بنیان گذار مکتب اصفهان میر محمدباقر داماد حسینی استرآبادی معروف به "میرداماد" و غالبا موسوم به "معلم ثالث"، یکی از برجسته ترین چهره های عصر خود بود. میرداماد تلاش می کرد تا فلسفه ابن سینا و سهروردی را احیا کند و آنها را آشتی دهد. او برای نیرو بخشیدن به فعالیتهای فلسفی در موضعی استثنائی قرار داشت زیرا هم مورد احترام زیاد فقها بود هم دربار که او را از فقیهان قشری که به وی اتهام بدعت می زندند، محفوظ نگه می داشت. می توان او را شارح اشراقی مشرب فلسفه مابعدالطبیعه ابن سینا در عالم روحانی تشیع به شمار آورد.
ضمن اینکه میرداماد از فلسفه عقل گرایانه مشائیان دفاع می کرد، تمایزی بین عقل گرائی و اشراق قائل بود. در حالی که سهروردی میان فلسفه شرقی و غربی فرق می گذاشت، میرداماد بین یمانی، یعنی فلسفه اشراقی و یونانی، یعنی فلسفه بحثی یونانیان، قائل به تفاوت بود. از طرفی، یمانی که شرقی است معرف فلسفه اشراقی است، و یونانی نماینده فلسفه استدلالی است.
میرداماد درباره شماری موضوعات مهم فلسفی، یه خصوص اصالت ماهیت، اظهار نظر کرده است. نکته اصلی فلسفه وی رابطه میان حدوث (آفرینش) و قدم (جاودانگی) عالم است. میرداماد نظر سهروردی را در باب اصالت ماهیت در برابر وجود پذیرفت اما، به عکس اشراقیون که معتقدند عالم مثال و مجردات در ماهیت الهی یا "حدوث ذاتی" آفریده شده است، وی می گفت به عقیده او اینها دارای خلقت مادی یا "حدوث دهری" هستند. به نظر وی گرچه علت آفرینش این مجردات می تواند در ماهیت یا ذات الهی بوده باشد، رویداد یا معلول در قلمرو مخلوق یا "دهر" صورت گرفته است. میرداماد در قبسات، از ابن سینا فراوان نقل می کند و به گونه ای آراء وی را تفسیر می کند که نظریه "حدوث ذاتی" او را تأیید کند. گروهی از شارحان معاصر بر این عقیده اند که پاره ای از شرحهای میرداماد بر ابن سینا صرفا از دیدگاهی اشراقی است و لذا تماما صحیح نیست.
میرداماد بخش عمده ای از قبسات را به بحثی درباره اصالت ماهیت اختصاص داده است. بحث پیچیده او، که اساسا شبیه بحث سهروردی است، به این شرح است: بدیهی است که یک موجود نه تنها به سبب وجود خود بلکه به علت ماهیت خود موجود است. حال، در ترتیب آفرینش یا ماهیت مقدم بر وجود است یا برعکس. در هر یک از دو صورت، ترتیب مذکور نمی تواند فقط یک ترتیب نظری در ذهن ما یا نظمی اتفاقی باشد که به منظور راحتی کار ملحوظ شده باشد، بلکه این ترتیب باید ذاتی و فطری ساختار وجودی عالم هستی باشد. میرداماد از این بحث نتیجه می گیرد که ماهیت یک موجود باید عنصر اصلی باشد، زیرا قابل تصور نیست که موجودی داشته باشیم که از وجود خالص و بدون هیچ ماهیتی ساخته شده باشد. سهم بی نظیر میرداماد در فلسفه اسلامی وارد کردن مفهوم زمان در ارتباط با تقدم اصالت ماهیت بر وجود است، که شاید مهم ترین و غامض ترین قسمت فلسفه میرداماد باشد.
در میان پنجاه اثر میرداماد که به احیای فلسفه ابن سینا و سهروردی از دیدگاهی اشراقی اختصاص یافته، کتب زیر را می توان نام برد: قبسات، تقویم الایمان، الافق المبی، و تقدیسات. میرداماد شماری کتاب هم به فارسی نوشته، که از آن جمله است جذوات، الصراط المستقیم و مجموعه آثار فارسی و عربی او با عنوان مشارق الانوار.
