در سال487ق./ 1094 م. مستنصر درگذشت و نزاع بر سر جانشینی او موجب پیدایش دو شاخه مستعلویه و نزاریه در میان اسماعیلیه شد. اصل این نزاع و اختلاف بدان باز می گشت که چونانکه گفته اند مستنصر در دوران حیات خود، نخست پسر بزرگتر خویش نزار را به عنوان جانشین معرفی کرده، ولی بعدها از این نصب و نص برگشته پسر دیگر خویش یعنی ابوالقاسم احمد را که بعدها به نام مستعلی مشهور شد به جانشینی برگزیده بود. البته این احتمال وجود دارد که چنین نص و چنین برگشتی بعدها در منابع نزاری رخ نموده باشد، اما آنچه به عنوان یک رویداد تاریخی بدان پرداخته می شود این است که در اواخر دوره امامان فاطمی و بویژه از دوران ظهور بدرالجمالی و با خدماتی که به دستگاه خلافت فاطمی ارائه کرده بود وزیران – بسان آنچه در بغداد و در خلافت عباسیان رخ داده بود- از قدرت فراوانی برخوردار بودند و عملا تدبیر حکومت را در دست داشتند. بدینسان، پس از درگذشت مستنصر، افضل بن بدرالجمالی مشهور به ابوالقاسم شاهنشاه که چند ماه قبل و در پی درگذشت پدرش بدراجمالی جایگزین او شده بود، در شرایطی که پسر بزرگتر خلیفه یعنی نزار در قاهره نبود، برادر کوچکتر او را- که از رهگذر همکاری با وی می توانست به استقلال افزونتری دست یابد- بر کرسی خلافت نشاند و چون نزار به قاهره برگشت با کاری انجام یافته روبروشد. هرچند رسما قدرت را در قاهره مستنصر برعهده گرفت و نزار به زندان افکنده شد، اختلاف بر سر اینکه جانشینی کدام یک از این دو بر پایه اصول شیعه درست بود، و کدام یک از این دو برادر امام بر حق هستند زمینه بزرگترین انشعاب را در میان اسماعیلیان پدید آورد و بعدها دو شاخه مستعلویه و نزاریه شکل گرفتند. با آنکه ظاهرا در مصر همه چیز به سود مستعلویه پایان یافت، اما در شرق طرفداران نزار قدرت یافتند. در ایران حسن صباح و طرفدارانش به نزار پیوستند و این شاخه از اسماعیلیه در شرق به حیات خود ادامه داد و امروزه خوجه های هند که از آنان به آقاخانیه نیز یاد می شود نماینده این گروه هستند، در حالی که بهره های هند و طیبیان یمن و نیز حافظیان ادامه حیات شاخه مستعلویه را نمایندگی می کنند.
حکمرانان فاطمی و شاخه مستعلویه
این دوره در تاریخ خلفای فاطمی که از آن شکوه پیشین نشانی ندارد هفت دهه را در برمی گیرد که از سال 487ق./ 1094م. آغاز می شود و تا انقراض فاطمیان در سال 567ق./1171م. ادامه می یابد. در این دوره شش تن از خلیفگان فاطمی به قدرت رسیدند که عبارتنداز:
مستعلی: ابوالقاسم احمد مشهور به المستعلی بالله که در سال 467ق./ 1074م. به دنیا آمده بود و در سال 487ق./ 1094م. به کمک افضل بن بدرالجمالی به قدرت رسید و تا سال 495ق./ 1101م. به ظاهر حکومت کرد، هرچند قدرت واقعی در دست افضل قرار داشت. امامت افضل را اسماعیلیان مصر و شام پذیرفته بودند و سیده ملکه صلیحیان یمن نیز از او پشتیبانی کرد و اسماعیلیان گجرات هم به تبع از او حمایت کردند. در دوره خلافت او نخستین جنگهای صلیبیان در شرق صورت پذیرفت و به سال 491ق./ 1097 م. به مصر حمله کردند و هرچند در آنجا توفیقی دست نیاوردند، اما سال بعد بیت المقدس را تصرف کردند.
آمر: ابوعلی مشهور به الآمر باحکام الله که در سال 490ق./ 1097م. زاده شد بود در 495ق./ 1101م. و هنگامی که هنوز پنج سال جانشین خلافت فاطمی شد، تا هنگام بلوغ او، جدش افضل الملک نایب السطنه بود که خود در سال 515 ق./ 1121 م. به فرمان خلیفه به قتل رسید. آمر تا سال 524ق./ 1130م. حکومت کرد و در این سال به دست چند تن از نزاریان کشته شد. در دوره فرمانراوایی او جنگهای صلیبی و ناآرامیهای داخلی ادامه داشت، مرگ وی اختلاف بر سر جانشینی او و انشعاب مستعلویه به دو شاخه حافظی و طیبی را سبب گردید.
انشعاب طیبی و حافظی
پس از مرگ آمر درباره جانشینی او دو نظر عمده بروز کرد و به همین سبب دو شاخه طیبی و حافظی از همدیگر جدا شدند. از دیدگاه شاخه طیبی یعنی همان که باقیمانده خلفای فاطمی در سلسله رهبران و امامانش جای دارند چنین اعلام شده بود که همسر آمر پسری به دنیا خواهد آورد و موقتا امور دولت به عموزاده او عبدالمجید مأمون بن محمد بن المستنصر سپرده شد. اما نوازدی که دیده به جهان گشود دختر بود و از این رو با حافظ به خلافت و امامت بیعت شد، و بدینسان او یازدهمین خلیفه عباسی و بیست و یکمین امام طایفه قلمداد گردید. اما از دیدگاه شاخه دیگر یعنی طیبی آمر به هنگام درگذشت، پسری دو ساله داشت و او بعدها از نظر غایب شد و دوره ای از امامان مستور آغاز گشت.
