برای بوناونتورا خلقت یک فعل است که خالق بدون هیچ واسطه ای مخلوق را از عدم به وجود می آورد. اگر واسطه ای بین خالق و مخلوق مشاهده می شود، فقط از جهت نگرش مخلوق به عالم خلقت است، وگرنه خالق برای خلق کردن هیچ واسطه ای را نمی پذیرد. به عبارت دیگر فعل خالق مستقیما به مخلوق اعطای وجود می کند. در موضوع خلقت بوناونتورا متعهد به سنت کلیسایی بود. خدای او شخصی و خالق است. او عالم را از عدم خلق کرده است و آن را حفظ می کند. اگر خداوند یک لحظه از جهان غافل شود، جهان نیست و نابود می شود و به عدم باز می گردد. خدای بوناونتورا علم به جزئیات دارد. او همه چیز را، آنچه در گذشته و حال و آینده است، به عنوان مثل یا صور در عقل خود داد. او اراده کرده تا جهان را خلق کند و با قدرتش این صور را در این جهان واقعیت بخشیده و می بخشد. اگر هر موجودی صورت یا مثال خود را در عقل خدا داشته باشد به معنای این است که کثرتی از مفاهیم یا عقول در ذات واحد خدا قرار دارند. اما بوناونتورا معتقد است که این سخن به این معنی نیست که ذات الهی متکثر است. کثرت مثل بر اساس عقل انسان است، یعنی به طور عقلانی می توان کثرتی بین مثل یافت، اما آنان به طور ذاتی همه یک وجود و جوهرند.
او نظریه ی صدور عقول دهگانه ی فلاسفه ی مسلمان را نپذیرفت، ولی تمایز وجود از ماهیت را در موجودات مخلوق از ابن سینا به وام گرفت. دلیل این تمایز این است که هیچ مخلوقی علت وجودی خود نیست. آنان ممکن الوجودهایی هستند که وجود خود را از واجب الوجود دریافت می کنند. تمایز دیگر در مخلوقات تمایز ماده و صورت است. ماده قوه و صوت فعل است. ماده بنفسه نه جسمانی است، نه مادی، یعنی چیزی به عنوان ماده وجود ندارد؛ بلکه قوه ی محض است. با این تعریف بوناونتورا به ارسطو نزدیک می شود؛ ولی از آنجا که ماده را ظرف صورت می داند، ماده ی افلاطونی نیز در نظام جهان شناسیش جایگاه خاص دارد. بین موجودات فقط خداوند است که با فعلیت محض وجودیش نیازی به ماده ندارد و صورت بسیط است.
بوناونتورا از ترکیب ماده و صورت در تمام مخلوقات، حتی جواهر مفارق غیر جسمانی دفاع کرد. این جواهر دارای ماده ی روحانی هستند که با صورت جمع می شود. دلیل این امر این است که آنان نیز جوهر (substantia) هستند و هر جوهر باید ترکیبی از این دو باشد. اصولا فردیت هر موجود به واسطه ی صورت آن است نه ماده. به عبارت دیگر آنچه به یک موجود فردیت می بخشد صورتش است. این نظر در مقابل رأی توماس آکوئینی است. برای توماس آکوئینی چون عقول مفارق یا فرشتگان ماده ندارند، هر یک از آنان یک نوع می باشند که خود آن نوع فرد آن نیز هست. به نظر بوناونتورا اگر موجودات روحانی ترکیبی از ماده و صورت باشند، هم عقول مفارق فردیت خود را حفظ می کنند و افراد واقعی هسند و هم شکل بقای نفوس انسانی پس از مرگ حل می شود.
آنان به عنوان یک جوهر کامل فردی متشکل از ماده و صورت می توانند به بقای خود ادامه دهند. صورتی که در موجودات است، کثرتی از صور است که در یک صورت واحد وحدت یافته اند. هر موجودی دارای دو نوع صورت است: صورت نور و صورت خاص آن موجود. صورت نور در همه ی موجودات مشترک است و هر یک فراخور اندازه وجودیش از آن بهره مند شده است. گسترش و بسط آفرینش نیز با عقول بذری توضیح داده می شود که بوناونتورا آن را از اگوستینوس قدیس گرفته است. ماده که منفعل و بالقوه ی محض است، صور جوهری را در خود می پذیرد. این صور نیز بالقوه ی محض می باشند، اما در زمان با صورت بخشیدن به ماده بسط و گسترش می یابند.
در قرن سیزدهم میلادی یکی از مهمترین مباحث فلسفی این بود که آیا جهان قدیم زمانی است یا اینکه ابتدای زمانی داشته است. در واقع این بحث یکی از نتایج حضور ارسطو و افلاطون در قرون وسطی است و با ورود متفکران مسلمان، به خصوص در قرن سیزدهم میلادی رواج بیشتری پیدا کرد. افلاطون جهان یا بهتر است گفته شود که ماده را قدیم ذاتی می دانست. او به سه قدیم ذاتی معتقد بود: صانع، مثل و ماده. ارسطو نیز معتقد بود که جهان قدیم زمانی است. فیلسوفان مسلمان شناخته شده در غرب هم قدیم زمانی بودن عالم را با نظریه ی خلقت در ادیان ابراهیمی جمع کردند. برای آنان، مانند مسیحیان و یهودیان، قدیم ذاتی بودن جهان خارج از بحث بود، چون در این صورت عالم یا به عبارتی دیگر چیزی ذاتی در کنار خداوند قرار می گرفت و توحید نفی می شد.
