علی علیه السلام که به خلافت رسید نطقهای افتتاحیه اش در اطراف فتنه ها و فسادهای ایجاد شده دور می زد، برنامه دولت حضرتش اصلاحات داخلی در همین زمینه ها بود، زمینه سکرات نعمت و بوائق نقمت. مخالفین حضرت راهی و بهانه ای برای مخالفت نداشتند جز موضوع خون عثمان که آن را بهانه کنند و کردند. امیرالمؤمنین در دوره خلافتش مورد دو اتهام واقع شد که در هر دوی آنها از همه مردم بری تر از آن اتهامها او بود، و عجب تر این که متهم کنندگان همانهایی بودند که خودشان مسؤول مستقیم آن دو تهمت بودند. آندو یکی داستان قتل عثمان و یکی داستان حکمین بود.
در داستان قتل عثمان هیچ کس به اندازه امیرالمؤمنین برای خواباندن فتنه سعی نکرد، چیزی که بود، سخن حضرت و پیشنهادهای حضرت مورد قبول قرار نگرفت. در ضمن یک نامه در جواب معاویه که آن حضرت را به این کار متهم می کرد می نویسد: «فاینا کان اعدی له و اهدی الی مقاتله، امن بذل له نصرته فاستقعده و استکفه ام من استنصره فتراخی عنه و بث المنون الیه حتی اتی قدره علیه، کلا و الله " «لقد علم الله المعوقین منکم و القائلین لاخوانهم هلم الینا و لا یأتون البأس الا قلیلا؛ احزاب/ 18»"» (نامه 28 نهج البلاغه)؛ "می فرماید تو امروز مرا متهم می کنی و مرا می خواهی مسؤول قتل او قلمداد کنی، آیا از ما دو نفر آن کس که با کمال حسن نیت درباره عثمان خیرخواهی کرد و او خودش نخواست بپذیرد و او را دعوت به سکوت کرد مسؤول خون عثمان است و یا آن کس که عثمان از او کمک خواست و او کمک نکرد، چون دید که از کشته عثمان بهتر می تواند بهره برداری کند؟ «قطعا خداوند کسانی از شما را که از جنگ بازمی داشتند و کسانی را که به برادران (هم مسلک) خود می گفتند: بیایید به سوی ما (و به سوی جنگ نروید) می شناسد، و آنها جز اندکی به جنگ تن در نمی دهند.»" عثمان را نگذاشتند پیشنهادهای امیرالمؤمنین را بپذیرد ولی عثمان مکرر از معاویه کمک خواست و معاویه چون خودش را از لحاظ تجهیزات آماده می دید و موقع را برای زعامت و زمامداری شخص خودش مناسب می دید به تقاضاهای پی در پی عثمان ترتیب اثر نداد و منتظر بود که کی خبر مرگ عثمان برسد که بهانه به دست او بیفتد.
در یک نامه دیگر، امیرالمؤمنین به معاویه می نویسد: "«فانک انما نصرت عثمان حیث کان النصر لک و خذلته حیث کان النصر له»؛ تو آنوقت که اگر اقدام میکردی به نفع او بود نامی از نصرت او نبردی اما وقتی که نام او سبب پیشرفت کار خودت شد فریاد وا عثماناه بلند کردی". (نامه 37)
باز علی علیه السلام این جمله را مکرر می فرمود: "«و انهم لیطلبون حقا هم ترکوه و دما هم سفکوه»؛ اینها حقی را مطالبه می کنند که خودشان ترک کردند و قصاص خونی را می خواهد که خودشان ریختند". (خطبه 22 و 137)
این را در مورد تمام کسانی که خون عثمان را بهانه قرار داده بودند می فرمود، مثل طلحه و زبیر و عمرو عاص و معاویه و کسان دیگر. این یک تهمت که امیرالمؤمنین از همه مردم از او بری تر بود و خود متهم کنندگان، مسؤول آن تهمت بودند.
