بوده و باطنا زندیق بوده است. ابن مقفع مردی دانشمند بوده و کتب مانی را به عربی ترجمه کرده است، از برخی نوشته هایش بر می آید که نسبت به اسلام وفادار بوده است. بدیهی است که تنها ترجمه کتب مانی و یا شرکت در حلقات زنادقه دلیل زندیق بودن نیست.
می گویند اصمعی تا برامکه در اوج عزت بودند گرد آنها می چرخید و آنان را مدح و ثنا می گفت، پس از آنکه ستاره اقبال برامکه غروب کرد آنها را هجو کرد و زندیق خواند. مهدی عباسی قهرمان مبارزه با زنادقه شمرده می شود. او بود که عده زیادی از آنها را کشت و مدعی بود که جدش عباس بن عبدالمطلب در عالم رؤیا دستور از بین بردن آنها را به او داده است. ولی بشاربن برد که در دستگاه مهدی و مورد علاقه او بود، با اینکه به این سمت معروف بود و عمر هشتاد ساله خود را به زندقه گذرانده بود، مورد تعرض واقع نمی شد. مهدی کوشش می کرد که سخنان بشار را نزد فقیهان توجیه و تأویل کند. تا وقتی که بشار به حریم سیاست وارد شد و در یک رباعی خطاب به بنی امیه مهدی را هجو کرد. در این وقت بود که احساسات ضد زندقه مهدی به جوش آمد و فرمان دارد او را تازیانه زدند تا هلاک شد.