ایشان در تفسیر این موضوع بیشتر تکیه بر روی آیات قرآن کرده اند و همه آن مسائل را از آیات قرآن استخراج و استنباط می کنند. ایشان می فرمایند اینکه معجزه وجود دارد بر طبق آنچه که قرآن کریم فرموده قابل انکار نیست. قرآن قانون علیت عمومی را قبول دارد. راست است، زیرا خود قرآن به اینها تمسک می کند.
خدا وقتی می خواهد آیات خودش را برای ما ذکر کند مثلا می گوید: خداوند باران را فرستاد و به این وسیله برای شما گیاهان را رویانید. وقتی می خواهد حکمت خودش را بیان کند جور بودن اسباب و وسائل را ذکر می کند، نمی گوید در مقابل من اسباب یعنی چه، وسیله یعنی چه؟! نه، مکرر می گوید: ببینید که من خورشید و ماه و ستارگان و ابر و باران و همه اینها را مسخر شما قرار دادم. معلوم است که برای اینها تأثیر و اثر و خاصیت قائل است. می گوید این چیزهایی که دارای این خواص هستند و شما هم به اینها نیازمند هستید من اینها را برای شما قرار دادم.
جهل ما نسبت به علت واقعی در طبیعت نفی قانون علیت نیست:
و حتی ایشان آن مطلب را قبول می کنند که هر چیزی در طبیعت یک قانون لا یتخلفی دارد، منتها می گویند فرق است میان علتی که ما به طور عادت می شناسیم و علت واقعی، یعنی ممکن است آنچه که علم بشر آن را علت می داند علت واقعی نباشد، پوششی باشد بر روی علت واقعی و لهذا علوم بشر هم در سیر و تکامل است، هر چه جلو می آید می بیند چیزهایی را که علت خیال می کرد علت نیست، در شناختن علت دقیق تر می شود. مثال عادی ذکر می کنم: بشر در دوران خیلی قدیم می دید یک فرزند که می خواهد متولد بشود از راه این است که جنس نر و جنس ماده با یکدیگر عمل مباشرت را انجام بدهند تا اینکه این بچه به وجود بیاید. او همه اینها را توأم با هم می دید: مردی وجود داشته باشد، زنی وجود داشته باشد، این مرد و زن با هم عمل لقاح را انجام بدهند. پس پدر را یک شرط می دانست، مادر و رحم مادر را شرط دیگری می دانست، عمل لقاح را هم شرط دیگری می دانست. فکر نمی کرد که ممکن است بعضی از این چیزهایی که او آنها را شرط می داند شرط نباشد. بعد مثلا معلوم شد که عمل لقاح شرط واقعی نیست، ممکن است که نطفه را در خارج بگیرند و برسانند به رحم. اساس این است که این نطفه از این مرد گرفته بشود و در این رحم قرار بگیرد.
این که ما خیال می کردیم عمل مباشرت هم جزء قضیه است، نه، واقعا جزء مطلب نبوده و دخالت نداشته است. آن وقت برای ما علت عبارت شد از این که نطفه مرد باشد، رحم زن باشد و تخمک زن باشد. دیگر اینها را خیال می کردیم صد در صد علت است. بعد علم بشر می رسد به آنجا که حتی رحم زن هم، اینکه باید رحم زن با آن شرایط و آن کیفیات وجود داشته باشد تا بچه پرورش پیدا کند (لازم نیست)، در رحم یک محیط و یک شرایط بالخصوص مثلا میزان معینی از حرارت هست و غذای مخصوصی به این نطفه می رسد. ممکن است همین شرایطی را که در رحم وجود دارد در خارج ایجاد کرد و همین نطفه را در خارج رحم پرورش داد. پس این هم که حتما باید رحم یک زن وجود داشته باشد شرط نیست.
بسا هست علم دقیق تر و دقیق تر بشود و از این اموری که اینها را شرایط ادراک می کرد صرف نظر کند یعنی دائما شرایط الغا گردد و بعد معلوم بشود که اصلا شرط واقعی حتی مثلا نطفه مرد به این خصوصیت و نطفه زن به این خصوصیت هم نیست، یک فعل و انفعال خاص طبیعی و شیمیایی است که باید به وجود بیاید. ممکن است حتی لزومی نداشته باشد که سلول مرد به آن کیفیت وجود پیدا کند، سلول زن به آن کیفیت وجود پیدا کند، همه اینها به وجود آورنده یک شرط دیگری باشند که اگر آن شرط دیگر به وجود بیاید، نه مردی باشد و نه زنی، نه رحم زنی و نه صلب مردی، آن به وجود بیاید.
به تعبیری این تغییراتی که پیدا می شود همه تغییر در استنباطات ماست نه تغییر در قانون طبیعت. قانون طبیعت از اول همین بوده، تا ابد هم همین خواهد بود، منتها استنباطات ماست که متغیر است. منتها ایشان (علامه طباطبایی) اینجا نمی خواهند با زبان فلسفی صحبت کرده باشند، می گویند در قرآن آیاتی که راجع به "قدر" آمده است (مؤید) همین است: «قد جعل الله لکل شیء قدرا؛ خداوند برای هر چیزی اندازه قرار داده است. "این اندازه" به کمیت نیست که مثلا حجمش این قدر باشد یا آن قدر، یعنی مرتبه ای از وجود قرار داده، مرتبه ای قرار داده و تقوم هر چیزی به همان علت خودش است، به زمان خودش است، به مکان خودش است، به علت خودش است. هر چیزی یک قدر و یک اندازه و یک حدی در این عالم دارد، یک مقام معلومی دراین عالم دارد که از این مقام معلوم خودش تخلف نمی کند.
یک آیه که در سوره طلاق است و ایشان در درس هم خیلی به آن تمسک می کردند راجع به توکل است با اینکه می خواهد یک امر خلاف قانون عادی را ذکر کند، می فرماید: «و من یتوکل علی الله فهو حسبه؛ آن که تکیه اش به خدا باشد خدا کافی است او را» «ان الله بالغ امره؛ خداوند کار خودش را می رساند» یعنی کاری که خدا بخواهد (انجام می شود)، در مقابل امر خدا مانع و رادعی نیست، ولی به دنبال آن می گوید: «قد جعل الله لکل شیء قدرا؛ خدا برای هر چیزی حد و اندازه ای قرار داده است.» (طلاق/ 3) خدا هر چیزی را روی همان حد و اندازه اش خودش، از راهی که خودش می داند انجام می دهد، یعنی در عین حال که خداوند هر کاری که بخواهد بکند می کند، آن کار را از خارج قدر و اندازه خودش انجام نمی دهد.
«و ان من شیء الا عندنا خزائنه و ما ننزله الا بقدر معلوم؛ هر چیزی اصل و ریشه اش پیش ماست و ما آن را در این جهان نازل نمی کنیم -یعنی ایجاد نمی کنیم- مگر در یک قدر و اندازه معین.» (حجر/ 21)