مذهب دیگری که در اواخر عهد ساسانیان طلوع کرد و پیروان زیادی پیدا کرد، مزدکی بوده. مذهب مزدک را اشتقاقی از مانویت دانسته اند.
مزدک در عهد قباد پدر انوشیروان مدعی نوعی رهبری مذهبی شد و قباد در ابتدا از روی عقیده و علاقه یا به عنوان یک نقشه سیاسی برای کوباندن طبقه اشراف و روحانیون زردشتی به او گروید و کار مزدک سخت بالا گرفت، ولی به فاصله اندکی در همان زمان قباد با دستیاری فرزندش انوشیروان و یا در زمان سلطنت خود انوشیروان مزدکیان قتل عام شدند و از آن پس به صورت یک فرقه سری در آمدند.
مزدکیان در دوره اسلام نیز لااقل تا دو سه قرن وجود داشته اند. در دوره اسلام، نهضت های ایرانی ضد خلافت و احیانا ضد اسلامی را غالبا مزدکیان رهبری می کرده اند به همین جهت زردشتیان با آنها همراهی نکرده، با مسلمین علیه آنها همکاری می کردند. می گویند بانی اصلی آیین مزدکی، مردی زردشت نام از اهل فسای شیراز بود و به نوعی مانویت دعوت می کرد مخالف کیش رسمی مانوی. این مرد دعوت خود را در روم ظاهر کرد و سپس به ایران سفر کرد و به دعوت پرداخت در روم این شخص به نام "بوندس" معروف بوده است.