حاجی پس از آنکه در کتاب شرح منظومه مقاصد اول تا سوم الهیات بالمعنی الاعم و اخص را شرح می دهد در مقاصد بعدی یعنی از مقصد چهارم تا هفتم به مباحث طبیعیات، نبوت، معاد و مباحث اخلاقی می پردازد.
حاجی در بخش طبیعیات (شرح منظومه)، به اختصار از طبیعیات فیلسوفان مشائی مسلمان، چنان که در شفای ابن سینا و دیگر متون مشابه به تفصیل مذکور است، و از نجوم زمین مرکزی بطلمیوس، چنان که منجمان مسلمان آن را تکمیل کرده اند همراه با تغییراتی که ملاصدرا و دیگر حکمای متأخر (مسلمان) در آن به وجود آورده اند، بحث می کند. مهمترین این تغییرات، وارد ساختن نظریه حرکت جوهری است که بر اساس آن سراسر جوهر عالم در حال شدن و تجدد است و مقدار این تجدد و تغییر، مقیاس زمان است. حاجی به تفسیر رمزی جنبه های گوناگون علوم طبیعی و ریاضی نیز علاقه نشان می دهد؛ به طور مثال، مانند ملاصدرا، آب طالس را با نفس رحمانی یکسان می شمارد؛ یا عدد چهار فیثاغورس را به منزله رمزی برای چهار مرتبه اصلی یعنی وجود، عقل، نفس، و طبیعت لحاظ می کند.
حاجی، پس از بحث در حکمت طبیعی، به بحث درباره نفس، قوای نفس و مراتب کمال آن می پردازد. سه قسم نفس وجود دارد: نفس نامیه، نفس حیوانی، و نفس ناطقه، که این قسم اخیر هم شامل نفوس انسانی و هم شامل نفوس فلکیه می شود. نفس نباتی (یا نامیه) دارای سه قوه غاذیه، نامیه و مولده است؛ نفس حیوانی دارای پنج حس ظاهری و پنج حس باطنی و قوه حرکت است. در انسان همه این قوا به نهایت کمال خود می رسند، لکن برای نفس انسانی که حاجی از آن به نور اسپهبد تعبیر می کند، و خود از خانواده انوار علوی است، آنها فقط در حکم ابزار و وسیله اند.
کمال نفس از طریق سلوک مراتب عقل و در نهایت اتحاد یافتن با خداوند حاصل می شود. نفس ذاتا دارای دو قوه نظری و عملی است، که برای هر کدام چهار مرتبه از کمال وجود دارد. (مراتب کمال) عقل نظری عبارت است از: مرتبه عقل بالقوه (یا هیولانی) که در این مرتبه عقل عبارت است از صرف استعداد علم و ادراک؛ مرتبه عقل بالملکه که مرتبه تلبس نفس به بدیهیات (و آشنایی با امور غیر نظری) است؛ مرتبه عقل بالفعل که عبارت است از مرتبه وقوف بر نظریات بدون کمک حواس (و مراجعه مجدد به مقدمات)؛ و در نهایت مرتبه عقل بالمستفاد است که مرتبه مشاهده مستقیم معقولات (و ارتباط با عقل فعال) است.
عقل عملی نیز دارای چهار مرتبه است: تجلیه، که عبارت است از امتثال دستورهای الهی که از طریق پیامبر تشریع شده است؛ تخلیه، که عبارت از تهذیب نفس از ملکات رذیله است؛ تحلیه، که عبارت از آراستن نفس است به ملکات روحانی؛ و سرانجام فنا، که خود دارای سه مرتبه است: فنا در فعل حق، فنا در صفات حق، و آخرالامر فنا در ذات (وجود) حق.
حاجی در فصل مربوط به نبوات در اطراف اوصاف و خصایصی که پیامبر را از فرد عادی جدا می کند، به بحث می پردازد. نبی واسطه میان این عالم و عالم دیگر، یعنی واسطه میان عالم محسوس و عالم مجردات است؛ بنابراین وجود او برای حفظ سلسله مراتب وجود لازم است. در واقع آنچه انبیا را از (سایرین) متمایز می کند، این است که جمیع علوم برای آنها به لطف الهی و نه از طریق اکتساب و تعلم بشری حاصل می شود. قوه عامله یک نبی چنان است که هیولای عالم (طبیعت) مسخر اوست؛ چنان که گویی بدن خود اوست و حواس او چنان است که به وسیله آنها آنچه دیگران نمی بینند می بیند، و آنچه دیگران نمی شنوند می شنود. او در جمیع افعال و اعمال خود نیز دارای عصمت است؛ یعنی از هر گونه خطا و گناه مبراست.
ولایت از جهتی شبیه نبوت است؛ (یعنی) از این جهت که ولی مانند نبی از عالم معنی آگاه است، با این حال هر نبی ای ولی است، اما هر ولی ای نبی نیست. نبی علاوه بر مقام ولایتش، متکفل وضع قوانین جامعه و هدایت اجتماعی، اخلاقی و مذهبی مردمی است که به سوی آنها فرستاده شده است. در میان خود پیامبران نیز باید بین نبی و رسول تمایز قایل شد (به عبارت دیگر پیامبران بر دو دسته اند: انبیا و رسل).
