مانی می گفت در آغاز خلقت دو اصل وجود داشته است. یکی نیک و دیگری بد. نور را خالق خیر و تاریکی را خالق شر می دانست و می گفت انسان در این میان مختار است به جلوه های دو اصل مذکور، یعنی به بدی که تیره اندیشی، نادرستی، خودخواهی احمقانه، کشتار، حق کشی و غیره است. یا به نیکی که روشن اندیشی، مهربانی، دوستی، گذشت، اتحاد، صمیمیت، غمخواری دیگران و غیره است توجه و کمک کند. اگر به نیکی توجه کند، رستگار و اگر به بدی عمل کند سرافکنده و معذب خواهد شد. و حاصل آنکه تمایل به نیکی باعث سرافرازی و عروج و بقا و تمایل به بدی سبب اضمحلال و فنای آدمی می گردد. او می گفت: در حقیقت روشنائی و تاریکی، یا نیکی و بدی (یا روح و ماده) هستند که به علت اصل غیر قابل تغییر سرنوشت سرشت خود مجبورند به مسیر تعیین شده ازلی خویش ادامه دهند. زیرا در اصل:
از نیک و بدی ناید و از بد ثمر نیک *** این گفته مانی است که او گفته به تفکیک
(رفیع)
در این میان فقط انسان است که با تعیین و انتخاب مسیر تمایلی یا مصلحتی خود می تواند به یکی از آن دو راهی که در پیش دارد عمل کند و یا بهتر بگوئیم: نیکی و بدی دو راه تعیین شده قطعی است و هر انسانی عامل انتخاب و ادامه حرکت آن دو در وجود خود است. مانی بر این عقیده است که جهان بر مبنای روشنایی و تاریکی است و از همین رو است که خوبی و بدی وجود دارد، همچنین پیروان این آیین باور دارند که در نهایت روشنایی (خوبی) است که چیره خواهد شد و همه جا را فرا می گیرد. این آیین در ایران دوران ساسانیان مخصوصا در دوره پادشاهی یکساله هرمز هواخواهان و پیروانی داشته است.
مانی منبع وجود جهان را در دو اصل می داند. به عبارتی وی معتقد بود که آغاز جهان با دو اصل بوده یکی «نیکی» و دیگری «شر». خدا نماینده نیکی و هیولا مظهر شر. مانى در راه بهره گیرى از منطق بودائى گرى فراتر هم رفت، به حدى که تولید مثل را بر خود و گروه برگزیدگان مانوى حرام کرد و احتراز از زناشویى را بر ازدواج برتر دانست. مانى از زرتشت اندیشه تقسیم نیروهاى جهانى را به دو مبدأ نیکى و بدى که دوبن نامید، اقتباس کرد و روشنایى را مظهر نیکى و تاریکى را مظهر پلیدى دانست.
بعدها مانى این تعبیر را بدین صورت درآورد که خداى ترسایان، خداى نیکى هاست و یهوه خداى تورات، خداى بدى هاست. بورکیت مؤلف کتاب آئین مانى (به انگلیسى) مى گوید: «مانى به عقیده خودش، پاسخ پرسشى را که از روزهاى نخستین آفرینش در دل هاى آدمیان در حال خلجان است داده بود. آن پرسش این بود که: اگر خداوند بزرگ که این جهان را در مدت شش روز با شتابزدگى آفرید و بخشنده مهربان نیز هست و هر چه در این جهان است ساخته و پرداخته دست اوست، چگونه و براى چه شر را آفریده و این چند روزه مهلت آدمى را با هزاران بیم و خطر و ناراحتى تؤام ساخته؟ غالب دین هاى موجود، پاسخ این پرسش را یا اصلا نداده اند و یا مثلا آفرینش شیطان را پیش کشیده اند و وجود او را مایه آزمایش آدمیان دانسته اند. در حالى که سرشت آدمیان براى سازنده آن ناشناخته نبوده تا نیازى به آزمایش مجدد و ملاحظه ابلیس داشته باشد.
گروه دیگر معتقدند که کارگاه آفرینش مانند دستگاه پیچیده اى است که بشر نمى توانه بر همه رموز و اسرار گردشش پى ببرد. آنچه که در اندیشه ناسازگار و در فکر کوتاه ما شر پنداشته مى شود، خیرى است که راز آن بر ما و عقل نافرجام ما پوشیده است. هر رنج و راحتى که در زندگى پیش مى آید و ما از دلایل آن بى خبریم، حکمتى دارد و ساخته و پرداخته دست تواناى خداست. اما مانى معتقد است که خیر و شر هر دو قدیم اند و قائم بذات؛ جهان از روز ازل مرکب از دو منطقه به کلى مجزا بوده است: منطقه تاریکى و منطقه روشنایى. منطقه تاریکى، منطقه بدیها و پلیدیهاست و منطقه روشنائى، منطقه نیکى مطلق.»
