بسیاری از اصلاح طلبان دینی در این دیدگاه مربوط به ارتباط بین ایمان و عقل سهیم اند. طبق نظر مارتین لوتر، عالمان الهیات مدرسی «به تصورات محض ناشی از عقل بشر» می پردازند، در حالی که کتاب مقدس به عنوان «اساس و منشأ ایمان» با «عقل محض ما» مورد نقادی، تبیین یا داوری قرار نمی گیرد، بلکه تحت هدایت روح القدس «مجدانه» مورد تحقیق و اطاعت قرار می گیرد. ژان کالون در عین حال که می پذیرد که «در فکر بشر و در واقع به واسطه سرشت طبیعی او، ادراکی از خدا هست»، بر این عقیده است که گناهکاری بشر، از یک سو آثار معرفت را از بین می برد و محتوای این معرفت جبلی مربوط به خدا را منحرف می کند و از سوی دیگر مانع از آن است که مردم بتوانند از طریق نظام خلقت خدا را بشناسند. در نتیجه، «از آن جا که فکر بشر به خاطر ضعفش نمی تواند به خدا برسد»، خدا کمک «کلمه» اش را به همه کسانی داد که او همواره خشنود بود که آنان را به نحو مؤثری تعلیم دهد.
حتی فیلیپس ملانشتون انسان گرا معتقد است که با آن که نوعی شناخت عقلانی خدا از طریق برداشت طبیعی دست یافتنی است، اما در معرض شک و زوال است و به هر صورت برای نجات کافی نیست. در نتیجه، «ما باید شناخت خدا را در تجلیهایش و سخنانش که به وضوح در «کتاب مقدس الاهی» بیان شده، جستجو کنیم.» با وجود این، دیدگاه های اصلاح طلبان دینی و مخالفانشان و مناقشات الهیاتی که آنان در قرون شانزدهم و هفدهم برانگیختند، باعث توجه تازه ای به مسئله الهیات طبیعی شد. این امر بدان سبب بود که وقتی هر دو گروه ادعا می کنند که مرجع نهایی، تمسک به (تفسیر خاص آنان از) کتب مقدس است، باید راه حلی برای منازعات پیدا کنیم. برخی با پذیرفتن این که اصل فقط کتاب مقدس باید با توجه به ادعاهای مربوط به مرجعیت کتاب مقدس و کلیسا به عنوان مفسر آن اصلاح شود، به واقعیت تفاسیر متضاد واکنش نشان دادند. اما آنان به زودی دریافتند که نه تنها مسئله شناخت آموزه واقعی حل نشد، بلکه مشکل با این اصلاح شدت یافت.
به خاطر اختلاف های مربوط به این که چه کسی یا چیزی می تواند کلیسایی تأسیس کند که به طور شایسته ای به عنوان مفسر کتاب مقدس مرجعیت داشته باشد، مناقشه های پیرامون معنای کتاب مقدس، شدیدتر شد. ناتوانی در حل منازعات مربوط به تعالیم کتاب مقدس، به نوعی موجب شکاکیت درباره مرجعیت کتاب مقدس شد. برخی بر تسامح ورزی نسبت به تفاسیر مختلف تأکید داشتند و بعضی دیگر برای تحمیل تفاسیرشان به خشونت متوسل شدند. راه چهارم که تأیید روزافزونی به دست آورد، به عقل به عنوان راهی برای تعیین اعتقاد و فرونشاندن نزاع ها تمسک کرد. نزد برخی این نوع تمسک منحصر به یافتن دلایلی است که ادعاهای مربوط به هویت و معنای وحی الاهی به خصوص محتوای کتاب مقدس را توجیه می کند. با این حال، دیگران آن را به گونه ای بسط دادند که اعتقادات اساسی مربوط به واقعیت و اراده خدا را نیز دربرمی گرفت. داستان الهیات طبیعی در تفکر جدید، داستان پیچیده، گهگاه فعال و ناتمام براهینی است که می کوشند که نشان دهند که با تأمل عقلانی می توان حقایق اساسی مختلف راجع به واقعیت خدا را اثبات کرد.
