اثر اولیه و اصلی ماریتن در معرفت شناسی کتاب درجات معرفت (Les degres du Savoir) (چاپ ۱۹۳۲) است، هر چند در آثار دیگر وی از جمله دامنه عقل (۱۹۴۸) نیز می توان نوشته های مهمی در این باره یافت. او تا حدود زیادی دیدگاه رئالیستی توماس اکوئیناس را دنبال می کند، گرچه تحت تأثیر قدیس یوحنای صلیبی و اگوستین و بوناونتورا هم بود. ماریتن در مخالفت با فلسفه مدرن بر اولویت و تقدم متافیزیک و وجود شناسی بر معرفت شناسی تأکید می کند. در واقع او بر آن است که نقد و نظرهای مربوط به معرفت بخشی از متافیزیک است. ماریتن دیدگاه خود را رئالیسم انتقادی می خواند و به طور خاص بر علیه روایتهای اصالت عقلی و تجربه گرایانه راجع به معرفت استدلال می کند و معتقد است که فلسفه کانت، ایده آلیسم، پراگماتیسم و پوزیتیویسم با وجود تفاوتهایی که با یکدیگر دارند حاکی از تأثیر اصالت تسمیه هستند. یعنی این دیدگاه که مفاهیم کلی مخلوق ذهن انسان هستند و هیچ پایه و بنیادی در واقعیت ندارند. واقع گرایی انتقادی ماریتن بر آن است که آنچه ذهن می شناسد همان چیزی است که در خارج از ذهن وجوددارد. این به آن معنا نیست که علم داشتن به چیزی به منزله بازنمایی آینه وار شیء شناخته شده در ذهن عالم است بلکه به این معناست که ذهن عالم به معلوم تبدیل می شود. ماریتن می گوید که معرفت ما به واقعیت از طریق مفاهیم حاصل می شود. این مفاهیم بی واسطه و کلی هستند گرچه فقط به مدد تأمل و تفکر شناخته می شوند لذا برای مثال ذهن وقتی به چیزهای محسوس علم پیدا می کند هم نقشی منفعل دارد (یعنی انطباعات حسی را دریافت می کند) و هم نقشی فعال (یعنی بر پایه این انطباعات حسی معرفت شکل می دهد).
معرفت شناسی ماریتن تنها در پی توضیح و تبیین ماهیت معرفت در علم و فلسفه نیست بلکه به ایمان دینی و عرفان نیز نظر دارد و یکی از هدفهایش این است که انواع متفاوت معرفت را شرح و بیان کند و ارتباطشان را با یکدیگر تبیین نماید. معرفت مراتب متفاوتی دارد که هر یک از آنها خود واجد درجاتی است. در مرتبه اول، در مرتبه معرفت عقلی می توان از معرفت به طبیعت محسوس (یعنی حوزه علوم تجربی) سخن گفت که متفاوت با معرفت ریاضی یا علم فیزیکی ـ ریاضیایی است و به نوبه خود متمایز ازمعرفت فوق محسوس یا متافیزیکی است. اما این درجات معرفت مستقل از یکدیگر نیستند و از این حیث با هم اشتراک دارند که برای دانستن چیزی باید دانست که چرا آن چیز هست یعنی ذهن تنها به این خرسند نیست که صرفا به چیزی علم پیدا کند بلکه می خواهد بنیادو علت وجود آن را نیز بداند و به طرحی کلی از آن چیز و ارتباطش با چیزهای دیگر برسد.
مثلا علوم طبیعی که مبتنی بر ادراک حسیند هدفشان صورتبندی قوانینی است که وجوهی از مدرکات حسی را منعکس می کنند. پس دانشمند در درجه اول دلمشغول یافتن نظم و قاعده هایی در طبیعت است اما علم طبیعی برای آنکه به مقام یک علم برسد باید فلسفه طبیعی را مفروض بگیرد. فلسفه طبیعی به پشت پدیده می رود تا پیوندها و علل ذاتی را کشف کند. بنابراین ذهن از آنچه از طریق ادارک حسی دریافته، به معرفتی می رسد که کلی است (این امر ممکن است زیرا به عقیده ماریتن اشیا دارای ذوات یا طبایعند). در حالی که علوم طبیعی و فلسفه طبیعی هر دو بر امور طبیعی و فیزیکی متمرکز می شوند فیلسوف طبیعی بر خلاف دانشمند دلمشغول ذات اشیا و تعریف آنهاست. این معرفت در مرتبه اولین درجه انتزاع قرار دارد.
