ملااسماعیل خواجویی، از جمله فقها و حکما و متکلمان دوره افشاری است که در اصفهان در قرن دوازدهم قمری متولد شد. او در زمان فتنه افغان در اصفهان مشغول به تحصیل بود. او در تمام عمر خود در راه ترویج علم و دانش و تألیف و تصنیف می کوشید. خواجویی علاوه بر تخصص در فقه، مشرب فلسفی نیز داشته است. مهمترین دستاورد خواجویی به جز تربیت شاگردان بزرگ و تألیفات فراوان، احیای حوزه اصفهان بود که در اثر هجوم افاغنه خراب شده بود. با تلاش های او و تعدادی از معاصرانش این حوزه به زودی مرکزیت علمی یافته و به یکی از فعالترین حوزه های علوم عقلی و نقلی تبدیل شد.
آورده اند که حتی نادر شاه افشار نیز علی رغم بی اعتنایی اش نسبت به علمای زمانه، ملا اسماعیل را بسیار محترم داشته و فقط اوامر او را لازم الاجراء می دانسته است. او علوم نقلی و عقلی را نزد فاضل هندی، صاحب تلخیص شفا و حاشیه بر اشارات، و کتاب کم نظیر کشف اللثام در فقه، آموخت و شاید از درس ملاحمزه گیلانی و ملا محمدصادق اردستانی نیز استفاده کرده است. خواجویی عابدی مستجاب الدعوه نیز بوده و در نهایت زهد و تقوی زندگی می کرد و نسبت به مردم دنیاپرست بی اعتنا بود. برخی از شاگردان او مانند خودش دارای حوزه با اهمیتی بودند. مهمترین شاگردان او عبارتند از:
1- میرزا ابوالقاسم مدرس خاتون آبادی مدرس مدرسه چهارباغ
2- ملامحراب حکیم
3- عارف گیلانی مقیم اصفهان
4- آقا محمد بیدآبادی
5- ملامهدی نراقی، صاحب جامع السعادات در فقه و قرةالعیون در فلسفه
ملااسماعیل خواجویی در اصفهان وفات یافت و در تخت فولاد اصفهان در نزدیکی مقبره استادش فاضل هندی مدفون شد. تألیفات او را بیش از 150 عنوان ذکر کرده اند که از آن جمله اند:
1- ابطال الزمان المرهوم، که در آن سخنان آقاجمال خوانساری را رد کرده و از گفتار میرداماد درباره حدوث دهری دفاع کرده است.
2- اربعین یا شرح و بیان چهل حدیث نبوی
3- الامانة در موضوع امامت
4- بشارت الشیعه که حاوی تحقیقات و تنبیهات و نکات بسیاری است.
5- تحقیق الغناء
6- تحقیق مال تیم الصلوة فیه
7- تعلیقات بر شرح اربعین شیخ بهائی
8- حاشیه بر آیات الاحکام اردبیلی
9- رد صوفیه، به زبان فارسی
10- ثمرة الفؤاد فی نبذ من مسائل المعاد، که در آن برخی از مشکلات بحث معاد را مطرح و در مورد آن گفتگو کرده است.