مجتهد وارسته و علامه و عارف بزرگ، شهید آیة الله حاج آقا مصطفی خمینی فرزند ارشد امام خمینی- مدظله العالی- در 12 رجب 1349قمری در قم دیده به جهان گشود و در هفتم ذیقعده 1397 قمری (1356 شمسی) در سن 48 سالگی در نجف اشرف به شهادت رسید. قبر شریفش در ایوان مطهر مرقد مبارک حضرت علی علیه السلام کنار قبر علامه حلی قرار گرفته است. چند نمونه از شهامت این مرد بزرگ را یادآور می شویم:
1. حدود تابستان 1338 شمسی بود، روزی آیة الله شهید، با چند نفر از دوستان با دعوت صاحب باغی، به آن باغ می روند، تا آن روز که هوا گرم بود، اندکی تغییر آب وهوا دهند. پس از ساعتی، چند نفر عیاش بی دین که یکی از آنها سرهنگ رژیم قلدر شاهنشاهی بود، سرزده وارد باغ می شوند و بساط عیش و نوش را در گوشه باغ پهن کرده و حتی شراب می خورند و به عربده کشی مشغول می شوند. حاج آقا مصطفی، وقتی این وضع را می بیند، به صاحب باغ می گوید: چرا این افراد را به این باغ جا داده ای؟ صاحب باغ می گوید: من به آنها اجازه نداده ام و قدرت آن را هم ندارم که آنها را بیرون کنم. حاج آقا مصطفی، آن وضع را تحمل نمی کند، بلند می شود و آن چند نفر طاغوتی را سنگ باران می کند، یک سنگ به پیشانی سرهنگ می خورد که خون از آن مثل فواره به درخت می پاشد. به ناچار آنها از باغ فرار می کنند. با توجه به این که آن زمان، روزگار اقتدار طاغوتیان بوده، هنوز مردم غیر از طلاب خاص، نامی از امام خمینی نشینده بودند.
2. ایشان در ماجرای شورش ضد طاغوتی 15 خرداد نقش موثری پا به پای پدر بزرگوارشان داشتند، در 13 آبان 1343 در قم دستگیر شده و به زندان قزل قلعه تهران برده و مدت 55 روز در آن جا زندانی بودند، سپس در روز سه شنبه هشتم دیماه 1343 آزاد و به قم آمدند، استقبال گرم و پرشوری از طرف مردم از ایشان به عمل آمد. ساواک از آزادی ایشان وحشت کرد و پس از دو روز ( یعنی دهم دی) مجددا از طرف ساواک، دستگیر و به ترکیه خدمت پدر بزرگوارشان تبعید شد، و در حدود نه ماه در خدمت پدر بود و سپس همراه پدر از ترکیه به عراق تبعید گردیدند. نکته جالب اینکه: هنگام دستگیری آخر در قم (10/10/1343) وقتی سرهنگ مولوی رئیس ساواک قم (دژخیم خشن شاه) با شهید آقا مصطفی تلفنی صحبت می کند و او را با سخنان تهدیدآمیز هشدار می دهد و می گوید کاری نکن که سرنوشتت به جایی برسد که پدرت را نگران کند... آن شهید شجاع، با کمال صلابت جواب های دندان شکن به سرهنگ مولوی می دهد به طوری که سرهنگ، ناچار تلفن را به زمین می گذارد.
3. ایشان در زندان و تبعیدگاه ها در هر فرصتی استفاده کرد و با جوانان مسلمان تماس می گرفت و بذر انقلاب را در دل های آنها می پاشید. به عنوان نمونه: وقتی که در ترکیه بودم، (خودش نقل می کرد) روزی از محل تبعید در شهر بورسا، بیرون آمدم و در خیابان قدم می زدم، جوانی را دیدم از قرائن فهمیدم ایرانی است، نزد او رفتم و احوالپرسی کردم، او ایرانی بود، پس از گفتاری با او درباره انقلاب، توسط او به جوانان ایرانی، پیام فرستادم که سکوت نکنند و به پا خیزند. آنگاه که در نجف اشرف بود، نیز با جوانان تماس داشت، و مکرر با نامه ها و تلفن و.... با کمال شهامت، جوانان را به انقلاب و حکومت اسلامی فرا می خواند.
4. در نجف اشرف که بود، به روحانیون آماده، سفارش می کرد که باید آموزش نظامی ببینند و خودش در حدی که امکان داشت به آموزش حرکات مسلحانه می پرداخت، و می گفت: آیه 60 سوره انفال ما را در این کار دعوت می کند و این آیه دلیل بر آن است که فقها باید در به دست آوردن «بسط ید» (قدرت و حکومت) کوشا باشند، اصل آیه این است: «و اعدوا لهم ما استطعتم من قوه و من رباط الخیل ترهبون به عدوالله وعدوکم...»، برابر دشمنان، آنچه توانایی دارید، از «نیرو» آماده سازید، و همچنین مرکب های ورزیده ( برای میدان نبرد) تا بوسیله آن، دشمن خدا و دشمن خویش را بترسانید.
5 سال 1348 شمسی بود، از طرف حزب بعث عراق، وی را احضار کرده و نزد رئیس جمهور وقت «احمد حسن البکر» بردند. حسن البکر در ضمن گفت وگو به او هشدار شدید داد که شنیده ایم شما در گوشه و کنار مردم را بر ضد حزب بعث می شورانی، کاری نکن که با تو به گونه ای رفتار شود و در نتیجه موجب نگرانی پدرت گردد. سرانجام حزب خونخوار بعث، با دسیسه ای مخفیانه، ایشان را مسموم کرده و به شهادت رساند. مرگ ناگهانی او برای همگان، مشکوک بود، پزشک معالج گفته بود، اگر اجازه داده شود من با کالبد شکافی اثبات می کنم که آیة الله مصطفی خمینی مسموم شده است، و بعدا همین پزشک مورد تهدید و تعقیب حزب بعث عراق قرار گرفت. شهادت این بزرگ مرد الهی و شهید، آغازگر و پیشتاز آنچنان موجی در ایران ایجاد کرد که باعث انفجار نور و جرقه های عظیم انقلاب در ظلمتکده رژیم شاهنشاهی شد، خون پاک او موجب جریان خون در سال 56و57 گردید و سرفصل جدیدی در مبارزه نور بر ضد ظلمت شد و نخست از قم و تهران و تبریز و یزد و کرمان و به ترتیب باعث تظاهرات خونین شد و کم کم همه جا را فرا گرفت و انقلاب عظیم اسلامی را در 22 بهمن 1357 شمسی به رهبری امام امت خمینی کبیر پی ریزی نمود، از این رو امام امت فرمود: «مرگ مصطفی از الطاف خفیه الهی بود»، به این ترتیب این مجتهد و مدرس و محقق عظیم و عارف و فقیه باشهامت و مفسر کبیر، که مصداق خلف صالح حضرت امام خمینی بود شهد شهادت نوشید و به جایگاه اولیای بزرگ الهی شتافت. از دعاهای اوست: «خداوندا مراجع ما را طوری قرار بده که مصداق واقعی عظم الخالق من انفسهم و صغر المخلوق من دونم؛ در نظرشان خدا، بزرگ است و مخلوق کوچک شوند.»