پیوند دین و دنیا، دچار چالش هاى چندى شده است، از جمله:
1. دوران شناخت انسان بین محذورین؛ علم مطلق و جهل مطلق
اگر قدرت و استعداد انسان نسبت به شناخت ارزش ها و شناخت خداوند پذیرفته گردد، در آن صورت نمى توان جامعه اسلامى را بر اساس تعالیم و ارزش هاى اسلامى بنا نهاد و اگر نتیجه ى فوق مقبول افتد، باید از استقلال آدمى در شناخت معیارها و وظیفه ى او در تشخیص ارزش ها دست شست که در آن صورت نمى توان خیر مطلق بودن خداوند و حسن همه ى افعالش را شناخت.
این اشکال و چالش ناتمام است؛ زیرا اولا، دوران امر بین شناخت و علم مطلق و عدم شناخت و جهل مطلق انسان نسبت به ارزش ها نادرست است. انسان نسبت به شناخت کلیات از جمله حسن و قبح افعال کلى انسان و حسن همه ى افعال الهى تواناست؛ گرچه نسبت به شناخت حسن و قبح تک تک مصادیق افعال انسان ناتوان است؛ ثانیا، به فرض، انسان در شناخت حسن و قبح افعال توانمند باشد، این امر مستلزم توانایى او در شناخت راه وصول به آن ها نیست؛ ثالثا، شناخت هاى قطعى انسان به عنوان دلیل منفصل مى توانند مؤید، مقید و مخصص نصوص شریعت باشند و عقل و شرع به عنوان حجت ظاهر و باطن، منشاء سعادت دنیا و آخرت گردند؛ رابعا، این سخن عادل ظاهر -مبنى بر این که اصول عام و مطلق و معیارهاى کلى تشریع در اسلام مانند لاضرر و لاضرار یا امر به معروف و نهى از منکر به جهت عدم تعیین ضرر فاقد ارزش عملى است- ناتمام است؛ زیرا اسلام براى این مفاهیم، تعریف مشخص و معیار تشخیص مصداق را معین نموده است و منابع معرفتى انسان یعنى عقل و حس را معتبر شمرده است.
2. شمولیت سکولاریسم براى همه ى فرهنگ ها
سکولاریزاسیون یک مسئله ى عام جامعه شناختى است؛ بنابراین همه ى فرهنگ ها و جوامع را در بر مى گیرد.
این ادعا نیز ادعایى ناتمام است. فرهنگ و تفکر مسیحیت، علت محدثه و مبقیه ى سکولاریسم در مغرب زمین است؛ ولى این علت، منطقا بر جوامع دیگر، جریان پذیر نیست؛ زیرا دین مسیحیت با معارف دین اسلام کاملا متفاوت است. معارف اسلام و قرآن فهم پذیرند؛ در حالى که معارف مسیحیت راز آلود و فهم ناپذیر، بل خرد ستیزند. شواهد و استنادهاى قطعى تاریخى، معرف قرآن به عنوان کلام خداست و تردید در آن ها به معناى بى اعتبار ساختن علم تاریخ است؛ ولى متون مقدس مسیحیان، فاقد این استنادهاى تاریخى اند. وجود تناقض هاى آشکار در متون مقدس مسیحیان و تعارض هاى متعدد علم و دین و عقل و دین، جملگى در بى اعتبار ساختن مسیحیت و تقدس زدایى آن مؤثر بوده اند. نهضت رفرمیسم و عملکرد نادرست ارباب کلیسا نیز در پذیرش و گسترش عرفى شدن نقش داشته است؛ البته نباید از نقش عوامل دیگر عرفى شدن دنیا در جوامع اسلامى غفلت کرد. نزاع ها و چالش هاى احزاب دینى در عرصه ى سیاست، بى تفاوتى نسبت به مشکلات حقیقى و واقعى مردم و قشر آسیب پذیر، جلوگیرى نکردن از فسادهاى ادارى، رشوه خوارى، اعتیاد، امنیت زدایى ها و... مى تواند مردم را از حضور دین در عرصه سیاست و اجتماع ناامید سازد؛ بنابراین، مسئولیت سنگین و خطیرى بر عهده ى زمامداران جامعه ى اسلامى ایران است که باید توجه به آن نموده و در حل مشکلات مردم کوشا باشند.
3. عدم پاسخ گویى اسلام به نیازهاى زمان
شبهه ى دیگر سکولارها این است که اسلام با قوانین 1400 ساله اش قادر به رویارویى با مسائل و مقتضیات و نیازهاى متغیر زمان نیست؛ بدین جهت توانایى جواب گویى در شرایط متغیر ندارد. این مطلب از دوران مشروطیت توسط ملى گرایان افراطى سکولار مسلک مطرح بوده و تاکنون ادامه یافته است. شهید مطهرى در کتاب اسلام و مقتضیات زمان و سایر آثار ارزشمندش، به این پرسش پاسخ داده است. وى با طرح نظریه ى رابطه ى احکام متغیر به احکام ثابت، معماى ثبات قوانین اسلام و تغییر نیازهاى انسان ها را حل مى کند و براى تبیین و مستدل کردن آن، به متد اجتهاد که در فقه شیعه مطرح است تمسک مى جوید؛ وى در تعریف اجتماع مشروع مى نویسد: «اجتهاد مشروع عبارت از استنباط کردن فروع از اصول است؛ یعنى کشف و تطبیق اصول کلى ثابت بر موارد جزئى و متغیر».
در روایات پیشوایان دین اسلام نیز آمده است که «علینا القاء الاصول و علیکم التفریع»؛ با توجه به این مطلب، اولا، همه ى نیازها متغیر و متحول نیستند بلکه نیازهاى ثابت نیز وجود دارد. انسانیت انسان و کمالات انسانى، واقعیت هاى نامتغیر و غیر متبدل اند؛ ثانیا، اسلام براى نیازهاى ثابت، قوانین ثابت و براى نیازهاى متغیر وضع متغیرى در نظر گرفته است. از خصوصیات اسلام این است که حاجت هاى متغیر یا امورى که به حسب احتیاج زمان تغییر مى کنند را به حاجت هاى ثابت متصل کرده است؛ یعنى هر حاجت متغیرى وابسته به یک حاجت ثابت است؛ و فقط مجتهد متفقه خواهد توانست که این ارتباط را کشف کرده و دستور اسلام را بیان کند. این همان قوه ى محرکه اسلام است. در نتیجه، اسلام داراى دو جنبه ى انعطاف پذیرى و انعطاف ناپذیرى است. جهت انعطاف ناپذیریش مربوط به عناصر و احکام ثابتى چون ضروریات دین مانند وجوب نماز، روزه و... مى باشد جهت انعطاف پذیریش به عناصر و احکام متغیر ارتباط دارد که احکام جزئى و حکومتى و... را مى توان از مصادیق آن شمرد.
4. عدم کارآیى مدیریت فقه شیعه
برخى از سکولارهاى معاصر، نسبت به عدم کارآیى مدیریت فقهى و ناتوانى فقه نسبت به تنظیم حیات فردى و اجتماعى و نیز عرفى شدن فقه شیعه با مفاهیم فقهى به ویژه عنصر مصلحت، شبهاتى مطرح کرده اند.