در فلسفه مشائی اسلام، پس از بحث و پژوهش دقیق در مسائل علم منطق و روش شناسی و به اصطلاح علم العلم، وارد بحث مسائل فلسفه می شوند و درباره این مسائل بحث و رسیدگی می کنند و به آهنگ شناخت حقیقت، به اندازه استعداد عقلی و طاقت بشری، به نگرش و تعمق می پردازند. اینک برخی از مسائل فلسفه مشائی:
چگونگی تحقق و تکون جسم. نفی جزء لا یتجزی. اثبات هیولی. عدم انفکاک هیولی از صورت. عدم تقرر و تحقق هیولی بالفعل. محال بودن خلأ. حقیقت جهات. مقصد متحرک. احکام کلی جسم. احکام میل. اجسم عنصری. صفات عناصر. نفوس ارضی. نفوس سماوی. ماهیت و جوهر نفس. مبدأ حرکت در انسان. مشار الیه انا (=من). قوه مدرکه. دو قوه در نفس انسانی. قوه قدسی. اقسام عقل (عقل هیولانی، عقل بالملکه، عقل بالفعل و عقل مستفاد). عدم تحیز نفس. مجرد و تعقل همه چیز قوه متحرکه نفس. حرکت غریزی. حرکت اختیاری. ارادی بودن حرکت مستدیر. غرض کلی و غرض جزئی. رابطه غرض کلی با علم کلی. رابطه علم کلی با نفس مجرد. وجود و علل آن. علم الهی و وجود موجودات در آن. واجب الوجود و صفات وجوب وجود. صنع و ابداع و سبق عدم بر وجود حادث. امکان در محدث. شرایط تأثیر علت. وجود اثر و تأثیر. مفهوم صدور از واجب. حیثیت امکانی. عنایت و مفهوم آن در آفرینش. حقیقت زمان. مبدأ حرکت در جسم سماوی. نفی علیت جسم. حقیقت مجرد. استغناء ذاتی نفس از بدن. تفاوت محسوس قوای عقلی و بدنی. امتناع انطباع قوه عقلی در جسم. امکان بقاء نفس بی بدن. کیفیت حصول صورت عقلی در ذهن. علم واجب الوجود به ذات خویش. منتهی شدن هر وجود به واجب الوجود. علم عنائی واجب. وجود یافتن خیر اکثر و خیر کثیر. وجود نیافتن شر اکثر و شر کثیر. موجبیت و عدم آن. وجود نبی و لزوم شناخت او. لزوم شناخت امام. حکمت عبادات. حقیقت سعادت و بهجت روحی. معاد و ابدیت.
این بود خلاصه ای از رئوس مسائل فلسفه مشائی اسلامی، در طبیعیات و الهیات، که بر اساس متن الاشارات و التنبیهیات ابن سینا و تلخیص فخر رازی از آن (لباب الاشارات) و شرح اشارات خواجه نصیر الدین طوسی ذکر شد. این مسائل، با تفصیل دامنه دار، همراه مسائل بسیار دیگر در کتاب بزرگ شفا نیز آمده است. در دوره شفا شعب مختلف فلسفه و مسائل آن مطرح گشته است، از جمله فلسفه سیاسی اسلام و مدینه فاصله و رئیس مدینه (امام) و اهمیت نصب امام به دست پیامبر، و فلسفه اخلاق و مسائل حکمت علمی، که این مسائل نیز ابواب مفصل دارد. چنانکه در آراء اهل المدینه الفاضله نیز، این فلسفه سیاسی مطرح گشته است، و اصل امامت و اهمیت آن، در تأمین سعادت اجتماع، به زبان فلسفه بیان شده است.