علی رغم خدمت میرداماد به فلسفه اسلامی و عرفان شیعی در مقام مؤسس مکتب اصفهان، بزرگ ترین موفقیت او تربیت شماری شاگرد بود که بعضی از آنها بر عرصه فکری غلبه یافتند و استاد خود را تحت الشعاع قرار دادند. در میان شاگردان میرداماد که به واسطه تدریس و تألیفات خود نقش مهمی در تداوم حکمت اشراقی سهروردی ایفا کردند، می توان به نام داماد میرداماد، سیداحمد علوی، نویسنده شرحی بر ابن سینا، قطب الدین اشکوری، که کتابی در تاریخ فلسفه با عنوان محبوب القلوب نوشت، و ملاخلیل قزوینی که شرحی بر اصول کافی کلینی نوشت و به عنوان یکی از مراجع فقه شیعی شمرده می شود، اشاره کرد. شخصیتهای متعدد دیگری بودند که کمتر شهرت دارند، از قبیل ملاشمسا گیلانی که در باب مسأله خلقت و ازلیت در فلسفه میرداماد به تفصیل مطلب نوشت و درباره ملاصدرا اظهار نظر کرد.
دومین چهره برجسته مکتب اصفهان و حکیم اشراقی با شهرتی افسانه ای در ایران، شیخ بهاء الدین عاملی است، که نفوذ او فراتر از دائره فلسفه می رود و دامنه آن به معماری، فقه، دستور زبان عربی و شعر کشیده می شود. عاملی، معروف به "شیخ بهائی" نه تنها به سبب نود کتابی که نوشته مورد احترام است، بلکه بدین لحاظ هم که وی معلم علمای بسیاری که به اصفهان رفتند، بود. اگرچه او به لحاظ کتابهائی که در حکمت نوشته چندان شهرتی ندارد، مع ذلک او سعی کرده روح حکمت را در طرحهای معماری خود منعکس کند. شعر صوفیانه او که به سبک مولانا سروده و در طوطی نامه (کذا!) او بازتاب یافته، شاید بهترین معرف آراء عرفانی او باشد.
بزرگ ترین توفیق شیخ بهائی این است که او علمائی چون ملامحسن فیض کاشانی، سیداحمد علوی، و ملا محمدتقی مجلسی را تربیت کرد، که تمامشان چهره های برجسته سنت اشراقی شدند. به همین دلیل و نیز به سبب ره آوردهای بی نظیرش در معماری است که وی شخصیتی تقریبا اسطوره ای پیدا کرده، تا جائی که معجزاتی به او نسبت داده شده است.
سومین چهره مکتب اصفهان، میر ابوالقاسم فندرسکی، علی رغم شایستگی و نفوذ بسیار گسترده اش، از شهرت کمتری برخوردار است. او به هند سفر کرد و با استادان هندو، که در اثر بزرگش اصول الفصول به آنها اشاره می کند، فراوان حشر و نشر نمود. در کنار تفاسیرش بر کتبی از دیگر رشته های سنتی علوم اسلامی، مقوله الحرکه و رساله صناعیه او را می توان نام برد. میرفندرسکی که خلاصه ای از حکمت را در شعری معروف به قصیده حکمیه عرضه کرده سعی نموده "دانش تجربی" خویش را، به شیوه دیگر اعضای مکتب اشراق، به کمک مقولات فلسفی ابن سینائی بیان کند. او نیز گروهی از دانشمندان خوب از قبیل ملارفیعا گیلانی و آقاحسین خوانساری را تربیت کرد. معروف ترین شاگردش ملا رجبعلی تبریزی، نویسنده کلید بهشت، است.