خصوصیت رسول آن است که علاوه بر (مقام) رسالت دارای کتاب آسمانی نیز هست. در میان رسولان نیز باید میان پیامبران اولوالعزم، یعنی پیامبرانی که شریعت آنها ناسخ شریعت پیامبر قبلی است، و پیامبران غیراولوالعزم که شریعت آنها ناسخ شریعت پیامبر قبلی نیست، فرق نهاد. و سرانجام، خاتم الانبیا (ص) است که حائز همه این مراتب است.
رسالت حضرت محمد (ص) به موجب فضیلت خاتم الانبیا بودن او جامع جمیع رسالتهای قبلی است؛ روح او عقل کلی است که نخستین تجلی ذات حق است و جسم او را چنان لطیف ساخته است که او توانست به بالاترین افلاک عروج نماید. از همین روست که نور او همه جوانب را روشن می ساخت و به هر طرف که حرکت می کرد هیچ سایه ای نداشت. قبله موسی در غرب یا عالم کثرت قرار داشت و قبله عیسی در شرق یا عالم وحدت واقع بود. در مقابل، قبله حضرت محمد (ص) نه در شرق است و نه در غرب، بلکه میان آن دوست زیرا از آنجا که او مرکز هستی و کلیت وجود است، اساس شریعت او بر وحدت در کثرت و کثرت در وحدت قرار دارد.
حاجی، علاوه بر مسئله نبوت، به عنوان یک شیعه عمیقا به مسئله امامت (نیز) علاقه مند است و بنابراین، در باب ویژگیهای سیاسی و مذهبی تفکر شیعه در مورد امامت، که آن را از تفکر اهل تسنن جدا می سازد، به تحقیق می پردازد. چنان که حاجی می نویسد، در نزد شیعه روح علی و روح پیامبر از یک حقیقت است. روح او نفس کلی است، همچنان که روح پیامبر عقل کلی است. علاوه بر این، نور علی به سلاله او منتقل می شود تا آنکه به آخرین و دوازدهمین امام می رسد که ولی غایب و حافظ جهان است و بدون وجود او نظام دین و جامعه و جهان درهم فرو خواهد ریخت. همان طور که (در عالم نور محسوس) بروج دوازده گانه وجود دارد، بروج (نور حقیقی) نیز دوازده امام می باشد که آخرین آنها در میان کواکب، امامت و ولایت به منزله برج حوت است. قیامت که معنای آن پیایان مراتب طولی وجود است، همچنین به معنای روز ظهور دوازدهمین امام است که خود آخرین مرتبه از سلسله مراتبی است که در قوس صعودی به ذات واجب یا نورالانوار می پیوندد.
حاجی در مسئله معاد دقیقا از نظریات ملاصدرا پیروی می کند و معتقد است که روح به همراه جسم حادث می شود، لیکن پس از مرگ مستقل از جسم به حیات خود ادامه خواهد داد. حاجی دلایل فلاسفه قبل را نیز در مورد انکار معاد جسمانی رد می کند و از عقیده به معاد جسمانی و روحانی در روز قیامت دفاع می کند. قیامت بر دو گونه است: یکی قیامت صغری که (بلافاصله) پس از مرگ واقع می شود، و دیگری قیامت کبری که در آخرت برپا می شود. در مورد نخست جمیع قوای نفس به نور اسپهبد باز خواهند گشت، و در مورد دوم جمیع انوار عالم در مبدأ الهی موجودات (یا نورالانوار) فانی خواهند شد. حاجی وقایعی را که در قیامت به وقوع خواهد پیوست مورد بحث قرار می دهد و از معانی رمزی و نیز معانی تحت اللفظی میزان، صراط، و حساب نیک و بد (اعمال) بحث می کند. چنان که قرآن اشاره می کند، صراط مادی پلی است بر روی دوزخ، لیکن صراط روحانی سلوک انسان کامل به سوی حق است و آن چیزی است که او را به حقیقت واصل می کند.
مقصد آخر درباره علم اخلاق است. حاجی در اینجا به طور خلاصه مراتب ایمان را، از قبول ساده تا ایمان برهانی و سپس ایمان شهود روحانی (یا به عبارت دیگر ایمان عیانی اهل شهود) مورد بحث قرار می دهد. تنها از طریق تزکیه نفس و کسب کمالات معنوی از قبیل اخلاص، صدق، توکل، و تسلیم به مشیت خداوند و غیره می توان به آخرین (و کاملترین) مرحله ایمان رسید. انسان چون به این کمالات دست یافت، نفس او بسیط و منزه خواهد شد؛ در این حال (روح) او مظهر تجلیات حق گشته و این امر (جان) وجود او را روشن و نهایتا او را با مرکز هستی متحد خواهد ساخت؛ مرکزی که هم مبدأ وجود او و هم منشأ وجود عالم است.