اشیای فیزیکی ریاضیایی (مانند کمیت، عدد و امتداد) در دومین مرتبه انتزاع قرار دارند. اگرچه آنها بدون وجود اشیای مادی وجود ندارند، می توان آنها را بدون هرگونه ارجاع به اشیا مادی به تصور درآورد. متافیزیک یا معرفت نظری به چیزهای موجود در سومین سطح انتزاع می پردازد به اموری مانند جوهر، کیفیت، خیر و وجود الهی. به سبب ماهیت متعلقات متافیزیک این نوع معرفت به اندازه استدلال قیاسی مستلزم استنتاج منطقی نیست. چنین معرفتی (از جمله معرفت به وجود الهی) به واسطه هیچ انطباع یا ادراک مستقیم به دست نمی آید بلکه به طور غیر مستقیم و از طریق مخلوقات حاصل می شود. پس در این مراتب معرفت، سلسله مراتبی وجود دارد. اموری که از حیث عقلی بودن و بی واسطگی در بالاترین مرتبه قرار دارند، متعلق یا هدف بالاترین مرتبه معرفت هستند. ماریتن خاطرنشان می کند که اثبات و استدلال فلسفی با اثباتهای ریاضی یا علم طبیعی فرق دارد: فلسفه به حوزه ای از معرفت تعلق دارد که از لحاظ عینی مستقل است و یک رشته معرفتی واقعا مستقل و قائم به خود را تشکیل می دهد. به ویژه، فلسفه طبیعی به طبیعت شیء مورد شناسایی خود نفوذ می کند. متافیزیک هم که نوعی معرفت فلسفی است دلمشغول وجود کاملا معقول است. اما علم در بهترین حالت، دانشی تجربی منطقی (empiriological) است و نه به خود وجود بلکه فقط به امور قابل مشاهده و سنجش پذیر منتهی می شود.
از این رو به کار گرفتن روشهای اثبات و تحقیق علمی در قلمرو معرفت متافیزیکی به تعبیر ماریتن یک اشتباه مقوله ای است. علاوه بر این مراتب معرفت عقلی یعنی معرفت علمی و فلسفه طبیعی، معرفت ریاضی فیزیکی و معرفت متافیزیکی مراتبی از معرفت فوق عقلی هم وجود دارد که فراسوی معرفت طبیعی است. از یک سو، علم مربوط به معارف وحیانی یا حکمت الهیاتی و از سوی دیگر الهیات عرفانی وجود دارد. بنابر نظر ماریتن در حکمت الهیاتی، آدمی نه صرفا از طریق عقل بلکه به مدد ایمان به وجود الهی معرفت پیدا می کند (این معرفت متمایز از معرفت متافیزیکی است که به اصطلاح «از بیرون» به وجود الهی می پردازد). معرفت عرفانی باز در سطح بالاتری قرار دارد و بی واسطه و فارغ از مفاهیم است و عبارت است از شناخت حضوری خداوند. انسان از طریق ژرف اندیشی و تأمل عرفانی به معرفتی وصول می یابد که عشق و طراوت و معنویت بیشتری به وی می بخشد.
