در نیمه ی اول قرن دهم هجری هنگامی که دولت نوظهور صفویان دوره ی جدیدی را در ایران اسلامی پایه گذاری می کرد اندیشمندی بزرگ از سلسله ی فیلسوفان اسلامی دیده از جهان فروبست. جلال الدین دوانی علاوه بر آثار بسیار و پرارزشی که در فلسفه و کلام از خود به جای گذاشت شاگردان بزرگی را نیز پرورش داد که هر یک از آنان به نوبه ی خود در نشر مباحث فلسفی نقش قابل ملاحظه ای را به عهده داشت. در نیمه ی دوم همین قرن اندیشمند بزرگ دیگری به منصه ی ظهور و بروز رسید که علاوه بر مقام فکری و فلسفی از موقعیت معنوی خاصی نیز برخوردار است. میر محمدباقر داماد حسینی استرابادی (مشهور به میرداماد) علاوه بر اینکه در مسائل عقلی و فلسفی سرآمد روزگار خویش شناخته می شود در علم فقه و حدیث نیز تسلط و احاطه دارد و کتابهایی در این باب به رشته ی تحریر در آورده است.
فاصله ی زمانی میان مرگ محقق دوانی و تولد میرداماد بیش از مدت نیم قرن را شامل می گردد. در این مدت پرچم داران فلسفه و کلام اسلامی بیشتر کسانی بودند که به حوزه ی فلسفی شیراز تعلق داشتند. در میان استادان میرداماد کسی را نمی شناسیم که به طور مستقیم و بدون واسطه در زمره ی شاگردان جلال الدین دوانی محسوب گردد. البته این سخن به معنی این نیست که میرداماد به هیچ وجه ازاندیشه های جلال الدین دوانی اثر نپذیرفته است. زیرا همان گونه که ذکر شد شاگردان متعدد دوانی در بیشتر شهرهای کشور حضور داشتند و در کار تدریس و تألیف کوشش می نمودند.
میرداماد شخصیت خود را با کسانی مانند ابن سینا و فارابی قابل مقایسه دانسته و در برخی موارد آنان را شریک خود در صناعت تعلیم معرفی کرده است. هر چه در این باب گفته شود و به هر معنی که این سخن او را تفسیر کنیم در این مسئله تردید نیست که میرداماد یک فیلسوف توانا و یک متکلم طراز اول به شمار می آید. جای هیچ گونه شبهه نیست که اگر میرداماد نبود، حوزه ی فلسفی اصفهان به این صورت که اکنون شناخته شده است شکل نمی گرفت.
حوزه ی فلسفی اصفهان نمایشگر نوعی از اندیشه است که با روایات و احادیث اهل بیت عصمت و طهارت (ع) بسیار نزدیک و هماهنگ است. اندیشمندان بزرگی که در این حوزه ی فکری پرورش یافته اند علاوه بر اینکه با قرآن کریم و تفاسیر آن انس و الفت بسیار دارند با روایات ائمه ی معصومین (ع) نیز از آشنایی کامل برخوردارند. پیدایش حوزه ی فلسفی اصفهان با آن نوع اندیشه و نگرشی که در آن رشد یافت و شکوفا شد بسیار طبیعی و به هنجار است، زیرا این حوزه ی فلسفی در زمانی به منصه ی ظهور و بروز می رسد که سلاطین صفوی زمام امور را به دست گرفته و به عنوان یک حکومت شیعی در صحنه ی سیاست جهانی ظاهر گشته اند. با ظهور تشیع که برای همیشه از خفا خارج شده بود، شاهد انتشار آثاری هستیم که در آنها تأمل فلسفی از ثمره احادیث امامان سود می جست.
بأ تامل در مطالب بالا روشن می شود که با ظهور حکومت صفوی و نقش علمای شیعه در آن عناصر ظاهری و باطنی دین به نحوی با یکدیگر پیوند می خورند. از عناصر ظاهری می توان به فقه و اصول که متکفل بحث در ظاهر شریعت هستند، در حوزه دینی نام برد. این بخش ظاهری دین (شریعت) با قسمت ظاهری قدرت دنیوی، که در چهرۀ قدرت سلاطین به ظهور می رسد، در این مقطع تاریخی با هم دیگر پیوند می خورند. از سوی دیگر «حدیث» که واسط میان ظاهر و باطن دین است، از لسان کسی است که خود امام و یا نبی است و سیره او در حقیقت جامع بخش های ظاهری و باطنی دین است. در پرتو وجود و تعالیم امام و انسان کامل که عنوان کون جامع وجود را دارا هستند، جنبه های ظاهری و باطنی مراتب وجود به همدیگر پیوند یافته و به مرحله فعلیت می رسند.
در این مقطع است که جنبه های ظاهری دین (شریعت) و حکومت سیاسی دنیوی محیطی را فراهم می کنند تا جنبه های میانی و متعالی تر واقعیت هر چند در مرحلۀ نظری به فعلیت برسند. مقصود از جنبه های میانی و متعالی واقعیت، مراتبی است که علومی چون کلام، فلسفه و عرفان متکفل بحث از آنها هستند. در این محیط بود که علوم و عارف مذکور به همدیگر نزدیک شده و در نهایت به مقصود دین که بیان توحید در مراتب آن است، می رسند.
