ابن سینا سه حکایت عرفانی نوشته است که در واقع سه بخش از یک حکایت است و از لحاظ مطالب و طرز بیان با آثار مشائی او فرق دارد. این حکایتها یا تمثیلات عرفانی به ضمیمه رسالة فی العشق و انماط نهائی اشارات بقایای آن مجموعه از تألیفات او است که حاوی «فلسفه باطنی» او است (این حکایتها عبارت است از حی بن یقظان و رسالة الطیر و سلامان و ابسال. از حکایت سلامان و ابسال فقط قطعاتی باقی مانده است که در شرح خواجه نصیرالدین طوسی بر اشارات درج شده است).
این آثار را بسیاری از حکمای بعدی که بعضی پیرو مکتب اشراقی نیز بودند شرح کرده و از تعالیم آن پیروی نموده اند و «افکار باطنی یا مشرقی» شیخ در این آثار همواره یکی از جوانب اصلی فلسفه او در مشرق زمین و مخصوصا ایران محسوب می شده است.
این حکایات حاکی از «مشاهدات عقلانی» مؤلف است و در لسانی بیان شده است که رمزی و تمثیلی است و به هیچ وجه امری ساختگی و تصنعی نیست (رمز و تمثیل به معنی واقعی که اروپائیها آن را «سمبل» نامند به هیچ وجه ساخته فکر بشر نیست بلکه انعکاس حقیقتی از عالم بالا در مرتبه ای پائین تر از وجود است و بالضرورة مرتبه پائین را به علت اتحاد ذاتی اصل با انعکاس آن و یا تجلی با مرتبه بالاتر که مبداء تجلی است متحد می سازد. به این دلیل رمز و تمثیل حقیقی بستگی به وجود اشیاء دارد و حقیقت آن کاملا عینی است).
در این حکایات عرفانی ابن سینا عالم را به عنوان قلمروئی مملو از رموز و تمثیلات نشان می دهد که سالک طریق معرفت باید از آن بگذرد و از محدودیتهای آن رهائی یابد. جهان به جای اینکه یک واقعیت عینی باشد در درون وجود عارف منعکس می شود و عارف تمام شئون و مراتب گوناگون طبیعت را در آئینه وجود خود می بیند (دیگر عالم یک موضوع صرفا خارجی و نمونه دور و غریب از بیانات و شرحهای نظری و تبیینات قیاسی نیست، بلکه عالم حقیقتی است که تجربه شده و به صورت مراتب پیوسته یک مهاجرت کم و بیش خطرناک که انسان می خواهد آغاز کند و یا قبلا آن را امتحان کرده جلوه گر شده است.)
واقعیتهای نجومی و طبیعی به تدریج جنبه درونی به خود می گیرد تا اینکه عارف با پیمودن منازل طریق از مراتب عالم می گذرد و سرانجام از زندان جهانی رهائی می یابد (آنچه که حاصل می شود درونی شدن آسمان و افلاک است و ستاره دارای یک معنی درونی می شود مشابه به «ستاره درونی» astrum یا sidus در فلسفه پاراسلس. هر یک از ستارگان و افلاک مطابق با یکی از قوای نفس است. خروج از عالم ماوراء فلک الافلاک برای عارف نشانه خروج او از افلاک درونی او است که هر یک مطابق با یکی از قوای نفس است).
همانطور که پیوستگی منطقی جهان خارجی بستگی به آگاهی و وجدان عادی و «روزانه» بشر دارد، مشاهده جهان به عنوان سایه عالم معنی و رمز و تمثیل حقایق معنوی کاملا به وجدان منور و وجود اشراق یافته عارف مرتبط است و برای هر کس چنین مشاهده ای مقدور نیست. نیل به مراحل عالی وجود است که مشاهده طبیعت را به عنوان سایه و مظهر عالم مثال مقدور می سازد و بازگشت موجودات این جهان را به رب النوعهای آسمانی خود میسر می کند. این نظر بین کیمیاگران نیز متداول بوده است.