ماریتن مانند توماس اکوئیناس معتقد بود که هیچ تعارضی بین ایمان و عقل حقیقی وجود ندارد و اعتقاد دینی گشوده به روی تحلیل و بررسی عقلی است و وجود خدا و پاره ای از اعتقادات دینی بنیادی را می توان از لحاظ فلسفی اثبات کرد. بنابراین، اعتقاد دینی یک رهیافت یا موضوعی مربوط به عقیده های خصوصی نیست بلکه با حقیقت پیوند دارد. ماریتن بر آن بود که میان خدای حقیقی و عقل گریزی قاطع باید یکی را برگزید. ماریتن مانند اکوئیناس موقف مبناگروانه کلاسیک را قبول داشت که می گوید پاره ای اعتقادات را می توان بر پایه اصول بدیهی واستنتاج عقلی به اثبات رساند. به ویژه معتقد بود که به مدد عقل طبیعی (یعنی عقلی که از نقل و وحی یا منابع دیگر مدد نمی جوید) می توان به شناخت حقایقی راجع به خدا دست یافت و بر آن بود که طرق پنجگانه (Five Ways) معروف توماس اکوئیناس در اثبات وجود خدا معرفتی مطمئن به وجود خدا به دست می دهد اما همچنین استدلال می کرد که براهین و دلایل دیگری بر وجود خدا وجود دارد و خود در کتاب تقرب به خداوند دلیلی ارائه می کند که آن را «طریق ششم» می خواند.
ماریتن همچنین امکان یک معرفت طبیعی و ماقبل فلسفی اما در عین حال عقلی راجع به خدا را تصدیق می کرد و آن را معرفتی می دانست که برای اثبات فلسفی وجود خدا ضروری است و در واقع منتهی به آن می شود. (پس به این نحو می توان به حقانیت پاره ای اعتقادات دینی علم پیدا کرد بدون آنکه مورد اثبات قرار گرفته باشند). برهان ماریتن که مشابه برهان تومیستی بر پایه وجود ممکنات است این است که هرکسی به شهود و صرافت طبع خویش درمی یابد که واقعیتی جدای از خودش وجود دارد. ثانیا خود را موجودی محدود و متناهی می یابد و ثالثا به این ضرورت پی می برد که چیزی کاملا آزاد از نیستی و مرگ وجود دارد. از اینها نتیجه می شود که وجود دیگری هست که متعالی و قائم به خویش و فی نفسه ناشناخته است و همه موجودات را به جنبش و فعالیت درمی آورد یعنی وجود مستغنی بالذات، وجود (Being) قائم به خود. ماریتن تصدیق می کند که این معرفت به خدا برهانی نیست اما با وجود این از حیث یقین بخشی غنی است و زمینه ای قوی برای اثبات های فلسفی وجود خدا فراهم می کند.
ماریتن راجع به وجود و صفات خدا و راهها و رهیافت های مختلف در این باره به تفصیل سخن گفته است. در عین حال او خود منتقد تعدادی از دلایل در دفاع از اعتقادات دینی بود. او دلیل می آورد که چنین دفاعیه هایی راه به جایی نمی برند و کامیاب نمی شوند چون تشخیص نمی دهند که معرفت انواع مختلف دارد و این انواع مختلف در یک سلسله مراتب قرار دارند و روشهایی به کار می برند که بنابر تعریف برای اثبات بعضی چیزها مناسب نیستند. ماریتن بر آن است که عقل به عنوان حرکتی عقلانی در سیری پیش رونده به سوی غایتش یعنی واقعیت می تواند از طریق دلیل و برهان به خدا معرفت پیدا کند ولی اگر به معنای یک روش بحثی محض یعنی آنچه ماریتن با علوم فیزیکی ریاضی یکی می گیرد و آن را عقل راسیونالیسم نام می نهد گرفته شود نمی تواند هیچ چیزی راجع به خدا بداند یا بگوید.
ماریتن علاوه بر اینکه معتقد بود می توان از راه عقل به وجود پی برد بر این نظر بود که چیزهایی هم راجع به صفات خدا می توان دانست. او بر خلاف تومیست هایی مانند اتین ژیلسون عقیده داشت که ما می توانیم معرفت ایجابی به خدا داشته باشیم اما تصدیق می کرد که معرفتی که فلسفه راجع به خدا فراهم می آورد ناقص و محدود و ناکامل است. به نظر ماریتن اعتقاد دینی برای آنکه معقول (reasonable) باشد باید با نتایج عقل حقیقی در تناقض نباشد اما مانند اکوئیناس هرگز ادعا نمی کرد که برای آنکه معرفت شخصی به حقایق وحی شده معقول باشد شخص باید بتواند آنها را به لحاظ فلسفی اثبات کند. در واقع ماریتن بر آن است که الهیات می تواند هم دلیل فلسفی ای را که با حقایق الهیاتی در تعارض است نادرست بداند و آن را رد کند.