در گذشته این دو قلمرو یعنى روشنائى و تاریکى از هم جدا بودند. ساکنان منطقه تاریکى، روشنائى را مى دیدند و به زیبائى آن پى مى بردند، ولى امید دسترسى به آن را نداشتند و همه در پلیدیدها و پستیها غوطه ور بودند. روزى اتفاقى افتاد و در اثر آن خداى بدیها توانست بخشى از نیکى یعنى روشنائى را به چنگ آورد، و در نتیجه نیکى و بدى یا تاریکى و روشنائى بهم آمیخته شد؛ جهان موجود، نتیجه این پیش آمد و این آمیختگى است. مانى مى گوید: سازنده این جهان (جهان ما) خداى تاریکى است، یعنى بدیها؛ ولى جزئى از روشنائى به اجزأ جهانى که ساخته است، آمیخته شده و در نتیجه، جهان بر اثر آمیزش تاریکى و روشنائى به وجود آمده است. خداى نیکى، جنگ افزار براى پیکار با بدى ها ندارد و نمى تواند وضع گذشته را بازگرداند؛ روشنائى را از تاریکى جدا کند. آمیزش روشنائى و تاریکى پدیده بى برگشتى است.
وظیفه انسان در دین مانى این است که بخش روشنائى را که در کالبد وى اسیر تاریکى است، تا مى تواند آزاد کند؛ یعنى از گسترش جهان مادى جلوگیرى کند، از آوردن فرزند و زناشوئى که باعث رشد و پهناور شدن قلمرو اهریمن است خوددارى کند، و به نابودى و انحطاط عالم هستى یعنى آزاد ساختن روشنائى از زندان تاریکى، در حدود امکان خود کمک کند. انسان نخستین هنگامى که آفریده شد، پنج عنصر درخشان براى وى همچون پوشش یا زرهى بود که بر تن پوشیده بود... از این عنصرهاى پنجگانه، چهار عنصر باد و خاک و آتش و آب بود... عنصر پنجم فروهر یا اثیر بود.
هنگامى که انسان نخستین زره هاى پنجگانه مذکور را پوشید، به کمک فرشته اى که افسار پیروزى را در دست داشت کوشید تا سرور جهان تاریکى را هزیمت دهد؛ ولى نتیجه، نامیمون و نومیدى بخش بود و انسان نخستین در میدان جنگ بیهوش افتاد و پادشاه تاریکى ها پنج عنصر روشن را بلعید. این جنگ در سرنوشت بشر اهمیت بسیار داشت. در این مرحله، انسان نخستین با اینکه پنج عنصر روشن را از دست داده بود، خود در خطر نبود و با پلیدى نیامیخته بود و بدین دلیل توانست به ژرفناى گرداب تاریکى ها برود و ریشه هاى پنج عنصر شب (یا ظلمت) را آنچنان ببرد که از بالیدن باز ماند. یعنى انسان دوباره با کمک خداى بزرگوار به میدان کارزار برگشت و نیروهاى تاریکى را اسیر گرفت. اشغال سرزمینى روشنى به دست عوامل تاریکى متوقف شده بود. ولى معناى پیروزى این نیست که همه آسیب ها و تیره روزیهاى آدمیزاده جبران شده باشد. فرشته هاى تاریکى شکست خورده و اسیر بودند، ولى عنصرهاى پنجگانه درخشان را بلعیده بودند و قلمرو روشنائى که محروم از پنج عنصر اصلى شده، با همه پیروزیش پریشان و ناتوان افتاده بود. آشوب در جهان امروزى پیش آمد که فرمانرواى تاریکى ها توانست بخشى از قلمرو نور و روشنایى را تصرف کند. انسان نخستین آدم نیست، بلکه چیزى است شبیه پروتوس آنتروپوش؛ جزئى از خدا که با خدا از یک ریشه است.
