یکی از بزرگ ترین آثار قیام حسینی این بود که بین قیام علیه خلفا و قیام علیه اسلام را مجزا کرد، اگر امام حسین (ع) علیه یزید قیام نمی کرد ممکن بود خرابکاری ها و سوء سیاست یزید منجر به قیامی از طرف عناصری بشود که به اسلام هم علاقه ای نداشتند. اکنون می گوئیم اگر چه در تاریخ اسلام قیام های زیادی می بینیم که علیه دستگاه خلفا است و در عین حال جنبه حمایت از اسلام را دارد مثل قیام ایرانیان علیه امویان، ولی باید دانست که این امام حسین بود که اولین بار قیام دسته جمعی مسلحانه علیه دستگاه خلافت کرد و او بود که حساب اسلام را از حساب متصدیان امر جدا کرد بلکه راه قیام علیه دستگاه را از نظر اسلامی باز کرد و قیام آن حضرت نمونه و سرمشق دیگران قرار گرفت، دیگر نقش خلفا به عنوان حامیان اسلام باطل شد، اسلام در طرف مخالف قرار گرفت.
قبل از امام حسین هم قیام هایی فردی یا دسته جمعی انجام شد. آنها یا مسلحانه و فردی بود یا جمعی و غیر مسلحانه. ولی قیام و شورش دسته جمعی و مسلحانه را امام حسین آغاز کرد. (قیام علیه عثمان نیز نوعی تفکیک بین اسلام و خلافت بود).
مقام خلافت در آن روز عالی ترین مقام روحانی و سیاسی بود و چنان که می دانیم باز هم تا اندازه ای خلفای عباسی مقام روحانی خود را حفظ کردند و کسی که این قسمت را برای آخرین بار در هم شکست که دیگر بپا نخاست خواجه نصیرالدین طوسی بود که از علمای بزرگ شیعه است. خواجه با هلاکو همکاری کرد برای اینکه دستگاه جبار خلافت را از میان بردارد.
اما سعدی در مرثیه مقام خلافت می گوید:
آسمان را حق بود گر خون ببارد بر زمین *** از برای قتل مستعصم امیرالمؤمنین
معلوم می شود سعدی هم حتی «تحت» تأثیر جلال روحانی مقام خلافت بوده.