فلسفه اخلاقی و سیاسی ماریتن بر زمینه سنت قانون طبیعی ارسطویی توماس شکل گرفته است. هرچند، ماریتن معتقد است که اخلاق ارسطویی فی نفسه ناکامل است زیرا فاقد معرفت به غایت و هدف نهایی بشریت است. اما دیدگاه توماسی می گوید که قانونی در سرشت انسان هست که از قانون الهی یا سرمدی سرچشمه گرفته است. و غایت حیات انسان فراتر از هر چیز قابل دسترس در این زندگی است. ماریتن به همین خاطر دیدگاه توماسی را پیشرفت مهمی نسبت به نظر ارسطو می دانست.
یک مفهوم کلیدی در فلسفه اخلاق ماریتن آزادی انسان است. او می گوید غایت انسان این است که آزاد باشد اما آزادی به معنای بی بند و باری یا اقتدارگرایی عقلی محض نیست بلکه به معنای تحقق قابلیت های وجود انسان به ویژه کمالات اخلاقی و معنوی انسان است. پیداست که فلسفه اخلاق ماریتن را نمی توان جدای از تحلیل او از طبیعت انسان بررسی کرد، ماریتن بین انسان در مقام فرد (individual) و انسان در مقام شخص (person) تمایز می نهد. انسانها در مقام افراد وابسته به جمع و نظام اجتماعیند. اما آنها شخص هم هستند. شخص یک کل است و تقدیری متعالی دارد و باید چونان یک غایت با او رفتار کرد. هر دو وجه فردی و شخصی برای انسان بودن ضروری است. انسانها بر طبق فردیتشان تعهداتی نسبت به نظام جامعه دارند اما بنابر شخصیتشان نمی توان آنها را تابع نظام اجتماعی کرد. تأکید ماریتن بر ارزش شخص انسان به عنوان شکلی از اصالت شخص محسوب شده که ماریتن آن را چیزی بین اصالت فرد و اصالت جامعه می دانست.
فلسفه سیاسی ماریتن ارتباط روشنی با فلسفه اخلاقش دارد. او دیدگاهی را که از آن دفاع می کرد انسان گرایی مسیحی کامل می نامید کامل از این حیث که کل وجود انسان را دربر می گرفت موجودی که هم بعد مادی دارد و هم بعد معنوی. هدف فلسفه سیاسی ماریتن این بود که شرایط ضروری برای رشد و پرورش فرد در همه ابعاد انسانی وجودش را مشخص کند بدون آنکه از هیچ یک از آنها غفلت کند یا از ارزششان بکاهد. به عقیده ماریتن بهترین نظام سیاسی نظامی است که حاکمیت خداوند را بازشناسد. بنابراین او نه تنها فاشیسم و کمونیسم بلکه همه صور انسان محوری سکولار را نیز رد می کند. او دلیل می آورد که اینگونه دیدگاهها به ویژه فاشیسم و کمونیسم از زندگی آدمی انسانیت زدایی می کنند. علاوه بر این ماریتن اگرچه مدافع سبک آمریکایی دموکراسی بود علاقه ای به آمیختن پایبندیش به مسیحیت با سرمایه داری نداشت. او معتقد بود که انسان گرایی خدا محور بنیان فلسفیش توجه و اذعان به این حقیقت است که شخص انسان بنابر طبیعت خویش موجودی معنوی و مادی است که با خدا ارتباط دارد و بنابراین نهادهای اخلاقی و اجتماعی و سیاسی باید این حقیقت را منعکس کنند.