پیچیدگی نژادی و ایدئولوژیکی آمریکا موجب انشعاب و رشد بسیار زیاد کلیساها شد. تقریبا همه کلیساهای مسیحی در طول جنگ داخلی بر سر مسئله برده داری دچار تفرقه و انشعاب شدند و بیشتر کلیساها بر اثر فشار نهضت انجیلی انشعاباتی را متحمل شدند. انشعابات، مانند دوره نهضت اصلاح دینی، درباره اداره داخلی کلیسا ادامه یافت. آمریکا که ترکیبی از فرقه های مختلف بود، هرگز کاملا شکل نژادی به خود نگرفت (حداقل در طول قرن نوزدهم) و بسیاری از کلیساهای صرفا نژادی و گروه های کلیسایی باقی ماندند. نهضت معروف به «احیا» تلاش کرد تا مردم همفکر را در یک کلیسای «مسیحی» واحد متحد کند. کاتولیک های رومی کلیسای واحد متحدی بودند، در حالی که بیشتر دیگر گروه های مسیحی دچار انشعابات عمده ای شدند. بعضی از انشعابات بدعت شناخته می شدند، نظیر «تعلیمات دینی مدارس در روز یکشنبه» و فرقه «روحانیت مزدبگیر اعترافی»؛ بعضی دیگر درباره نزاع های عمده ملی نظیر برده داری و بعضی دیگر تداوم مشاجرات پیشین بودند (نظیر روابودن موعظه انجیلی). در بسیاری از کلیساها بیشتر اعضا مایل به پذیرش انتظامات و تعالیم مترقیانه خاصی بودند و گروه کوچکی از آنان منشعب شدند تا به فهم خودشان از بینش اصلی گروه پایبند باشند. بسیاری از کلیساها در دوره جنگ داخلی با مرزهای شمالی جنوبی منشعب شدند. بپتیست های آمریکایی و بپتیست های جنوبی؛ کلیسای متحد پرسبیترن (شمالی) و کلیسای پرسبیترن در ایالات متحده آمریکا (جنوبی)؛ کلیسای متدیست اسقفی (شمالی) و کلیسای متدیست اسقفی جنوب، و در قرن بیستم دوباره متحد شدند. (هر چند بعضی از گروه ها هنوز برای اتحاد تلاش می کنند.)
یک تحول مهم در مسیحیت آمریکا شکل گیری کلیساهای آفریقایی- آمریکایی بود. صاحبان برده در جنوب همراه با وعاظ فرقه های مختلف پروتستان برای مسیحی کردن سیاه پوستان کارهایی انجام دادند و دین مسیحی ظاهرا بسیاری از نیازهای روانی و اجتماعی برده ها را برآورده می کرد. البته می توان از یک دین به دلیل این که اصلا برده داری را مجاز می شمرد عیب جویی کرد و می توان درباره بخش هایی از مسیحیت آمریکا که نتوانستند فراتر از محدودیت های تعصبات نژادی خود نظر کنند قضاوت نمود.
روش های تحول و گسترش مسیحیت آفریقایی- آمریکایی
برده های مسیحی در جنوب مجموعه ای از سرودها و آوازهای دینی را به وجود آورده اند که هنوز هم به نحو چشمگیری با تجربه دینی سیاه پوستان سخن می گوید. واعظ سیاه پوستی که سرانجام به عنوان یک شخصیت دینی و سیاسی ظاهر شد، نوع مخصوصی از نبوغ جمعی بود. چون جماعات متدیست ها و بپتیست های سیاه پوست تقریبا همیشه تحت نظر بودند، لذا واعظان سیاه پوست مجبور بودند روش هایی بیابند که بدون جلب سوء ظن خصمانه تبدیل به رهبران قدرتمند اجتماعی شوند و در عین حال، اطمینان جماعت محلی سیاه پوست را به دست آورند. به کلیساهای سیاه پوستان تا بعد از جنگ داخلی استقلال داده نشد. علاوه بر کلیساهای مسیحی که اعضای آن جمعیت بردگان بودند، کلیساهای رسمی دیگری نیز وجود داشتند که از سیاه پوستان آزاد تشکیل شده بودند.
