با کشته شدن امین کار به پیروزی عنصر ایرانی بر عنصر عربی منتهی گردید و سازمان دربار خلیفه از نو به دست خانواده ایرانی افتاد. اما خلافت مردی که از سوی مادر ایرانی است و کارهای او را ایرانیان در دست گرفته اند، بر عنصر عربی گران بود و دیگر بار مخالفت عرب آغاز شد.
در جمادی الاخر سال یکصد و نود و نه، محمد بن ابراهیم معروف به ابن طباطبا در کوفه برخاست و مردم را به «الرضا من آل محمد» و رفتار بر طبق قرآن و سنت خواند. سبب قیام ابن طباطبا را قدرت روز افزون حسن بن سهل نوشته اند.
ابوالسرایا سری بن منصور که خود را از بنی شیبان می دانست بدو پیوست و اندک اندک خود قدرت را به دست گرفت و تا آن جا پیش رفت که در کوفه درهم سکه زد و به بصره و واسط و نواحی آن دست انداخت گروهی از علویان را به حکمرانی برخی شهرها گمارد. لکن ابن طباطبا ناگهان درگذشت و هرثمه بن اعین و حسن بن سهل بر ابوالسرایا پیروز شدند. چندی نگذشت که میان حسن بن سهل و هرثمه اختلاف افتاد.
مأمون، هرثمه را ایالت شام و حجاز داد ولی او به بهانه خلیفه روانه خراسان شد. مأمون، هرثمه را زندانی کرد و پس از چند روز او را مخفیانه کشتند. کشته شدن هرثمه موجی از مخالفت در بغداد پدید آورد. و بر کردار حسن بن سهل اعتراض کردند و گروهی در صدد برآمدند منصور بن مهدی را خلیفه سازند، ولی او نپذیرفت. پس، از او خواستند فرماندهی آنان را به عهده بگیرد و مردم را به خلافت مأمون بخواند و از سوی دیگر زید فرزند امام موسی بن جعفر که به "زید النار" معروف است به همراهی برادر ابوالسریا در انبار و بصره قیام کرد. در گوشه و کنار نیز علویان سر برداشتند. این گزارش ها به مأمون می رسید و او از حسن بن سهل چاره جویی می کرد. و سرانجام رأی خلیفه بدین قرار گرفت که علی بن موسی الرضا (ع) را از مدینه به خراسان بخواهد و او را ولی عهد خود کند. سبب این کار چه بود؟ آیا شورش های علویان برای اقدام مأمون در این تنها عامل بود؟ و می پنداشت با ولی عهد ساختن علی بن موسی (ع)، علویان آرام می گیرند؟ یا چنان که بعضی سیره نویسان عقیده دارند مأمون در پشت این حرکت منظورهای دیگری داشته است و می خواسته به خیال خود با ولی عهد ساختن امام به شئون او لطمه ای وارد آورد؟
یا چنان که بعضی عقیده دارند فضل بن سهل می خواست کاری در حدود آنچه ابومسلم خراسانی انجام داد بکند، و خلافت را از خاندانی قدرتمند بگیرد و به خانواده ای که بظاهر نیرویی نداشتند بدهد؟ آیا چنان که جهشیاری مؤلف "الوزراء و الکتاب" نوشته است وی می خواست در نهان شعار خانواده مجوسی خود را زنده سازد؟ آیا چنان که بعضی سیره نویسان قدیم معتقدند مأمون براستی می دانسته خلافت خاص امام علی بن موسی الرضاست و با این کار، می خواست دینی را که در گردن دارد ادا کند؟
بیان دارنده هر یک از این نظرها برای استوار ساختن رأی خود به دلیل هایی متوسل می شود.
این گونه استدلال ها در بحث عقلی شاید به کار بیاید، اما در بحث های تاریخی آنچه می تواند ما را بهتر یاری دهد مطالعه وضع اجتماعی عصر و جریان سیاسی- اجتماعی حاکم بر حوزه مورد بحث است. اگر وضع اجتماعی عصر مأمون را بررسی کنیم، بدین نتیجه می رسیم که با مرگ هارون زمینه شورش در برخی شهرها فراهم شده بود. مسلمانان خاصه ایرانیان، از مرگ سفاح به بعد از خاندان عباسی آزرده بودند. کشتن ابومسلم به وسیله منصور، برانداختن برمکیان به دستور هارون، خلاف آن را که سفاح و عمویش در نخستین خطبه خود به مردم وعده دادند آشکار و چنان که دیدیم با کشته شدن ابومسلم زمینه شورش در برخی شهرها پدید شده بود و ادامه داشت.
مأمون از این شورش ها در بیم بود، بخصوص آن جا که علویان پا در میان داشته باشند. بنی الحسن نیز پیش از روی کار آمدن عباسیان خواهان خلافت بودند و منصور دومین خلیفه عباسی، خود بیعت محمد بن عبدالله محض را پذیرفت. مأمون از خواست حسنیان آگاه بود و می توان گفت یکی از علت هایی که وی را بر ولی عهد ساختن امام رضا (ع) واداشت این بود که می خواست با این چاره جویی اگر بتواند صحنه درگیری را از حوزه عباسیان و علویان به خاندان حسنیان و حسینیان منتقل کند. و نیز آن دسته از شیعیان را که خواهان انتقال خلافت به خاندان پیغمبر بودند با خود همراه سازد.
جاه طلبی فضل بن سهل را نیز نباید از نظر دور داشت و سخن آن گروه را که می گویند فضل می خواست کاری همانند ابومسلم مروزی انجام دهد سرسری نمی توان گرفت.
تاریخ بنی عباس مأمون خلافت سیاست قیام های تاریخی ولایتعهدی امام رضا (ع)