الهیات طبیعی از نظر ادوارد هربرت
در نیمه اول قرن هفدهم ادوارد هربرت، بارون هربرت اول اهل چربری، برای این که جانشین معتبری برای پیش داوری و شکاکیت پیدا کند، عقل را مورد توجه قرار داد. مطابق کتاب او به نام «درباره حقیقت برخی مفاهیم مشترک» که بیانگر حقایق بنیادی اند، بنابر مشیت الاهی به طور جبلی در بشر به ودیعت گذاشته شده است. از این رو، تمام مردم به محض این که آنها را تصور کنند، درستی آنها را تصدیق خواهند کرد. آنها برای تمام استنباط های درست، مبنا و معیاری فراهم می آورند. پنج «مفهوم مشترک مربوط به دین» که هربرت مشخص نمود، عبارتند از اعتقاد به این که «یک خدای متعالی هست» که «باید پرستش شود»؛ فضیلت مهمترین ویژگی دینداری است؛ رذیلت «با توبه جبران می شود»؛ و «پس از این دنیا پاداش یا مجازات خواهد بود.» هربرت در آثار بعدی، یعنی درباره دین غیر یهودیان و گفتگو بین استاد و شاگردش، می کوشد تا قویا تکذیب کند که شاهد تجربی می تواند این ادعا باطل کند که مفاهیم مشترک عموما تصدیق می شوند. او با اعتقاد به این که شاهد مربوط به ادیان دیگر بد فهمیده شده یا دین «جامع» واقعی که مطابق مفاهیم مشترک است، به خاطر کشیشی گری تحریف شده، این کار را انجام می دهد.
الهیات طبیعی از نظر رنه دکارت
رنه دکارت، معاصر جوانتر هربرت چربری، براهین متعددی برای وجود خدا مطرح کرد که آشکارا در معرض تهدید ابطال تجربی ناشی از شناخت دم افزون ادیان جهان قرار نگرفت. یکی از براهینی که درباره تصور خدا به کار می رود، این اصل است که علت دست کم باید خصوصیات معلولش را دربرداشته باشد. بر این اساس، او استدلال می کند که تصور خدا، تصور یک موجود کامل است و از این رو، این تصور باید معلول موجودی باشد که حداقل درجه ای از واقعیت داشته باشد. منشأ این تصور نمی تواند خود دکارت باشد (زیرا شک و جهل او نشان می دهد که او کامل نیست). بنابراین، تصور خدا باید ناشی از موجودی کامل و شاهد بر موجودی کامل باشد که مستقل از دکارت است که همان خداست. دکارت همچنین از اصل علیت و نامعقول بودن تسلسل نامتناهی، برای ایجاد صور مختلف برهان کیهان شناختی استفاده می کند.
برای مثال، او استدلال می کند که به وجود آمدن و بقای هستی ما در توان خود ما نیست بلکه نهایتا باید از خدا سرچشمه بگیرد، او که «چنان قدرتی دارد که می تواند ما را جدای از خودش نگه دارد»، اما «این محافظت نیاز به هیچ موجود دیگری ندارد.» صورت دیگر این نوع برهان متضمن این باور است که انسان ها با پی بردن به محدودیتشان درمی یابند که معلول خود نیستند، بلکه «بالضروره موجود کاملتری» هست که خصوصیاتشان را از او می گیرند. نوع سوم برهان، تفاسیر دلیل وجودشناختی را بیان می کند. با توجه به این اعتقاد که باید خدا را به عنوان کامل بالذات و بنابراین دارای تمام صفات ممکن تعریف کنیم، دکارت می گوید نمی توانیم محمول «وجود دارد» را به خدا نسبت ندهیم. پس تصور خدا نشان می دهد که گزاره خدا وجود دارد، ضرورتا باید درست باشد.
افلاطونیان کمبریج در انگلستان بر جایگاه مهم عقل، به ویژه تأمل عقل بر شناخت های خودش، برای رسیدن به برداشت الهیاتی اذعان داشتند. گرچه بسیاری از معاصرانشان تمایل داشتند که با استفاده از عبارات کتاب مقدس عرصه را بر یکدیگر تنگ کنند، ولی افلاطونیان کمبریج عقیده داشتند که عقل «شمع خداوند» است و، همان طور که ناتانائل کالورول می گوید، همه مردم می توانند به وسیله آن، «قانون طبیعت» را که خدا برای هدایت مناسب زندگی های آنان اعطا می کند، کشف کنند نه این که ابداع کنند. به نظر جان اسمیت، یکی دیگر از افراد این گروه از متفکران، خدا به طور کلی بسیاری از نشانه های ذات الاهی را به صورت ویژگی های «این جهان مشهود و محسوس» نشان می دهد، اما «روشن ترین و برجسته ترین نشانه» آن با شخصیت انسان فراهم می شود.