نیاز به داشتن کلیساهای مستقل از این واقعیت ناشی شد که سیاه پوستان در میان سفیدپوستان خود را شهروند درجه دوم احساس می کردند. متدیست ها، بپتیست ها و دیگران اعضای سیاه پوست کلیساهای خود را جدا کردند و آنان را مجبور کردند که در بالکن ها بنشینند و یا در ساختمان های مجزا عبادت کنند. در واکنش به این اوضاع و احوال، بعضی از سیاه پوستان فرقه هایی خاص خود تشکیل دادند؛ مثلا متدیست های سیاه پوست در سال 1776 کلیسای «صهیون اسقفی و متدیست آفریقایی» را تشکیل دادند. ریچارد آلن (1760-1831)، برده زاده ای از فیلادلفیا، به سال 1816 کلیسای اسقفی متدیست آفریقایی را بنیان گذاشت. این دو کلیسا گرچه یگانه فرقه های سیاه پوست نیستند، از جماعاتی تشکیل شده اند که در خدمت اکثر مسیحیان آفریقایی-آمریکایی امروزیند.
در میان واکنش های مختلف مسیحی که در برابر چالش های اواخر قرن نوزدهم مطرح شدند، سه نهضت مهم به وجود آمد: «نهضت تقدس»؛ نتیجه مستقیم آن، یعنی نهضت پنجاهه گرا؛ و نهضت معروف به «احیا».
1- نهضت تقدس:
بعد از جنگ داخلی، از رشته ای از احیاگری های متدیستی تبلیغ شد که بر بازگشت به تقدس و «تطهیر کامل» تأکید داشتند. ویسلی معتقد بود که در حیات مسیحی دو موهبت ممتاز وجود دارد: یکی عادل شمرده شدن (که شرایط زندگی انسان را تغییر می دهد، چون خدا گناهان انسان را می آمرزد و رفاقت و همدلی را باز می گرداند) و دیگری تطهیر (که ماهیت انسان را متحول می کند و به انسان کمک می کند که زندگی توأم با محبت کامل داشته باشد). از نظر ویسلی، تطهیر یا کمال مسیحی به معنای رهایی از اشتباهات و بیماری ها نیست، بلکه به معنای رهایی از گناه است. فیض خدا انسان را قادر می سازد که چنان صمیمانه به خدا عشق بورزد که این عشق همه اعمال، افکار و سخنان او را هدایت کند.
سؤال اساسی این است که چگونه تطهیر در ملاحظه با «زمان» تفسیر می شود: از نظر متدیست ها، تطهیر یک فرایند تدریجی است که در طول زندگی مسیحی به دست می آید. اما کسانی که عضو نهضت تقدس شدند معتقد بودند که تطهیر نوعی دریافت آنی است که به وسیله عمل روح القدس حاصل می شود. در نهضت تقدس، مردم انتظار داشتند که در اجتماعات احیاگر به تطهیر کامل (تقدس آنی) برسند. در سال 1867، گروهی از افراد همفکر «انجمن ملی ملاقات صحرایی برای ترویج تقدس» را تشکیل دادند. از این انجمن یک نهضت بین فرقه ای و کلیساهای تقدس مجزایی شکل گرفتند. دو مورد از معروف ترین کلیساهای تقدس عبارتند از شاخه های خاصی از «کلیسای خدا» (برای مثال، کلیسای شهر اندرسون در ایالت ایندیانا) و «کلیسای ناصری». کلیسای خدا، در شهر اندرسون در ایالت ایندیانا، قدیمی ترین کلیسای تقدس است، در حالی که کلیسای ناصری بزرگترین کلیسا است. کلیساهای تقدس معمولا نهضت های مردمی هستند که انجیلی و بنیادگرایند و طرفدار چیزیند که به «چهار تعلیم ثابت انجیلی» معروف است؛ یعنی عیسی منجی است، تقدس بخش است، شفا دهنده است و خداوندی است که خواهد آمد.