از دیدگاه شاخه حافظی امامت اسماعیلی در همان سلسله فاطمی ادامه یافت و چهار خلیفه بافیمانده این خاندان ادامه سلسه امامان هستند. این چهار تن عبارتنداز:
حافظ: مأمون بن محمد مشهور به ابوالمیمون عبدالمجید حافظ که به سال 467ق./ 1074 و 1075 م. به دنیا آمده بود و پس از مرگ آمر، بدان سبب که طیب خردسال بود، به عنوان حافظ او عهده دار امور حکومت شد، اما بعدها رسما حکومت را از آن خود ساخت. او از سال 524-544ق./ 1130-1149م. حکومت کرد و در دوران امامت و فرمانروایی وی جنگهای صلیبی ادامه یافت، حمله هایی به شمال آفریقا از سوی حکمران سیسیل صورت پذیرفت، یمن از اسماعیلیان فاطمی جدا شد و رضوان وزیر، تسنن را در حوزه فرمانروایی فاطمیان مطرح ساخت.
ظافر: اسماعیل بن حافظ ملقب به ابومنصور الظافر که به سال 527ق./ 1132م. دیده به جهان گشود از سال 544 ق./ 1149م. تا 549ق./ 1154م. حکم راند.
فائز: عیسی بن اسماعیل مشهور به ابوالقاسم الفائز نصرالله عبیدی در سال 549ق./1154م. و در حالی که پنج سال بیشتر نداشت از سوی عباس وزیر به کرسی خلافت نشانده شد و تا یازده سالگی خلیفه بود، در این دوره کوتاه که تا 555ق./ 1160م. ادامه یافت عملا عباس وزیر و ابن رزیک به نام او حکم راندند، در این دوره فشار و تعرضهای صلیبیان افزایش یافته و قدرت حکومت فاطمی به سختی رو به ضعف نهاده بود.
عاضد: عبدالله بن یوسف بن عبدالمجید مشهور به ابومحمد العاضد لدین الله پسر عمومی فائز و آخرین خلیفه فاطمی است که در سال 555ق./ 1160م. در نه سالگی به دست ابن رزیک بر کرسی خلافت مصر نشانده شد. در دوران او به سال 567ق./ 1171م. صلاح الدین ایوبی آخرین وزیر فاطمی به حکومت این خاندان پایان بخشید و خلیفه نیز پس از دوازده سال خلافت و بی آنکه از پایان خلافت خود خبر یافته باشد درگذشت و بدین سان دوره حکمرانی فاطمیان و بخشی از سلسله امامت اسماعیلیان پس از 262سال پایان یافت.
ادامه حیات شاخه حافظی
به رغم برچیده شدن حکومت فاطمیان در سال 567ق./ 1171م. و به رغم آنکه صلاح الدین ایوبی اسماعیلیان را سخت تحت تعقیب و آزار قرار داد و سازمان دعوت حافظی و همه سنتها و نهادهای اسماعیلی فاطمیان را از میان برد و دارالعلم نیز به یک بیمارستان بدل گردید، اما سلسله امامت از دیدگاه حافظیان پیوسته ماند و پس از عاضد به عنوان چهارمین خلیفه فاطمی و بیست و چهارمین امام اسماعیلی شاخه مستعلویه طیبی، امامت به داوود (د. 604ق./ 1207م.) رسید. برخی از مدعیان داوود در مصر سر به شورش برداشتند و پشتیبانان محلی اندکی یافتند. «تا پایان قرن هفتم/ سیزدهم جوامع حافظی به کلی در مصر و شام متلاشی شد و در یمن نیز اسماعیلیه حافظی پس از برافتادن حامیان زریعی و به دنبال فتوحات ایوبیان در عربستان جنوبی در 561 باقی نماندند.
ادامه حیات شاخه طیبی
پیشتر گذشت که پس از مرگ آمر درباره جانشینی او اختلاف بروز کرد و این اختلاف به جدا شدن دو شاخه طیبی و حافظی از همدیگر انجامید. برخلاف حافظیها که سیر سلسله امامان را از طریق حافظ به دیگر امامان و خلفای فاطمی ادامه دادند، شاخه طیبی چهار خلیفه پایانی را نپذیرفتند و از این دفاع کردند و آمر پسری به نام طیب داشته و این پسر در دو سالگی یا کمی پس از آن از نظرها غایب شده و بدین سان دوره ای از امامت امامان ستر آغاز گشته است. بدین سان «از سال 524ق./ 1130 م. این شاخه اسماعیلیه امام ظاهری نداشته اند.» هرچند در پی انشعاب یادشده، اسماعیلیان مستعلوی مصر از حافظ و خلفای پس از او حمایت کردند و به دیگر سخن به شاخه حافظیه پیوستند، اما در یمن، جدای از زریعیان عدن و برخی از همدانیهای صنعا که از صلیحیان اعلام استقلال کرده و از همین رو بر خلاف این خاندان از حافظیه طرفداری کردند، ملکه صلیحی یمن، سیده، نومید از قاهره و دستگاه خلافت آن، به دفاع از امامت طیب پرداخت. بدین سان اسماعیلیان یمن پرچمدار شاخه ای از اسماعیلیه شدند که در آغاز آمریه و بعدها طیبه نام گرفت.