در پایان اشارات شیخ طبقات اصحاب معرفت و صفات خاص عارف را که قهرمان حکایات عرفانی است بیان کرده است. بنا به قول شیخ سه طبقه از اهل معرفت وجود دارد: زاهد که به زهد و تقوی می پردازد، و عابد که فکر خود را متوجه حقایق عالم قدس می کند، و عارف که از راه وجد و اشراق به مشاهده حق نائل می آید. تنها هدف عارف کسب معرفت و وصال به حقیقت است. او حیات معنوی خود را با میل و اراده به پیمودن طریق الی الله و زهد و تقوی آغاز کرده و سپس به مرحله اتصال به حق در بعضی لحظات و بالاخره به اتصال دائم می رسد.
مطابقت سیر عارف با مراتب جهان
سیر عارف از این مراحل مطابق با سیر او از مراتب جهان است. او عالم توهم را به سوی عالم حقیقت ترک می کند و هنگامی که سفر او به پایان رسد خود آئینه ای می شود که در آن حقیقت و تجلیات جهانی آن نمودار است. (اشارات ص 179-173)
تمام وجود عارف به وسیله حقیقتی که به مشاهده آن نائل آمده است دگرگون می شود و نه تنها روح او منور می گردد بلکه جسم او نیز در اثر فیض نوری که در قلب او موجود است از مرض و ناتوانی مصون می ماند. «پس در حق عارف آنچه در حق بیمار بود باشد، از مشغول شدن طبیعت از تحلیل مادت، و دو چیز دیگر باشد: یکی نابود تحلیل از جهت سوء المزاج حار و دیگر نابودی بیماری که مضاد قوت است و معین سیم هست و آن سکون بد نیست از حرکات خاص به سبب پیروی کردن قوای بدن انسان را، و این نیک یاری دهنده ای است و چون حال چنین باشد، عارف را اولی تر باشد که قوت او بماند...» (اشارات ص 185)
و نیز به علت حضور این نور در وجود عارف او می تواند به عوالم بالاتر علم پیدا کند و از حوادث آینده اطلاع یابد و اشیا را به صورت تمثیلات عالم بالا بیند نه با حجابهائی که حقایق عالم ملکوتی را از انسان مستور می دارد.
سفر عارف در رساله حی بن یقظان آغاز می شود و در این حکایت سالک با هدایت پیر قدم به عالم صور مجرد می گذارد. شیخ این عالم را که جهان انوار ملکوتی است به شرق تشبیه کرده است همانطور که غرب تمثیل زمین و قلمرو کون و فساد و غرب اقصی نشانه و تمثیل ماده صرف است.
پیر و مرشد طریق که نام او حی بن یقظان است به صورت ملک بر سالک ظاهر می شود و جهانی را که باید از او بگذرد و تمام پدیده های آن رموز و تمثیلات حقایق معنوی است که برای او شرح می دهد. سپس حی بن یقظان سالک را دعوت می کند تا در معیت و با هدایت او این سفر خطرناک را آغاز کند. در رسالة الطیر سالک دعوت پیر را پذیرفته و از خواب غفلت بیدار می شود و به اتفاق ملکی که هادی او است از دره ها و پرتگاههای کوه قاف می گذرد. ابن سینا سیر درونی روح را به پرواز یک پرنده تشبیه کرده است. این تشبیه بین حکمای قدیم عمومیت داشته است چنانکه افلاطون در رساله فدروس می نویسد: «بال و پر آن قسمت از تن است که از همه اعضای دیگر به خدا نزدیکتر است چه خاصیت طبیعت آن گردانیدگی به سوی آسمانها و بردن تن بدانجاست و آنجا مسکن خدایان است آنچه به خدا مربوط است سراسر زیبائی و خردمندی و نیکی است و اینها نیرو و خوراک بالهای نفسند. اما وقتی بالها خوراکشان زشتی و بدی و پلیدی شود پژمرده می شوند و به نابودی می گرایند.» (فدروس و سه رساله دیگر، ترجمه دکتر محمود صناعی، تهران 1336 ص 128)
رساله سلامان و ابسال آخرین قسمت این حکایت را دربردارد و در آن سالک بالاخره از این نشأه می گذرد و قدم به عالم ملکوت می گذارد. (سلامان و ابسال در اصل یک رساله هرمسی بود که حنین بن اسحاق به زبان عربی ترجمه کرد و بعدها آن را جامی به شعر درآورد.)
از قطعات این رساله که در شرح خواجه نصیرالدین طوسی بر اشارات درج شده است می توان کلیات داستان را به دست آورد.