علامه امینی صاحب الغدیر پس از اینکه از پرکاری بی امان خویش دچار فتور جسمی شد و بیمار گشت، تا حدود 4 سال مانده به درگذشت، به بیماری توجه چندان نمی کرد و از کار باز نمی نشست. تا اندک اندک، کار آسیب وی بالا گرفت و او را از کار بازداشت، کتاب از جلو دیدگان وی دور کرد و خامه از دست وی بستاند.
این بود که معالجه را رخت به تهران کشید. در این شهر با رسیدگی خویشان و ارادتمندان به معالجه پرداخت تا روزی که به بیمارستان منتقل شد. بیماری و بستری شدن وی حدود دو سال به طول انجامید. چون نزدیکان وی از معالجات تهران مأیوس شدند، با هزینه ی خویش او را به خارج فرستادند. این سفر درمانی 29 روز طول کشید. و از آن بدون معالجه ی قطعی همراه یکی دو تن که در خدمتش بودند به تهران بازگشت. و همینسان حال وی به سختی گرایید، در سن 68 سالگی (به سال هجری شمسی)، و 70 سالگی (به سال هجری قمری) بدرود جهان گفت. در تهران، خیابان شاهپور، کوی نیشابور.
علامه حکیمی می فرمایند: «در دوران بیماری گاه به عیادتش می رفتم. و از جمله در آخرین دقایق عمرش یکبار دیگر به دیدار او موفق شدم، و حالت خاصی را در لحظات احتضار او مشاهده کردم. همین اندازه می توانم گفت، ایمان واقعی و محبت علی و خدمت به علم و هدایت خلق، در آن لحظات، لحظات نزع و به تعبیر سعدی: «رفتن جان از بدن» که تنها بر مؤمنان و پاکان و پایداران و شکیبابان فرخنده است، به صورت چگونگی ویژه تجسم یافته بود، و حالت روحانیی غیر قابل وصف در آن اتاق و در گرداگرد بستر وی پدید آورده بود، چنانکه می گفتی هرچه مادی و از عالم ماده و کدورت است از آنجا رانده اند و به جای آن، قطعه هایی از فضاهای روشن و عطرآگین جهان مینویان و سپیده دمان پاک و روانبخش بهشتهای جاودان پراکنده اند و ارواح مکرم به دیدار او و پیشباز روح او آمده اند.
خداوند همواره روان او را شادمان سازد و جان او را بر روی بال فرشتگان در زلالهای رحمت خویش تا جاودان، به پرواز دارد. سپس به روز شنبه، بامداد، جنازه ی وی از همان خیابان، تا سه راه ابوذر جمهوری و از آنجا تا مسجد ارگ تشییع شد. آنگاه پس از چند روز، به سرزمین علم و آستانه ی عشق جاودان، نجف اشرف حمل گردید. در عراق نیز از جنازه ی وی تجلیل کردند. در نجف پس از ادای مراسم و طواف در حرم دوست او را در کنار کتابخانه ای که تأسیس کرده بود (مکتبة الامام امیرالمؤمنین الهامه) به خاک سپردند، «دو کتابخانه در پهلوی هم» تا تربت او نیز چونان کتابخانه، مطاف دل مشتاقان علم و کتاب باشد، و هر محققی، به هنگام ورود به کتابخانه، از آن روح بلند و عاشق بی قرار کتاب الهام گیرد، و هر طالب علم و دانشجو، زندگی، زهد، امانت، اخلاص، استغنا، پایداری، اصلاح طلبی، و چگونگی کار وی را و عشق همواره سوز او را به کتاب و خواندن سرمشق خویش سازد.
پس از رحلت «علامه امینی»، در نجف، از سوی عالمان و فقها و مرجع اعظم، و همینگونه در سایر شهرها و اماکن مختلف ایران و دیگر سرزمینهای اسلامی، مجالس ترحیم و تجلیل برای او برپا گشت. دیگر «الغدیر» در میان ما، ماند اما «صاحب الغدیر» نه.