شخصیت مهم دیگر در مکتب اصفهان ملامحسن فیض کاشانی، بهترین شاگرد ملاصدرا است، که بیش از 120 کتاب نوشت. علاوه بر نوشتن کتابهائی در علوم مختلف دینی، وی مطالب فراوانی درباره آثاری چون فتوحات مکیه ابن عربی و مثنوی مولانا نوشت. آثار کاشانی نمایانگر عرفان شیعی در عالی ترین حد آن است. کار عمده او محجة البیضاء فی احیاء الاحیاء مبتنی بر احیاء العلوم الدین غزالی است. «در واقع، کاری که ملامحسن کرده این است که با دادن رنگ و بوی شیعی به اثر غزالی بر مذاق شیعه امامیه، به احیای آن همت گمارد.»
کاشانی یکپارچه سازی مکتب اشراق را به کمال خود رساند. او با استفاده از فلسفه عقل گرایانه ابن سینا و اندیشه های حکمی سهروردی تحلیلی از اسلام دوازده امامی به دست داد. از مکتب اصفهان به دو شخصیت سرشناس دیگر، ملا عبدالرزاق لاهیجی و شاگردش قاضی سعید قمی، باید اشاره کرد. شهرت لاهیجی بیشتر به واسطه کار او در حوزه کلام است که آن را در چارچوب حکمت انجام داده است. او که تحت نفوذ ملاصدرا بود شماری کتاب با ماهیتی صرفا اشراقی از قبیل حدوث العلوم، و شرحی بر هیاکل النور سهروردی، تألیف کرد. قاضی سعید قمی، که به ابن عربی سنت شیعی شهرت یافت، نوشته های خود را به نوعی تأویل اختصاص داد که هدفش شرح و بسط معنای رمزی قرآن و دیگر اعتقادات و آئینهای اسلامی بود.
در اواخر عهد صفوی دو حادثه رخ داد. نخست، صوفیه که تا آن زمان از آزادی نسبی بهره مند بودند کم کم از طرف علمای ظاهری متهم به انحراف از شریعت اسلامی شدند و بنابراین مورد ایذاء و آزار قرار گرفتند. حادثه دوم به ضعف گرائیدن دولت مرکزی و نتیجتا، سلطه جو زاهدانه و دین مدارانه تر بود. مع ذلک، علی رغم این گر گونی، شماری حکیم در اواخر دوره صفویان پیدا شدند و اسباب انتقال از دوره صفوی به دوره قاجار را فراهم کردند.
نخستین چهره مهم اشراقی که به این دوره تعلق دارد حسن لبنانی است، که تصوف فلسفی او، با علمای ظاهری هماهنگی نداشت و متهم به صوفیگری بود. دومین حکیم قابل توجه این عصر میرزا محمدصادق اردستانی بود، که حکمت تدریس می کرد و مجری سنت ملاصدرا بود. در خلال این دوره، چهره هائی چون اردستانی و میر سیدحسن طالقانی استفاده از متون اشراقی را در مدرسه آغاز کردند. مثلا طالقانی فصوص الحکم ابن عربی و حکمة الاشراق سهروردی را تدریس می کرد ضمن اینکه تحت تأثیر ملاصدرا بود.
علی رغم اینکه شرائط ناسازگار و خصومت نسبت به تصوف و حکمت، این هر دو رشته تا عصر قاجار که موج جدیدی از فعالیتهای فکری پیدا شد، بالندگی را ادامه دادند، گرچه این دوره هیچ گاه به اندازه عصر صفوی، چهره های سرشناسی عرضه نکرد.
پیش از اظهار نظر درباره جایگاه مکتب اشراق در عصر قاجار، لازم است به دو دلیل مقداری درباره ملاصدرا بگوئیم. یکی به سبب حد تأثیر پذیری او از سهروردی و دیگر به لحاظ اینکه او در دوره صفوی و قاجار میدان دار عرصه فلسفه بود. آثار بر جای ماندنی ملاصدرا در فلسفه، که ترکیبی از ابن سینا و سهروردی است، مسیر فعالیتهای فلسفی را در ایران حتی تا به امروز شکل داد و تعیین نمود.
بنابراین، سنت اشراقی و تأثیر آن را بر عرفان شیعی در صورتی بعتر می توان درک کرد که رابطه فکری بین این دو فیلسوف سترگ، سهروردی و ملاصدرا، روشن تر شود.