تصویب نهایی تثلیث
با این وجود هیچ یک از اسقفان در نیقیه عقیدة تثلیث را ترویج ندادند. آنان فقط درباره طبیعت عیسی تصمیم گرفتند، نه نقش روح القدس. دیر زمانی از این شورا نگذشت که دو باره نزاع بر سر روح القدس در کلیسا آغاز شد و الهی دانی به نام مقدونیوس (macedonius) الوهیت روح القدس را انکار نمود و بدین منظور شورای قسطنطنیه در سال 381 تشکیل شد و این اصلاحیه ای به اعتقاد نامه نیقیه افزود "من ایمان دارم به روح القدس، خداوند و بخشنده حیات که از پدر صادر می گردد".
آن شورا موافقت کرد که روح القدس را هم تراز با خدا و مسیح قرار دهد. برای نخستین بار، تثلیث جهان مسیحیت مورد توجه قرار گرفت. ولی باز این متمم همگان را راضی نکرد و کلیسای لاتین زبان (کاتولیک) تحت تاثیر اگوستین قدیس با آن سر مخالف برداشت چون در این اصلاحیه تاکید شده بود روح القدس تنها از پدر صادر شده و ایشان معتقد بودند روح القدس باید از پدر و پسر با هم صادر شود به همین منظور در سال 569 شورای تولدو را تشکیل دادند باز یک کلمه به اعتقاد نامه نیقیه افزودند "من ایمان دارم به روح القدس خداوند و بخشنده حیات که از پدر و پسر صادر می شود". بنابراین در غرب رسم شد که عبارت: «و از پسر» نیز به اعتقاد نامه اضافه شود. ولی کلیسای یونانی زبان (ارتدکس) به شدت با این افزوده مخالفت کردند و معتقد بودند روح القدس تنها از پدر صادر شده است. این مناقشه به مناقشه فیلیوک (Filiogue) شهرت یافت.
متن اعتقاد نامه نیقیه قسطنطنیه
متن کامل اعتقاد نامه نیقیه قسطنطنیه بدین شرح است: من ایمان دارم به خدای واحد، پدر قادر مطلق و خالق آسمان و زمین و همه چیز دیدنی و نادیدنی و من ایمان دارم به یک خداوند عیسی مسیح پسر یگانه خدا مولود جاودانی از پدر، خدا از خدا، نور از نور، خدای حقیقی از خدای حقیقی، که مولود است نه مخلوق، و او با پدر یک ذات است، به وسیله او همه چیز وجود یافت و برای نجات ما از آسمان نزول کرد و به قدرت روح القدس از مریم باکره متولد شد و بشر گردید و به خاطر ما در حکومت پلاطیوس رنج کشید مصلوب شده و بمرد و مدفون گشت و روز سوم از مردگان برخواست کتب مقدسه را به اتمام رسانید و به آسمان صعود نموده و به دست راست پدر نشسته است بار دیگر با جلال می اید تا زندگان و مردگان را داوری نماید و سلطنت او را انتها نخواهد بود. من ایمان دارم به روح القدس خداوند و بخشنده حیات که از پدر و پسر صادر می شود و با پدر و با پسر او را عبادت و تمجید میباید کرد او به وسیله انبیا تکلم کرده است و من ایمان دارم به کلیسای جامع مقدس رسولان و به یک تعمید برای امرزش گناهان معتقدم و قیامت مردگان و حیات عالم آینده را منتظرم آمین اعتقاد نامه نیقیه یک کلام فرعی نیز دارد که به آن متصل است و آن متضمن لعنت نامه ای است از این قرار لعنت باد بر کسانی که می گویند زمانی بود که عیسی وجود نداشت یا قبل از آن که به وجود بیاید نبود، یا آنکه از نیستی به هستی آمد. لعنت باد بر کسانی که اقرار می کنند پسر خدا از ذات یا جنس دیگری است ویا انکه پسر خدا مخلوق و یا قابل تغییر و تبدیل است. این اعتقاد نامه تا امروز به عنوان عقیده رسمی کلیسا حضور دارد. پس از آن در سال 451.م و در شورای کالسدون، اقرار به تثلیث به مثابه آموزه ای تغییر ناپذیر شناخته شد, که هر سخنی بر خلاف آن کفر تلقی شده و گوینده به مرگ یا قطع عضو محکوم می گشت.