تهمت دیگر موضوع حکمین بود. در جنگ صفین هنگامی که نزدیک بود کار به نفع امیرالمؤمنین خاتمه پیدا کند، از طرف معاویه و عمرو عاص حیله ای به کار رفت. قرآنها را بر نیزه کردند و گفتند: " بیننا و بینکم کتاب الله ". امیرالمؤمنین به این حیله ترتیب اثر نداد و فرمود به جنگ ادامه دهند، لکن عده زیادی از اصحاب خودش که قاری قرآن بودند و خودشان را اهل قرآن کریم می دانستند و برای خود حق رأی و حق نظر قائل بودند فریب خوردند و گفتند هدف ما همین بود که قرآن حاکم بین ما باشد، حالا که آنها حاضر شده اند دیگر جنگ باید موقوف شود.
هر چه امیرالمؤمنین خواست آنها را قانع کند مفید واقع نشد، رسما شوریدند و چیزی باقی نمانده بود که به خود حضرت حمله کنند یا از پشت سر به آن عده از یارانش که مشغول جنگ بودند حمله کنند. اجبارا حضرت را وادار کردند که دستور متارکه بدهد. بعد دو نفر حکم معین شدند و باز در اختیار حکم، اختیار را از حضرت سلب کردند و شخصی را که خودشان مایل بودند و حضرت رسما صلاحیت او را انکار کرد حکم قرار دادند. بعد که نماینده آنها فریب خورد یکباره به این فکر افتادند که حکمیت افراد و اشخاص در دین خدا جایز نیست و اساسا کفر است، خودشان توبه کردند و از علی علیه السلام اقرار به گناه و توبه می خواستند.
همینها بودند که گروه " خوارج " را تشکیل دادند و از پشت به هدفهای امیرالمؤمنین خنجر زدند. اینها از این تاریخ دشمن سرسخت امیرالمؤمنین علی علیه السلام شدند. فرق اینها که خوارج اند با سایر دشمنان یعنی " نواصب " این بود که اینها برای دشمنی خودشان با حضرت از روی خیال خود فلسفه و مبنایی هم تراشیده بودند و این را به صورت یک مذهب و روش دینی در آوردند، تعصب را با جهل آمیختند و همین امر منجر به ضربت خوردن امیرالمؤمنین و شهادت آن حضرت شد، عبدالرحمن بن ملجم مرادی یکی از همین افراد است.
بعد از همه اینها یک عامل بزرگ که در همه این جریانها و هدف تهمت قرار دادن ها و فتنه انگیزیها و آتش افروزیها مؤثر بود و زیاد مؤثر بود جهالت و بی خبری عامه مردم بود. جهالت است که یک انبوه عظیم از مردم را آلت و ملعبه فکر و اراده یک عده دنیا پرست قرار می دهد. امیرالمؤمنین خودش به این عامل اشاره می کند و می فرماید: "«الی الله اشکو من معشر یعیشون جهالا و یموتون ضلالا لیس فیهم سلعة ابور من الکتاب اذا تلی حق تلاوته و لا سلعة انفق بیعا و لا اغلی ثمنا من الکتاب اذا حرف عن مواضعه» (خطبه 17)؛ به خدا شکایت می کنم از مردمی که در جهالت و نادانی زندگی می کنند و در گمراهی می میرند، متاعی کم بهاتر از قرآن در میان آنها نیست اگر حقایق آن گفته شود، و متاعی گرانبهاتر از قرآن برای آنها نیست اگر تحریف شود و حقایقش وارونه گردد". این بود که می فرمود: " «غدا ترون ایامی و یکشف لکم عن سرائری و تعرفوننی بعد خلو مکانی و قیام غیری مقامی» (خطبه 149)؛ فردا ارزش ایام زندگی مرا به خوبی خواهید دانست و مکنونات خاطر و ناراحتی درونیم برایتان آشکار خواهد شد و پس از آنکه جای مرا خالی دیدید و دیگری به جای من نشست کاملا مرا خواهید شناخت".
نهج البلاغه تاریخ اسلام خلافت ویژگی های امام امام علی (ع) سیاست