پس، با «تأمل در نفوس خود» می توانیم به شناخت واقعی ذات و صفات الاهی نائل شویم. با این حال، دیدگاهی که عقل را شمع روشنایی بخش خداوند در درون هر شخص می داند، می توان مؤید صور مختلف شهود باطنی تفسیر کرد. به همین دلیل، تمسک سنجیده به عقل را، که افلاطونیان کمبریج مطرح کردند، می توان با روشنگری هایی نظیر آنچه در نهضت کواکر یافت می شود، پذیرفت و تعدیل نمود. این امر برای کسانی که برای مهار این گونه دلبستگی ها به عقل چشم دوخته بودند، نگران کننده بود. همچنین باید تصدیق کرد که مشکل عمده دیگر افرادی که اصولا بر معیار عقل تأکید داشتند، این است که چه بسا نظر مردم از آنچه آنها نظریه موجه می دانند، بسیار متفاوت باشد.
جان لاک بر این اساس در صدد برآمد تا ویژگی و محدودیت های فهم بشری را معین کند. او در رساله ای در باب فاهمه بشر هم به عنوان قاعده فهم و هم به عنوان مسئله اطاعت از اراده خدا در خلقت انسان ها به عنوان موجودات عاقل، نوشت که انسان «حق انتخاب دارد و آن را مطابق فکر خود وضع می کند. او در هر مورد یا مسئله ای که باشد، مطابق عقلی که او را هدایت می کند ایمان می آورد یا ایمان نمی آورد.» لاک در رساله مسئله وجود خدا را بررسی می کند. او با استفاده از نوعی برهان کیهان شناختی، بر مبنای شناختی که از «وجود خود» و «یقین شهودی» خود داریم، نتیجه می گیرد که اولا عدم محض نمی تواند هیچ موجودی واقعی ایجاد کند و ثانیا ما می توانیم «وجود خدا را در مقایسه با وجود چیزهای دیگر غیر خودمان با یقین بیشتری بشناسیم.»
سپس او به جایگاه وحی توجه می کند. ادعاهایی را که نسبت به معرفت وحیانی به نحو شایسته معتبر شمرده شده اند، هر چند فراتر از عقل باشند، مادام که با آنچه خود عقل در مورد ذات و اراده خدا مقرر می کنند، متناقض نباشند باید پذیرفته شوند. او به دنبال توجیه این اصل بنیادی است که «عقل باید داور نهایی و راهنمای ما در همه چیز باشد» چه آنکه اگر خدا از ما بخواهد حقیقت یک گزاره را بپذیریم، آن حقیقت را از راه روش های معمولی عقل طبیعی روشن می کند، یا از راه نشانه هایی که عقل با وجود آنها دچار خطا نمی شود... حقیقت را بر ما آشکار می سازد.» گرچه به نظر شماری از نقادان، صورت «معقول» اعتقاد مسیحی که با استفاده از معیار عقل لاک پدید می آید، جدا ناقص است، خود معیار تا حد زیادی تردیدناپذیر دانسته شده است. چگونه می توان با ایجاد یک الهیات طبیعی عقلا موجه که مبنای اعتقاد مسیحی باشد، این مشکل را برطرف کرد.
الهیات طبیعی از نظر ساموئل کلارک
پس از مرگ لاک، ساموئل کلارک یکی از تواناترین متفکران انگلستان بود. او در سخنرانی های بویل مدعی ارائه «یک سلسله گزاره های روشن و واضح کاملا منسجم» بود که «یقینی بودن وجود خدا» و «صفات ضروری ذات او» را ثابت می کند، تا آن جا که ما با عقل محدودمان می توانیم آنها را کشف کنیم و بفهمیم. آنچه او در حد امکان ثابت می کند، برهانی پیشینی برای واقعیت خدا است که با این قول شروع می شود: «یقین مطلق و انکارناپذیر داریم که چیزی از ازل وجود داشته است» و به استدلال ادامه می دهد که این «چیز» باید تغییر ناپذیر، مستقل، قائم بالذات، واجب الوجود و واحد باشد. با این حال، کلارک به منظور اثبات این که این «موجود قائم بالذات» با تصور خدا منطبق است، باید نشان دهد که آن موجود «یک ضرورت کور و نامعقول» نیست، بلکه «یک علت عاقل و دانا» است که «از روی آزادی و اختیار» عمل می کند. او برای انجام این کار با توجه به ویژگی جهان براهین پسینی ارائه می کند. او با تلفیق ملاحظات، پیشینی و پسینی نتیجه می گیرد که این خدا ضرورتا باید علت العلل و خالق همه چیز باشد، او دارای قدرت نامتناهی، خرد، خیر، عدالت، راستی و تمام کمالات اخلاقی دیگر است. کلارک بر همین مبنا در دومین سلسله سخنرانی هایش هم الزامات تغییر ناپذیر دین طبیعی را ثابت می کند، هم یقینی بودن وحی الهی را که امور لازم برای نجات را که عقل نمی تواند از راه قوای خودش تعیین کند، اثبات می نماید.