2- نهضت پنجاهه:
نهضت پنجاهه گرایی نتیجه مستقیم نهضت تقدس است. طرفداران این فرقه معتقد به تطهیر کاملند، اما به عنوان یک فرایند تدریجی (نه آنی) که با تعمید در روح القدس (که غالبا با عنوان روح مقدس به آن اشاره می شود) آغاز می شود. از نظر طرفداران این فرقه، تعمید با روح مقدس در فیض گلوسولالیا تجسم می یابد، یعنی کسانی که روح مقدس را دریافت می کنند با زبان های رمزی سخن می گویند. از نظر آنان، تجربه مسیحی در عید پنجاهه (یعنی آمدن روح مقدس، فیوضات گلوسولالیا، شفابخشی و پیشگویی و پیامبری) باید تجربه ای مستمر و عادی در مسیحیت باشد. پنجاهه گرایی در اوایل قرن بیستم در کانزاس آغاز شد. واعظی از نهضت تقدس به نام چارلز فوکس پارهام (1873-1937) پیروان خود را متقاعد ساخت که تعمید در روح القدس که لازمه نجات است اساسا با سخن گفتن به زبان رمزی ارتباط دارد.
انسان می توانست معین کند که آیا بر اساس نوعی فیض ویژه به روح مقدس رسیده است یا خیر: تنها اگر به زبان رمزی سخن می گفت یقین حاصل می شد که به تعمید روح القدس رسیده است. مهمترین منشأ نهضت پنجاهه گرا «مراسم خیابان ازوسا» بود که در سال 1906، سیمور، واعظی از نهضت تقدس، آن را در لس آنجلس ایالت کالیفرنیا برپا کرد. طرفداران نهضت پنجاهه گرا در این اعتقاد که تعمید در روح القدس و سخن گفتن با زبان رمزی از علایم ضروری تقدسند متحدند، آنان در تفسیر کتاب مقدس بنیادگرا هستند و تمایلات مقطع باورانه قوی دارند و قویا معتقد به رجعت قریب الوقوع مسیحند. آنان درباره موضوعات اعتقادی، سیاسی و عملی اختلاف دارند (بعضی از آنان به تثلیث اعتقاد ندارند و پدر و پسر و روح القدس را تجلیات مختلف خدا در تاریخ می دانند).
بزرگترین گروه از آنان گروه جماعات خدا است، که در سال 1914 تأسیس شد. «کلیسای متحد پنجاهه گرا» بزرگترین گروه «نام عیسایی» (غیر تثلیثی) است که تعمید را به نام عیسی مسیح انجام می دهند، نه به نام پدر، پسر و روح القدس. نهضتی که با بیشتر کلیساهای مسیحی ارتباط داشت و به طرقی با نهضت پنجاهه گرا نیز پیوند داشت، نهضت پنجاهه گرای نو یا نهضت «تجدید فیوضات دینی» بود. تقریبا مسیحیان همه فرقه ها، از جمله کاتولیک های رومی، به دنبال آن بودند که فیوضات روح القدس را در خارج از نهضت پنجاهه گرایی سنتی به دست آورند. این مردم معمولا با میل به نشانه گلوسولالیا برانگیخته نمی شدند، بلکه در آرزوی نوعی تجربه ملموس و عینی از خدا بودند، یعنی نوعی تجلی روح القدس در زندگی خود بدون این که از کلیساهای خاص خود جدا شوند. آنان با بعضی از اصول اعتقادی و عملی پنجاهه گرایان سنتی موافق نبودند، اما در تمایل به تجربه روح القدس با آنان شریک بودند.