جهان بینى مانى و سازمانى که او براى عالم قائل است، مانند بسیارى از داستان هاى مذهب جنبه رمزى دارد و اگر این قصه و نظائر آن توجیه نشود، مجموع گفته هاى مانى افسانه هائى بى سر و ته به نظر مى رسد. با این همه، این افسانه میلیونها نفر را در مدتى بیش از هزار سال به خود مشغول ساخته است. افسانه پیدایش و دیگر افسانه هاى مربوط به آسمان و زمین، همه از یک سرچشمه منشأ مى گیرند که در اصل یکى هستند. پیروى از اصول عقاید مانى که پایه آن تقسیم نیروهاى کیهانى بر دو اصل روشنائى و تاریکى است، آن چنان در نهاد بشر به صورت غریزى نهفته است که حتى فیلسوفان بزرگ و ژرف اندیش امروزى مانند کارل یاسپرس نیز از تأثیر آن بر کنار نیستند. یاسپرس در کتاب فلسفه من مى گوید: «حقیقت، جهان ناشناختنى است، ولى آنچه ما مى بینیم از دو حال خارج نیست: جهان یک جنبه منطقى و یک جنبه غیرمنطقى دارد.»
یاسپرس جنبه منطقى را آئین روز و جنبه غیر منطقى را سوداى شب مى نامد. روز روشن است و شب تاریک و پر از پرسشهاى بى پاسخ. وى مى افزاید: «جهان منطقى، یعنى قلمرو روشنائى پر از گرفتارى ها و دشواریهایى است که جهان لامنطق به وجود مى آورد. تاریکى از همه سو در روشنائى رخنه مى کند و با طوفانهاى دیوانه وار و آشوبى که به وجود مى آورد، همه ما را به سوى ژرفناى عدم و نیستى راهنمایى مى کند. با این همه، آئین روز یعنى منطق روشنائى مى کوشد تا به اندیشه هاى ما سامان بخشد و از راه دانش و خرد زندگى را زیباتر کند، ولى سوداى شب کورکورانه بناهاى آباد را ویران مى کند و با همه نیروى خود، بى آنکه هدف و قصورى داشته باشد، بر موجودات مى تازد و جهان هستى را در هم مى ریزد. کشمکش میان آئین روز و سوداى شب در درون خود انسان هم جریان دارد؛ یعنى از یک سو خود ما را به راه نیکى مى خواند، ولى غرایز طبیعى ویرانگرى را به ما تلقین مى کند. ما مى توانیم راه خود را برگزینیم، ولى راه سوداى شب و تاریکى مخرب هم براى ما باز است و این دو گرایش مانند همزادانى هستند که پیوسته در درون ما ناظر و مراقب یکدیگرند. انسان نمى تواند از آثار جوهر اشیأ در امان بماند، جوهرى که ماهیت آن براى ما الى الابد ناشناخته خواهد ماند و هر لحظه ما را با مخاطرات اسرارآمیز و مجهول مواجه خواهد ساخت.»
مانی معتقد بود که جهان با طوفانی عظیم خاتمه خواهد یافت و به قعر جهنم رانده خواهد شد و در آن جا تمامی عناصر جهان تبدیل به آتش می شود و سپس سنگی بزرگ تر از دنیا آن را می پوشاند و روح های گنهکار به آن سنگ چسبیده اند. نیکوکاران راه آسمان را در پیش می گیرند و آنها که در کارهای نیک و بد جهان متعادل بودند دوباره شکل انسانی می گیرند و بدکاران به جهنم می روند. دستگاه آفرینش در عقاید مانی با پرده ای از معاد و آخرالزمان تکمیل می شود و پس از روز شمار عیسی چون داوری عادل ظهور می کند و دو ملکی که حامل زمین و آسمانند بار خود را می افکنند و هر چیزی نابود می شود و تمام ذرات نور که استخراج آن از ماده ممکن می باشد بیرون کشیده می شوند این عذاب عام 1468 سال دوام می یابد و سر انجام سدی محکم میان دو عالم کشیده می شود و عالم نور ابدالاباد در آرامش و صلح می ماند.
شهرستانی می نویسد: «ابوسعید مانوی، یکی از رئیسان مانوی، گوید که از آغاز آمیختگی روشنی و ظلمت تا زمان او (271 هجری) 11700 سال گذشته است و تا زمان خلاص روشنی از ظلمت 300 سال باقی مانده است. بنابر مذهب مانی مدت آمیختگی روشنی و ظلمت 12000 سال است، پس از مدت آمیختگی در زمان ما (521 هجری) 50 سال باقی مانده است. پس ما در آخر آمیختگی و آغاز خلاص هستیم و تا خلاص کلی و انحلال تراکیب عناصر روشنی از عناصر ظلمت 50 سال باقی مانده است.»