نقصی که در کار اقبال است عمده در دو چیز است: یکی اینکه با فرهنگ اسلامی عمیقا آشنا نیست. با اینکه به مفهوم غربی واقعا یک فیلسوف است، از فلسفه اسلامی چیز درستی نمی داند. اظهار نظرهای اقبال درباره براهین فلسفی اثبات واجب و در باره علم قبل الایجاد، که از مسائل مهم الهیات است و همچنین فلسفه او درباره ختم نبوت که به جای آنکه ختم نبوت را اثبات کند به ختم دیانت منتهی می شود که خلاف منظور و مدعای خود اقبال است دلیل نا آگاهی اقبال از فلسفه اسلامی است، همچنان که در زمینه سایر علوم و معارف اسلامی نیز مطالعاتش سطحی است.
اقبال با آنکه سخت شیفته عرفان است و روحش روح هندی و اشراقی است و به علاوه سخت مرید مولانا است، عرفان اسلامی را در سطح بالا نمی شناسد و با اندیشه های غامض عرفان بیگانه است. نقص دیگر کار اقبال، اینست که بر خلاف سیدجمال به کشورهای اسلامی مسافرت نکرده و از نزدیک شاهد اوضاع و جریان ها و حرکت ها و نهضت ها نبوده است و از این رو در ارزیابی های خود درباره برخی شخصیته ای جهان اسلام و برخی حرکت های استعماری در جهان اسلام دچار اشتباهات فاحش شده است.
اقبال در کتاب "احیای فکر دینی در اسلام" نهضت وهابیگری را در حجاز، و جنبش بهائیت را در ایران و قیام آتاتورک را در ترکیه، اصلاحی و اسلامی پنداشته، همچنان که در اشعار خود برخی دیکتاتورهای چکمه پوش کشورهای اسلامی را ستوده است. این خطاها بر اقبال مسلمان مصلح مخلص نابخشودنی است. در عثمانی (ترکیه فعلی) نیز کم و بیش مدعیان اصلاح پدید آمده اند. اقبال در "احیای فکر دینی" مکرر نظریات مردی به نام ضیاء شاعر را نقل می کند ولی نظریات او آنچنان افراطی است که خود اقبال هم با همه وسعت مشرب، زیر بار همه آنها نمی رود.