3- نهضت احیا یا «کلیسای مسیحی»:
نهضت احیا یا «نهضت اصلاح دینی جدید» در قرن نوزدهم تلاشی بود در جهت وحدت بخشیدن به تلاش هایی که برای اتحاد مسیحی صورت می گرفت، همراه با بازگشت به مسیحیتی ساده و مبتنی بر عهد جدید. بعضی ها معتقد بودند که مسیحیان بی جهت بر سر مسائل سیاسی، عملی و اعتقادی دچار تفرقه شده اند و در نتیجه از «مسیحیتی که مبتنی بر عهد جدید غیر اعتقادنامه ای» است حمایت کرده اند. یکی از رهبران این نهضت، بارتون استون (1772-1844) بود که در «انجمن صحرایی کین ریج» (1801) مشارکت داشت و ناچار شد که جماعت پرسبیتری خود را منحل کند تا بتوانند «مسیحیان ساده ای» باشند. جمیز اکلی (ح 1735-1826) گروهی از متدیست های جماعت گرا را هدایت کرد تا کتاب مقدس را به عنوان تنها نظام اعتقادی خویش بپذیرند. سایر رهبران عبارت بودند از توماس کمبل (1763-1854) و فرزندش الکساندر (1788- 1864)
توماس کمبل کلیسای پرسبیترن را رها کرد و «انجمن مسیحی» را برای اتحاد مسیحیان بنیان گذاشت. فرزندش الکساندر در انجمن های بپتیستی کار می کرد و جمعیت مجزایی بنیان گذاشت که از نوعی رویکرد عقلی، دینی و عملی به مسیحیت حمایت می کردند. او از یک طرف، از موشکافی ها و مناقشات الهیاتی پرهیز می کرد و از طرف دیگر از احیاگری عاطفی. هدف همه این تلاش ها در جهت بازگشت به مسیحیت اولیه و سنتی بود تا این که کلیسای عهد جدید را در دنیای معاصر حیاتی تازه بخشد. به علاوه، رهبران نهضت احیا خواستار دینداری ساده و مبتنی بر عهد جدید بودند و می خواستند مسیحیان را از تفرقه های شرم آوری که شقوقات فراوانی یافته بود رها سازند. هدف آنان بر طرف کردن همه تنازعات بود. اما عجیب این بود که خود این نهضت نیز فورا دچار تفرقه و انشعاب شد. الکساندر کمبل پیروان خود را «مریدان مسیح» نامید و کلیساهای آنان به «کلیساهای مسیح» معروف شد. یک گروه انشعابی محافظه کار که مخالف نوآوری های غیرمبتنی بر عهد جدید نظیر تعلیمات دینی مدارس در روز یکشنبه، موزیک دستگاهی در عبادت و فعالیت تبلیغی بود، عنوان «کلیسای مسیح» به خود گرفت و در سال 1906 به عنوان فرقه مجزایی شناخته شد. بنابراین، آرزوی «کلیسای واحد مسیح» تحقق نیافت. «مریدان مسیح» وابسته به کلیسای مسیحی اند و با فرقه «کلیسای مسیح» تفاوت دارند.
قرن نوزدهم، قرن تکثر و رشد فراوان کلیساهای مسیحی آمریکا بود؛ با به پایان رسیدن این قرن، طیف گسترده ای از اعتقادها و اعمال در میان شمار زیادی از گروه های مسیحی آمریکا ظاهر شد و در سراسر این دوره و تا قرن بیستم، گروه های مسیحی منشعب و تحت عناوین مختلف سازماندهی شدند. این گرایش گواه پویایی و تحرک مسیحیت و نیاز انسان به پیوند با گروه های همفکر است. در اواسط قرن بیستم، بسیاری از شاخه های منشعب شده با یکدیگر متحد شدند و کلیساهای متحد وسیعی نظیر «کلیسای متحد مسیح» و «کلیسای متحد متدیست» تشکیل دادند. بعضی از گروه ها خود را به عنوان کلیساهای کوچک حفظ کردند؛ اما تا حد زیادی، رشد و تکثر در قرن نوزدهم راه را برای نهضت های یکپارچه و مشترک در قرن بیستم باز کرد.