من درباره ی تشییع جنازه ای که تهران از «صاحب الغدیر» کرد، سخنی نمی گویم. شاید بیش از آنچه کرد نمی توانست. چنانکه از مجلات و روزنامه ها و خبرگزاری های ایران در مورد انعکاس کردن این مصیبت بزرگ و تجلیل از شخصیت و خدمات «علامه ی فقید» نیز ذکری به میان نمی آورم. ولی هنگامی که خود در آن مراسم شرکت کردم، آنچه را مناسب با خویشتن می پنداشتم: می پنداشتم که این عالم بزرگ اسلامی شیعی و حجت آل محمد (ص) و با کاربرد درست کلمه «حجة الاسلام»، که درگذشته است، معلم امت، شیخ مفید، محمدبن محمدبن نعمان است و این جنازه، جنازه ی اوست.
آری میان مردان بزرگ همواره شباهتهای چندی است، به ویژه آنان که در یک راه گام گذارده اند و برای نشان دادن یک حقیقت فدا شده اند و از شعله ی یک عشق سوخته اند، همانسان که اقیانوس ها به هم مرتبطند و قله های رفیع همنواخت و هامونهای بزرگ در پهناوری و عمق همگونه و جنگلهای کهن در رازوری چونان هم و رودهای عظیم در بسترهای پرصخره ی خویش همسان.
باری، من می پنداشتم که: مرید که پس از چهل سال دفاع مقدس و اصلاح ژرف و نشر علم و زنده کردن سنت و پاک ساختن حدیث و پیراستن تاریخ و استوار سازی تفسیر و نشان دادن حجت ارائه ی مدرک و احیای ارواح و استحکام بخشیدن به حقایق ایمانی جامعه و برتافتن سخت ترین مجاهدت در راه احیای اسلام و رهایی امت و شناساندن فلسفه ی سیاسی و اجتماعی قرآن هم اکنون درگذشته است. همرسالت دیگر خویش، در قرن پنجم، معلم امت، محمدبن محمدبن نعمان مفید است، و این جنازه، جنازه ی اوست بر سر دستها و دوشها. و این مدت میدان اشنان بغداد است که با 80000 تن بر او نماز می گذارد...
جنازه ی «صاحب الغدیر» را می دیدم که زیر رواق تاریخ عبور می دهند. میدان ها و خیابان ها پر است از جمعیت، همه سیاهپوش و غرق در تجلیل از علم. آفتاب سوگمند و تیره می تابد. درفشهای سیاه همه جا در حرکت است و ابرهای سیاه بر فراز سرها در تلاطم. آسمان غبارآلود است و افق تیره و تار. صوت قرآن، از هر سوی بلند است، و قاریان با لحن خوش و غمناک، آیات قرآن را می خوانند:
«قل هل یستوی الذین یعلمون و الذین لایعلمون؛ بگو، آیا همسان باشند آنان که بدانند و آنان که ندانند؟» (زمر/ 9)
«و فضل الله المجاهدین علی القاعدین أجرا عظیما؛ خدای افزونی داد مجاهدان را بر نشستگان مزدی بزرگ.» (نساء/ 95)
«یرفع الله الذین آمنوا والذین أوتوا العلم درجات؛ تا خدای برتری دهد درجات آنان را که گرویدند، از میان شما، و آنان را که دانش دادند.» (مجادله/ 11)
«إنما یخشى الله من عباده العلماء؛ از خدای ترسند (و او را شناسند و رعایت دستورات او کنند) عالمان و دانایان.» (فاطر/ 28)
«قل لا أسئلکم علیه أجرا إلا المودة فی القربی؛ بگوی، نمی خواهم از شما بر این (پیغام رسانیدن) هیچ مزدی، لیکن از شما خواهم دوست داشتن خاندانم را.» (شوری/ 23)
«شهدالله أنه لا إلـه إلا هو والملائکة و أولوا العلم قائما بالقسط؛ گواهی داد خدای که نیست خدایی جز او، و گواهی دادند فرشتگان و خداوندان دانش (خدای) ایستاده است به داد و عدل.» (آل عمران/ 18)
«و جعلنا بینهم و بین القرى التی بارکنا فیها قرى ظاهرة و قدرنا فیها السیر سیروا فیها لیالی و أیاما آمنین؛ ميان آنها و سرزمينهائي كه بركت داده بوديم شهرها و آباديهای آشكار قرار داديم، و فاصله های متناسب و نزديك مقرر داشتيم (و به آنها گفتيم) شبها و روزها در اين آباديها در امنيت كامل مسافرت كنيد.» (سبأ/ 18)