خشم خود را بر خود چیره نکردن، بخشودن خطاکاران و شفقت بر ناتوانان از خصلت خاص و شناخته رسول خدا بود، تا آنجا که قرآن او را بدین خوی نیکو ستود «و إنک لعلی خلق عظیم؛ و راستى كه تو را خويى والاست.» (قلم/ 4) همه فرزندان او که پیشوایان امت اند، ازین مزیت برخوردارند، و علی بن الحسین (ع) چهره درخشان این صفت عالی انسانی است.
روزی کنیزک او آفتابه ای داشت و بر دست او آب می ریخت. ناگاه آفتابه از دستش افتاد و جراحتی بر امام وارد ساخت کنیزک گفت:
- خدا می فرماید آنانکه خشم خود را می خورند!
- خشم خود را فرو خوردم!
- و بر مردم می بخشایند.
- خدا از تو بگذرد!
- و خدا نیکوکاران را دوست می دارد!
- و تو را در راه خدا آزاد کردم.
روزی چند تن مهمان او بودند. خادم وی سیخ کبابی را بر دست داشت و با شتاب می آمد پایش لغزید و سیخ بر سر فرزندی از امام که زیر پلکان ایستاده بود افتاد و طفل کشته شد. غلام سراسیمه ماند. امام بدو گفت:
- تو در این کار قصدی نداشتی! تو در راه خدا آزادی! سپس به دفن طفل پرداخت.
مزرعه ای از آن خود را به یکی از بندگانش سپرده بود. پس از چندی دانست آن مرد بدان مزرعه زیان فراوان رسانده است. در خشم شد و تازیانه ای را که در دست داشت بر او زد.
چون به خانه بازگشت بنده را طلبید. وی نزد او رفت امام را دید که تازیانه بر دست دارد و برهنه است. سخت ترسید. علی بن الحسین تاریانه را برداشت و به سوی او دراز کرد و گفت:
- ای مرد! کاری کردم که پیش از این نکرده ام. خطائی از من سر زد اکنون این تازیانه را بگیر و از من قصاص کن! بنده گفت:
- به خدا گمان می کردم می خواهی مرا کیفر بدهی من سزاوار عقوبت هستم چگونه از تو قصاص کنم؟
- زود باش قصاص کن!
- پناه بر خدا من از تو گذشتم چون این گفتگو به دراز کشید و غلام نپذیرفت فرمود:
- حال که چنین است آن مزرعه صدقه تو باشد.
امام باقر گوید:
پدرم روزی غلامی را پی کاری فرستاده بود. غلام دیر برگشت. پدرم تازیانه ای بدو زد غلام گریست و گفت:
- علی بن الحسین! از خدا بترس! مرا پی کاری می فرستی سپس مرا می زنی؟! پدرم به گریه افتاد و گفت «پسرکم! نزد قبر رسول خدا برو! دو رکعت نماز بکن و بگو خدایا روز رستاخیز گناه علی بن الحسین را ببخش.» سپس به غلام گفت «تو در راه خدا آزادی.»
او نه تنها بر انسانها، بر جانداران نیز مهربان بود.
شتری داشت که با آن به مکه می رفت. در میان راه هیچگاه آن شتر را نزد.
کلینی نویسد: «بیست و دو بار بر پشت آن شتر حج کرد و هرگز شتر را آزار نرساند.»
مجلسی از ابراهیم بن علی و او از پدرش روایت کند که «با علی بن الحسین به حج رفتم. روزی شتر او در راه ماند، چوبدستی را برداشت که به شتر بزند سپس گفت آه اگر قصاصی نمی بود.»