چنانکه حکیم و عارف بصیر دوران معاصر فرید هوف شووان نگاشته است: «عدد فیثاغوری همان است که معنی و مفهوم کلی و ماوراء کمیت آن در اشکال هندسی پیشگوئی شده است. مثلث و مربع دارای شخصیتند و فقط کمیت صرف نیستند، اصلیند نه فرعی و عرضی. در حالی که اعداد معمولی از جمع کردن حاصل می شود، اعدادی که دارای جنبه کیفیت است برعکس نتیجه انکسار درونی واحد اصلی است. این گونه عدد به هیچ چیز افزوده نشده و هیچ گاه از وحدت خارج نمی شود و هر کدام از دیگری مستثنی است، به این معنی که هر کدام دارای صفت اصلی مشخصی است. مثلث هماهنگی است و مربع اعتدال و این اعداد «متحدالمرکز» است، نه، «تصاعدی و متوالی».
عدد فیثاغوری چون علاوه بر کمیت دارای جنبه کیفی و تمثیلی نیز هست، نمی توان آن را مانند عدد در ریاضیات جدید فقط با کثرت و تجزیه و تحلیل مرتبط ساخت. چنین عددی محدود به کمیت نیست بلکه چون مظهری است از وحدت که هیچ گاه از مبداء خود جدا نمی شود، هرگاه با موجودی در عالم کثرت مطابقت یابد آن موجود را از طریق تمثیل و تأویل به وحدت که منشأ هستی است باز می گرداند. انطباق شیئی با عددی به منزله ایجاد رابطه ای است بین آن شیء و مبداء اولیه وجود، به وسیله ارتباط درونی که کلیه اعداد را به عدد واحد پیوسته است.
عدم دریافت این نظریه خاص درباره اعداد مطالب بسیاری از کتب قدیم من جمله رسائل اخوان صفا را در نظر بعضی از معاصران مبتذل ساخته و آنان را به تمسخر و استهزای این متون وا داشته است، گرچه در اکثر مآخذ قدیمی و نیز در خود رسائل بارها مفهوم مکتب فیثاغوری از علم عدد با دقت تعریف شده است.
مثلا نیقوماخس یکی از پیروان مشهور فیثاغورس که در قرن اول میلادی می زیسته و کتب او مانند المدخل فی علم العدد که ثابت بن قرة به عربی ترجمه کرد و الاثولوجیا الحسابیة از مهمترین مآخذ عقاید این مکتب به شمار می آید، درباره برتری حساب بر سایر علوم مراحل چهارگانه یعنی هندسه و موسیقی و هیأت چنین می نگارد: «کدام یک از این چهار فن (حساب و هندسه و موسیقی و هیأت) را باید در وهله اول آموخت؟ بدیهی است آن علمی که طبیعه قبل از دیگران وجود داشته و بر دیگران برتری دارد و به منزله مبداء و ریشه و مادر آنهاست و چنین علمی حساب است نه فقط از آن حیث که چنانکه ذکر شد حساب قبل از کلیه علوم دیگر در عقل الهی مانند نقشه ای کلی و به طور سرمشق وجود داشته است و خالق عالم با اتکای به آن به عنوان مثال عالم خلقت موجودات اجسامی را نظم بخشیده و هر یک را به غایت خود رسانیده است، بلکه از آن حیث که این علم طبیعه از لحاظ وجودی برتری دارد، زیرا علم حساب تمام علوم دیگر را منسوخ می سازد در حالی که خود به وسیله علوم دیگر منسوخ نمی شود.»
و در معنی عدد و رابطه آن با طبیعت می نویسد: «چنین به نظر می رسد که آنچه فطرت و با روش منظمی در عالم قرار داده شده است، چه جزئی و چه کلی، به وسیله حکمت و علم خالق همه موجودات با انطباق با اعداد معین و مرتب شده است زیرا طرح عالم از ازل مانند نقشه اولیه ای به وسیله سیطره و تسلط اعداد در عقل خداوند خالق جهان استوار شده بود و این اعداد از معقولات بود و از هر جهت از خصائص عالم جسمانی تجرد داشت به این نحو که با توسل به آنان مانند مراجعه به یک نقش هنری تمام موجودات از زمان و حرکت و افلاک و کواکب و تحولات گوناگون به وجود آمد.»