تثلیث در قرون وسطی پسین و پیشین
اعتقاد به تثلیث در دوران هزار ساله قرون وسطی زیاد دستخوش تحول اساس نشد و اصولا در این دوران مسیحیت در رکود و خمودگی به سر می برد و دانشمندان این دوران زیاد به مساله تثلیث نپرداختند در نوشته های آگوستین قدیس تثلیث کمتر مورد توجه قرار گرفت و تنها توماس اکوینی تلاش زیادی در عقلانی کردن نمود و مهمترین اتفاقی که در این دوران رخ داد در انتهای قرون وسطی اولیه در سال 925 اختلاف بزرگی بین مسیحیان شرق و غرب بر سر مناقشه فیلیوک (غرب روح القدس را صادر از پدر و پسر می دانست و شرق وی را فقط صادر از پدر می دانست)، رخ داد که منجر به جدایی مسیحیان غرب با نام کاتولیک رومی و مسیحیان شرق با عنوان ارتدکس شرقی شد.
تثلیث در عصر اصلاحات
در قرن اصلاحات انتظار می رفت مساله تثلیث مورد بازنگری کلی قرار بگیرد ولی اصلاحگران مسیحی ورود به موضوع تثلیث را ممنوع اعلام کردند حتی در قرن شانزدهم میکاییل سروتوس کشیش بلژیکی که پزشک حاذقی نیز بود نظریه تثلیث را نپزیرفت و آن را از بدعتهای کلیسا شمرد. وی پس از مطالعه دقیق صحف عهد جدید ملاحظه کرد مسئله تثلیث که بر حسب اعتقاد نامه نیقیه برای عموم مسیحیان امری مسجل شده بود در آن صحف وجود ندارد و معتقد شد که این عقیده کفر محض و باطل است پس رسالای به نام در باب خطاهای تثلیث درسال 1531 منتشر ساخت وی می گفت مبدأ تثلیث یعنی ایمان به آب و ابن و روح القدس از ابداعات کلیسای کاتولیک است و عقلا محال است که از اجرای ثلاثه سه شخصیت خدای واحد ترکیب شود ولی اندکی برنیامد که پیروان کالون (از مصلحان بزرگ پروتستان)، هویت او را کشف کردند و در سال 1553 طعمه آتش ساختند هر چند او از میان رفت و نابود شد ولی جماعات مسیحی مخالف تثلیث به وجود آمدند که به شدت مورد حمله و تفکیر و عتاب پروتستان ها و کاتولیک ها قرار گرفتند.
تثلیث در عصر روشنگری و معاصر
در دوران روشنگری کلیسا با نگرش انتقادی به تثلیث پرداخت و آن را با دقت مورد کنکاش قرار داد و ردیه های زیادی به تثلیث نوشته شد در دوران معاصر نیز تثلیث با نگرهای نو مورد باز بینی قرار گرفت. متفکرانی چون اندروس نورتون Andrews Norton و دکتر ویلیام الری چانینگ Dr. William Ellery Channing و در قرن 19 نیز متفکرانی چون اسحاق نیوتن تثلیث را انکار کردند و در این سالها کم کم موحدان مسیحی به حرکت های خویش شکل سازمان یافته دادند. از جانب توحید گرا ها اعتراضات زیادی به جهان مسیحیت وارد شد که منجر به رد نظریه تثلیث در میان روشنفکران و بسیاری از فرقه های نو ظهور مسیحی شد و اندیشمندان زیادی چون کارل بارت و کارل رانر و رابرت ینسن به بررسی تثلیث پرداختند و نظریات جدیدی را درباره تثلیث وارد اندیشه مسیحی نمودند.