اینان بر این رأی بودند که خداوند تنها علت وجود یافتن عالم است؛ اما اظهار می داشتند که چون خدا ازلی است، معلولش هم باید ازلی باشد؛ وگرنه در او تغییر رخ می دهد. بنابراین جهان قدیم زمانی است. در دانشگاه پاریس عده ای از قدمت زمانی عالم دفاع کردند. بزرگترین نمایندگان این جریان ابن رشدیان لاتینی بودند. عده ای دیگر برای تأیید شروع زمانی عالم، به گفته کتاب مقدس مبنی بر اینکه ابتدایی برای خلقت وجود دارد، اعتماد می کردند و براهین فلسفی له یا علیه این رأی را کافی نمی دانستند. توماس آکوئینی معروفترین نظریه پرداز در این رأی است. عده ای نیز می کوشیدند تا اثبات کنند که ممکن نیست جهان قدیم زمانی باشد و بنابر استدلالهای عقلی می توان اثبات کرد که عالم شروع زمانی داشته است. بوناونتورا در این دسته جای می گیرد و انتقادهایش بر نظریه ی قدمت زمانی عالم معروف است. البته باید خاطرنشان کرد که در این دوره هیچ متفکری اشاره به قدمت ذاتی عالم نکرده است. همه ی متفکران خدا باور بودند و به خلقت عالم معتقد. بوناونتورا رأی بر قدمت زمانی عالم رافقط به ارسطو و مشائیان لاتینی نسبت داد و بر این باور بود که افلاطون برای عالم ابتدای زمانی در نظر گرفته است.
نقد بوناونتورا را بر قدمت زمانی عالم می توان از دو دیدگاه بررسی کرد: فهم او از تاریخ و زمان، و نقد فلسفی- کلامی او از قدمت زمانی عالم. البته از جهتی دیگر نقد بوناونتورا را از آراء کسانی که جهان را قدیم زمانی در نظر می گرفتند، می توان در حوزه وسیعتر مخالفت روزافزون او با فلسفه مشائی و مفسران آن در آن عصر، به خصوص ابن رشدیان لاتینی، دانست. این رأی را به طور مشخص در سال 1267 میلادی در موعظه هایش راجع به فرامین دهگانه مشاهده می کنیم که آن را تا سال 1273 میلادی بارها تکرار کرد.
انتقاد بوناونتورا از مشائیان
سه نظریه ی عمده ی مورد انتقاد او از مشائیان عبارت بودند از: سرمدی بودن عالم، عقل فعال واحد برای همه ی انسانها و ضرورت تقدیر. او این آراء را «سه کور ذهنی» فلاسفه ای نامید که به نفی عالم مثل در الوهیت، مشیت الهی، و اراده ی خداوند بر اینکه جزا و پاداشی برای انسان در آخرت خواهد بود، پرداخته اند. او بزرگترین خطای ارسطو را نفی عالم مثل و حیات پس از مرگ می دانست که به تأیید قدمت زمانی عالم نزد او ختم شد و اساس خطاهای دیگر گردید. برای درک بهتر رد قدمت زمانی عالم باید توجه داشت که مفهوم زمان نزد بوناونتورا از آنچه ارسطو و مشائیان درباره آن می پنداشتند متفاوت بود.
در نظر بوناونتورا تاریخ جهان دربرگیرنده صدور سازمان یافته از خدا و بازگشت به اوست. در این تاریخ مسیح نقش محوری دارد. بدین ترتیب برای او زمان، دوره ای است برای نجات، نه مقدار یا اندازه ی حرکت. به عبارت دیگر زمان به عنوان تاریخ دارای هویتی واقعی است و امری ذهنی نیست و اول و آخر عینی دارد. او در انتهای عمر خود در سال 1273 میلادی و در راستای عقاید جوآکیم فیوری، خود را در انتهای تاریخ می دید و فرقه فرانسیسی را فرقه راستین نجات یافته می پنداشت و با خصومت بسیار نسبت به مشائیان آنان را ضد مسیح می نامید.
براهین کتاب مقدس بر زمانی بودن ابتدای خلقت:
بوناونتورا عقیده بر این داشت که سخن کتاب مقدس در اینکه جهان ابتدای زمانی دارد حقیقت است، و بر خلاف توماس آکوئینی بر این باور بود که می توان آن را به طریق فلسفی نیز اثبات کرد. برای اثبات این امر نیز براهینی آورده است:
الف) اگر جهان پس از یک زمان بی نهایت به وجودش ادامه داده باشد؛ چون روزها و ماهها و سالهای جدید بر روزها و ماهها و سالهای گذشته اضافه می شود، می بایست پذیرفت که چیزی بر بی نهایت اضافه می شود، که امری محال است.
ب) اگر جهان ابتدای زمانی نداشت، ممکن نبود به مرحله فعلی برسد؛ زیرا مدت زمانی که تا به حال طول کشیده است بی نهایت بود و بی نهایت را نمی توان طی کرد.
ج) اگر جهان از بی نهایت قبل شروع شده باشد و ابتدای زمانی نداشته باشد، موجودات در آن می بایست بی نهایت بوده و بی نهایت ارواح فناناپذیر در آن باشند. چون این امر غیر قابل پذیرش است، پس باید یا نفوس انسانی فناپذیر باشند یا اینکه از بدنی به بدن دیگر بروند که این دو شق نیز غیر ممکن است.