تعاریف مشابهی در نوشته های پیروان دیگر این مکتب نیز یافت می شود. در عالم اسلامی جابربن حیان که اعداد را پایه علم میزان قرار داده بود مانند فیثاغوریان قدیم جنبه ای کیفی و تمثیلی برای اعداد قائل بود زیرا «اصل میزان و دلیل وجود آن سنجش میل نفس عالمی است که با همه اجسام آمیخته است.» برای اخوان نیز عدد از تعریف کمیت منفصل خارج است و «تصویری است معنوی از تکرار وحدت در روح انسان پدید می آید.»
از آنجا که کلیه اعداد از تکرار عدد واحد تحقق می پذیرد، اخوان خود عدد واحد را از زمره اعداد خارج کرده، اولین عدد را عدد دو می شمارند و واحد را به منزله اصل و مبداء اعداد می نگرند.
در هندسه نیز با پیروی از فیثاغوریان برای اشکال هندسی فضایل و صفات و خصائص مشخص قائلند. غایت قصوای علم هندسه آماده ساختن روح انسان برای تفکر و تعقل در حقایق است بدون توجه و احتیاج به عالم محسوسات تا در نتیجه روح «متمایل گردد تا ترک این عالم کند و با معراج آسمانی به عالم معقولات و زندگانی ازلی بپیوندد.»
دو جنبه کمیت و کیفیت که در علوم ریاضی موجود است این علوم را مانند نردبانی بین عالم محسوسات و معقولات قرار داده است. در نظر مکتب فیثاغورس از آنجا که عدد دارای معنی رمزی و تمثیلی نیز هست، نه تنها آلت تجزیه و تحلیل به شمار می آید بلکه طریق توحید و ترکیب نیز محسوب می شود. اعداد در نظر اخوان به منزله مثل افلاطونی و همچون ارباب الانواع و افراد عقلانی موجودات عالم جسمانی تلقی می شود. جنبه کمیت عدد ایجاد کثرت می کند و جنبه کیفیت آن همین کثرت را به وحدت باز می گرداند.
در طی بحث درباره اعداد، اخوان به خصائص دیگر آن از قبیل فرد و زوج و یا منطقی و اصم بودن آنها نیز پرداخته و اعداد را به چهار دسته تقسیم می کنند که شباهت تامی با تقسیم بندی ریاضیدانان چینی دارد. به علاوه اخوان این چهار دسته را که عبارت است از آحاد و عشرات و مئات و الوف با تقسیم بندیهای چهارگانه طبیعت منطبق ساخته و در این مورد چنین می نویسد: «خداوند متعال جهان را چنان ترتیب داده است که اکثر موجودات طبیعت به دسته های چهارگانه تقسیم شده اند مانند چهار طبع که عبارت است از گرمی و سردی و خشکی و تری و چهار عنصر که عبارت است از آتش و هوا و آب و خاک و چهار خلط که عبارت است از خون و بلغم و صفرا و سودا و چهار فصل...، و جهات اصلی چهارگانه...، و بادهای چهارگانه...، و چهار مرکب که عبارت است از فلزات و نباتات و حیوانات و انسان.»
در نظر اخوان اعداد نه تنها دارای رابطه درونی با «کتاب طبیعت» است بلکه با «کتاب وحی» نیز رابطه ای دارد و این رابطه به وسیله ارزش عددی حروف الفبای عربی که زبان مقدس اسلام است برقرار شده است.
این انطباق بین اعداد و حروف را اخوان با پیروی از یکی از جدولهای ابجد معمول بین دانشمندان اسلامی به نحو زیر درج کرده اند:
ا ب ج د ه و ز ح ط ی ک ل م
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 20 30 40
ن س ع ف ص ق ر ش ت ث خ ذ ض
50 60 70 80 90 100 200 300 400 500 600 700 800
ظ غ
900 1000
تنظیم و تدوین علم تمثیل و رموز عددی حروف یا علم جفر را که نظیر آن نزد فیثاغوریان قدیم و پیروان مکتب کابال در مغرب زمین نیز وجود داشته است، در عالم اسلامی به حضرت علی (ع) نسبت داده اند. این علم سهم مهمی در بیان عقاید بعضی از طرق تصوف و برخی از مکاتب شیعه داشته و اساس تأویل بعضی از آیات قرآن است. اخوان نیز در چند مورد از علم جفر استفاده کرده و اعداد را به منزله مفسر و مبین رموزی که بین کتاب وحی و کتاب طبیعت مشترک است می شمارند.
استفاده فراوانی که اخوان از اعداد کرده و تشبیهاتی که اخوان پیوسته بین مراتب مختلف هستی این جهان مطرح کرده اند، همگی طرقی است برای مشاهده وحدت در کثرت و همچنین کثرت در وحدت که مبداء و منشأ و اصل تمام مراتب و شئون عالمی است.