آیا عقلا و منطقا میان این دو مسأله ضدیت است یا عقلا و منطقا ضدیتی نیست و نارسایی مفاهیم فلسفی اروپا توهم ضدیت را به وجود آورده است و به هر حال، باید ببینیم مادیین که ضدیت فرض می کرده اند از چه راه بوده است؟
سخن اینها را به دو گونه می توان تقریر کرد: یکی به این نحو که با پیدایش نظریه تکامل، مهمترین دلیل الهیون از دستشان گرفته می شود. عمده دلیل الهیون بر وجود صانع علیم حکیم، نظام متقن موجودات است. این نظام متقن بالخصوص در جانداران یعنی گیاهان و حیوانات نمودار است. اگر خلقت گیاه و حیوان دفعی می بود، استدلال از راه نظام متقن موجودات صحیح بود، زیرا عقلا قابل قبول نبود که موجودی بدون یک نظارت مدبرانه آنی و در دفعات موجود گردد، در حالی که به یک سلسله تشکیلات مجهز است که نشان می دهد این تشکل و نظم و ارگانیزم به خاطر هدفهای پیش بینی شده و در نظر گرفته شده به وجود آمده است. ولی اگر خلقت موجودات، تدریجی و در طول زمان یعنی امتداد صدها میلیون سال صورت گرفته باشد، به این ترتیب که کم کم با توالی قرون و تراکم نسلها وضع ساختمان موجودات به شکل حاضر در آمده باشد، مانعی نیست که این تشکیلات دقیق به هیچ وجه پیش بینی نشده باشد، یعنی قوه مدبری بر آن نظارت نداشته، بلکه تنها تصادفات و انطباق قهری با محیط، منشأ این نظامات و تشکیلات بوده باشد. پس با قبول و ثبوت نظریه ترانسفورمیسم عمده دلیل الهیون از دست آنها گرفته شده و همین کافی است که کفه مادیین بچربد و گروهی به آن طرف متمایل گردند.
ولی این توجیه فی حد ذاته صحیح نیست. اگر این سخن بر یک مکتب الهی جانداری عرضه بشود، فورا پاسخ می دهد که اولا دلیل "اتقان صنع" را به عنوان تنها دلیل بر وجود خدا محسوب داشتن غلط است و به عنوان عمده دلیل ذکر کرده مبالغه است، ثانیا نظام خلقت منحصر به ساختمان اعضای حیوانات نیست تا گفته شود تکامل تدریجی جانداران برای توجیه وجود تصادفی آنها کافی است، ثالثا آنچه مهم است و جواب اصلی این ایراد است، این است که پیدایش تدریجی و تغییرات تصادفی ساختمان اندامهای گیاهان و حیوانات به هیچ وجه برای توجیه تشکیلات و نظامات دقیق اندامهای آنها کافی نیست.
تغییرات تصادفی آنگاه می تواند کافی شمرده شود که فرض کنیم در اثر یک تصادف و یک فعالیت بی هدف و یا یک فعالیت برای هدف دیگر غیر از خاصیتی که اکنون پیدا شده، تغییری در اندام جاندار پیدا شود، مثلا پرده ای لای انگشتان مرغابی پیدا شود و این تغییر تصادفی، به حال شناوری مرغ مفید باشد و بعد در اثر وراثت به نسلهای بعد منتقل شود و بماند. و حال آنکه اولا از نظر علم وراثت، انتقال صفات اکتسابی و فردی و شخصی، خصوصا صفات اکتسابی، سخت مورد تردید بلکه مورد انکار است، و ثانیا همه اعضا و جوارح و اندامها از قبیل پرده لای انگشت مرغابی نیست. غالبا هر کدام از اعضا جزء یک جهاز بسیار مفصل و پیچیده ای است نظیر جهاز هاضمه، جهاز تنفس، جهاز باصره، جهاز سامعه و غیره. هر یک از این جهازها یک دستگاه منظم و به هم پیوسته است که تا همه اجزای آن به وجود نیایند، کار و خاصیت منظور، مترتب نمی شود. مثلا پرده های چشم چنان نیست که فرض شود هر کدام کار جدایی برای بدن انجام می دهد و هر کدام در طول میلیونها سال تدریجا به وجود آمده است، بلکه چشم با همه پرده ها و رطوبتها و اعصاب و عضلات که از لحاظ کثرت و تنوع و انتظام و تشکل، حیرت انگیز است، مجموعا یک کار را انجام می دهد. قابل قبول نیست که تغییرات تصادفی، ولو در طول میلیاردها سال، تدریجا جهاز باصره یا جهاز سامعه را به وجود آورده باشد. اصل تکامل، بیش از پیش، دخالت قوه ای مدبر و هادی و راهنما را در وجود موجودات زنده نشان می دهد و ارائه دهنده اصل غائیت است.
داروین شخصا درباره اصل انطباق با محیط آنچنان اظهارنظر کرد که به او گفته شد تو درباره این اصل مانند اصلی ماوراءالطبیعی سخن می گویی. حقیقت هم همین است که نیروی تطبیق با محیط در جاندارها که نیرویی بسیار مرموز و حیرت انگیز است، نیرویی است ماوراء الطبیعی، یعنی در تسخیر یک نوع هدایت و شعور به هدف است و به هیچ وجه نیرویی کور و بی هدف نیست.
دلالت اصل تکامل بر وجود متصرفی غیبی در کار جهان از هیچ اصلی کمتر نیست. علت اینکه شخص داروین و همچنین بسیاری از زیست شناسان بعد از او موحد و الهی هستند همین است که اصول و نوامیس طبیعی از قبیل اصل کوشش برای بقا، اصل وراثت، اصل انتخاب اصلح، اصل انطباق با محیط را (اگر صرفا به یک عکس العمل عادی کورکورانه طبیعی در مقابل محیط تفسیر شود) به هیچ وجه برای توجیه خلقت موجودات زنده اعم از گیاه و حیوان کافی ندانسته اند. البته نمی گویم لازم ندانسته اند و بار دیگر به نظریه دفعی الوجود بودن جانداران بازگشت کرده اند، بلکه می گویم کافی ندانسته اند.
حقیقت این است که علت اینکه نظریه تکامل بر ضد استدلال معروف الهیون از راه اتقان صنع بر وجود خدا تلقی شد، همانا ضعف دستگاههای فلسفی و حکمت الهی بود. آنها به جای اینکه از پیدایش نظریه تکامل به نفع مکتب الهیون استفاده کنند، آن را چیزی بر ضد مکتب الهی تلقی کردند، زیرا چنین فرض کردند که تنها با دفعی الوجود بودن جهان است که جهان نیازمند به علت و پدید آورنده است و اگر جهان یا نوعی از انواع، تدریجی الوجود باشد، علل و عوامل تدریجی طبیعت برای توجیه آنها کافی است. این گونه فرضیات نشانه های ضعف دستگاههای فلسفی غرب است.