از سوی دیگر نیز بایستی به نحوۀ ظهور سلسله صفوی توجه کرد، زیرا پایگاه آنها سلسله ی صوفیه بود. صوفیه ای که نماد جنبه های باطنی دین محسوب شده و از ظاهر کناره می گرفتند. جنبش و ظهور ایشان را می توان حرکتی دانست، که با آن باطن در صدد به ظهور رسیدن در مراتب ظاهری است. سلسله ای که بهره هایی از معارف باطنی داشته و یا مدعی آن بود، توانست در ترکیب این ظاهر و باطن نقش مهمی را ایفا کند. با نظر در هنر دوران صفوی و با توجه به ظهور دانشمندانی که سعی در به ظهور رساندن جنبه های اسرارآمیز دین در عرصۀ حیات روزمره را داشتند، می توان سعی در جمع بین ظاهر و باطن را در این دوران مشاهده کرد. آثار بعدی این نزدیکی ظاهر و باطن را می توان در جنبه های مختلف حیات شیعه به میزان های مختلف نظاره کرد. از جمله اثر آن را می توان در جنبه های سیاسی- اجتماعی در جنبش مشروطه و ظهور انقلاب اسلامی در دهۀ پنجاه نظاره کرد.
مهمترین مباحث مطرح شده در این مقطع تاریخی عبارت بودند از: بحث زمان، حدوث، عالم مثال یا برزخ و مباحث هستی شناسی و معرفت شناسی جدیدی بر مبنای انقلاب ملاصدرا در فلسفه وجود، تأکید بر خیال خلاق، مفهوم حرکت جوهری یا توجه به استحاله ها و تغییرات و نوعی حکمت تاریخی مبتنی بر «ساحت» دوگانه وجود یا حقیقت محمدیه (ظاهر نبوت و باطن ولایت) و..
از میرداماد حدود چهل اثر به فارسی و عربی جا مانده که به غموض معروف است و به طور عمده به چاپ نرسیده اند، گویی آثار شاگرد پرآوازه ملاصدرا سایه بر سر نوشته هایش افکنده است. میرداماد یکی از کتابهای مهم و پرمحتوای خود را که تحت عنوان جذوات به رشته ی تحریر درآمده برای شاه عباس صفوی و به دستور او نوشته است. شاید اگر حمایت سلاطین صفوی نبود میرداماد نمی توانست به این آسانی سفره مسائل فلسفی را بگستراند و در راه ترویج حکمت تا این اندازه کوشش نماید. البته این حکیم عالی مقام چتر فقاهت را نیز در بالای سر خود نگاه داشته بود و زیر سایه ی آن چتر می توانست در نشر اندیشه های فلسفی کوشش نماید. او در فقه و علم اصول فقه نیز صاحب نظر بود و در برخی موارد آراء بدیع و جالب توجه خود را ابراز داشته است.
سخن میرداماد در باب حدوث دهری این است که این جهان مسبوق به وجود عالم ملکوت است و عالم ملکوت در وعاء دهر که به منزله ی ظرف آن شناخته می شود قرار دارد. به این ترتیب سبق و تقدم عالم ملکوت بر این جهان که عالم ناسوت شناخته می شود از نوع سبق و تقدم دهری به شمار می آید، اکنون اگر به این نکته توجه داشته باشیم که هر یک از موجودات این جهان در سلسله ی عرضیه عدم یا معنی دهنده به عدم موجودات دیگر، در مرتبه ی وجودی خود به شمار می آید در مورد سلسله ی طولیه ی هستی نیز این سخن را صادق می دانیم و می گوییم هر دو مرتبه از مراتب وجود در سلسله ی طوطی عدم یا معنی دهنده به عدم سایر مراتب در این مرتبه شناخته می شود. یعنی همان گونه که در سلسله ی عرضیه، عدم تحقق یک موجود در مرتبه ی یک موجود دیگر یک عدم واقعی و فکی به شمار می آید. در سلسله ی طولیه نیز عدم تحقق مرتبه ی مادون در مقام و مرتبه ی مافوق یک عدم واقعی و فکی شناخته می شود.
به عبارت دیگر می توان گفت هرگونه وعاء و ظرفی که برای یک مرتبه از مراتب وجود در نظر گرفته می شود همان وعاء و ظرف می تواند ظرف عدم تحقق مراتب دیگر در آن مرتبه به شمار آید. به این ترتیب در نظر میرداماد هستی جهان مسبوق به عدم واقعی دهری است و به همین جهت عالم را می توان حادث دهری به شمار آورد.
مسئله ی دیگری که در آثار میرداماد اهمیت پیدا کرده و در طرح سایر مسائل اثر گذاشته است مسئله ی اصالت ماهیت و تقدم آن بر وجود را باید نام برد. او درباره ی این مسئله داد سخن داده و در بسیاری موارد روی آن تأکید گذاشته است. البته این مسئله را چندین قرن قبل از میرداماد، فیلسوف بزرگ اشراقی شیخ شهاب الدین سهروردی مطرح کرده و اهمیت آن را مورد تأکید قرار داده است. صدرالمتألهین شیرازی نه تنها در مورد مسئله حدوث دهری روی خوش نشان نداده و با سردی از کنار آن عبور کرده است، بلکه درباره ی مسئله ی اصالت ماهیت نیز موضع مخصوص اتخاذ کرده و با شدت هر چه بیشتر با نظریه ی میرداماد مخالفت می نماید؛ اگر چه در همه حال حرمت استاد عظیم الشان خود را حفظ نموده است.