کلمه زندیق ریشه فارسی دارد. مسعودی میگوید زردشت کتابش را اوستا نامید و تفسیری بر آن نگاشت که به زند معروف است. از این روی پارسیان هرکس را که در مذهبشان چیزی مخالف اصول آن بیاورد یا از اصل به تفسیر آن بپردازد ( زندی ) می نامند یعنی کسی که از ظاهر کتاب به تفسیر آن که مخالف تنزیل است بسنده کرده است. بهمین علت مانی که در زمان پادشاهی بهرام (240- 277 م) ظهور کرد، جماعتی که از او پیروی کرده اند به زندی یا منحرف معروف شده اند. عرب کلمه زندی را به لفظ خود برگردانید و آنرا «زندیق» خواند و این کلمه زندیق علم شد برای هر یک از پیروان مانی که آنان را زنادقه گویند. یکی از مستشرقین میگوید: کلمه زندیق در اصل صدق بوده است، مفرد صدیقین که فرقه ای از مانویان میباشد. کلمه صدیق در فارسی به ( زندیک)، بار دیگر در عربی به زندیق مبدل شده است.
زندیق در ز بان عرب
نام زندیق نخست در ز بان عرب به پیروان مانی اطلاق میشد که جهان را از دو اصل ازلی نور و ظلمت می پنداشتند و بهمین سبب آنها را دو گانه پرست میشناختند. سپس این نام اطلاق شد به مادیون، آنانکه منکر خدا و پیامبران و کتابهای آسمانیند و معتقد به ابدیت جهان، و منکر دنیای دیگر و عوالم ما بعدالطبیعه میباشند. بعد این نام بر کسی گذاشته شد که منکر یکی از اصول دین اسلام باشد و یا رأیی ارائه دهد که آن رأی در نتیجه منکر یکی از اصول عقاید باشد. پس از آن این نام تغییر جهت داد، و به هرکسی که مخالف مذهب اهل سنت بود اطلاق گردید و در آخر به هر شاعر یاوه گو و بی شرم و حیائی که بی ملاحظه دم از معشوق می زند و یا هر نویسنده ای از این قبیل و طرفداران آنها گفته میشد. شاید قدیمی ترین تعریفی که به صورت رسمی و دولتی از زندیقان شده است در متن وصیت زیر باشد که مهدی خلیفه عباسی به ولیعهد و فرزندش موسی نموده است.
زندیقی را به خدمت مهدی خلیفه میاورند، و خلیفه به او پیشنهاد توبه میکند و چون آن زندیق زیر بار نمیرد، خلیفه دستور میدهد تا گردنش را بزنند و جنازه اش را بر دار بیاویزند. پس از این پیش آمد مهدی خلیفه، روی به فرزندش کرده میگوید: ای فرزند! اگر پس از من خلافت به تو برسد، تنها به زندیقان بپرداز زیرا این جماعت مردم را به اموری فریبنده با ظاهری بس آراسته و نیکو دعوت میکنند از قبیل دوری از دنیا و روی آوردن به آخرت؛ تا آنجا که مردم را معتقد میسازند که گوشت را حرام بدانند و به آب پاک دست نزنند، کشتن حشرات را گناه بشمارند، و بالاخره آنان را به دوگانه پرستی وا میدارند. به این معنی که نور و ظلمت را پرستش کنند. در چنان وضعی زناشوئی با محارم را چون خواهران و دختران روا میدارند، خود را با ادرار میشویند و کودکان را از گذرگاهها میدردند، به این عنوان که آنها را از اهریمن ظلمت رهائی بخشند و به نور و روشنائی هدایت کنند. چون پس از من به خلافت رسیدی بی هیچ رحم و شفقتی اینان را بدار آویز و شمشیر بر آنان بکش، و با کشتن آنها به خدای یکتا تقرب کن. چه پدر بزرگت عباس را بخواب دیدم که دو شمشیر بر من حمایل کرد، و مرا به کشتن این دوگانه پرستان فرمان داد.
وقتیکه موسی پس از پدر به خلافت نشست، به انجام وصیت و سفارش پدر کمر بست و در انجام همین مهم بود که در دهمین ماه از خلافت خود گفت: قسم به خدا، اگر زنده بمانم همه زندیقان را از دم تیغ میگذارانم و یک تن از آنان را زنده نخواهم گذاشت. میگویند موسی دستور داده بود تا در اجرای چنین تهدیدی یکهزار دار بر پا کنند تا در موقعیکه خود از پیش تعیین کرده بود، هزار تن زندیق را با هم بر دار بکشد، اما پیش از آنکه بتواند چنین تهدیدی را عملی کند از دنیا رفت.