آقا حسین خوانساری، معروف به محقق خوانساری، نیز در مکتب اصفهان پرورش یافته و جامع المعقول والمنقول است، شوهر خواهر محقق سبزواری است کتاب معروف او در فقه به نام "مشارق الشموس" است که شرح کتاب "دروس" شهید اول است. محقق خوانساری در سال 1098 درگذشته است. او با محقق سبزواری معاصر است و همچنین با ملامحسن فیض کاشانی و ملامحمدباقر مجلسی، که هر دو از اکابر محدثین به شمار می روند.