تحولات الهیات طبیعی پس از ساموئل کلارک
در حالی که کلارک در صدد بود تا در حد امکان گونه ای از الهیات طبیعی مبتنی بر استدلال پیشینی ارائه کند، بسیاری از کسانی که در این دوره برای بسط چنین الهیاتی تلاش می کردند، ترجیح دادند که به براهین پسینی بیشتر توجه کنند. عالمان الهیاتی که این نوع الهیات طبیعی را می پرورانند، از آخرین مشاهدات مطالعه علمی برای نشان دادن هستی، قدرت و خیرخواهی خالق بهره می برند. به عنوان مثال، جان رای متوجه می شود که «عظمت، حکمت و قدرت خدا» در امور مختلفی همچون باد وزیدن «برای پراکنده کردن بخارهای مشمئز کننده و بیماری زا»، «نیروی مغناطیسی برای جهت یابی»، ساختار زبان و نای و شکل پای شتر نشان داده شده است. ویلیام درهم براهین مشابهی ارائه کرد.
او در سخنرانی های بویل، در سال 1711 و 1712 با عنوان طبیعت- الهیات یا اثبات وجود و صفات خدا از راه آثار خلقتش، بر این عقیده است که به عنوان مثال، اگر شاهد دیگری به جز حواس پنجگانه در «مخلوقات حساس» نبود، کاملا کافی بود تا ماهیت تحسین برانگیز خالق را نشان دهد. با این حال، او شواهد بسیار زیادی ذکر می کند؛ از جمله: «ذکاوت» پرندگان و حشرات در این که می دانند کجا تخم گذاری کنند و «تنوع زیاد در سراسر عالم انسان ها، چهره ها، صداها و دست خط ها» که از تعیین هویت اشتباهی و تقلب جلوگیری می کند. درهم در اثر دیگری به نام نجوم ـ الهیات یا اثبات وجود و صفات خدا از راه بررسی آسمان ها، به پیشرفت های اخیر در علوم نجوم علاقه مند شد. او می گوید اندازه، حجم، تقسیم، حرکت ها، شکل و رابطه اجزای عالم، همراه با تأمین نور و گرما، «مدارا»، «مراقبت» و «مهربانی»، «خالق» و «سازنده» شان را نشان می دهد.
با این حال، براهین الهیات طبیعی در معرض نقادی های مختلف و در برخی موارد نقادی های قوی در زمینه های دینی، الهیاتی و فلسفی است. به عنوان مثال، از منظر دینی استدلال شده است که تلاش برای توجیه عقلانی کردن باورهای دینی، کامل بودن اصول مبتنی بر کتاب مقدس را تضعیف می کند. از آن جا که این براهین تلاش می کنند که اعتماد به قوای تعقل بشری را به جای ایمان به خدا بنشانند، محکومند. اشکال الهیاتی اساسی به الهیات طبیعی این است که تفکر بشری، که از تجربه بشری استفاده می کند، هرگز نمی تواند فهمی متناسب از الوهیت بنیاد نهد. به عنوان مثال، مطابق نظر جان الیس از طریق تأمل در تجربه ای که ما از امور متناهی و ناقص داریم، نمی توان به امر نامتناهی و کامل رسید.
با این همه، آنچه را عقل طبیعی نتوانسته انجام دهد، فیض و لطف... از طریق وحی، الهام و تعلیم تأمین کرده اند. با این حال، سخت ترین چالش هایی که الهیات طبیعی در قرن هیجدهم پیش رو داشت، نقدهای فلسفی بود که دیوید هیوم و ایمانوئل کانت درباره براهین آن مطرح کردند. در حالی که به نظر می رسد که هر یک از نقادی هایی هیوم در کتابش به نام گفتگو درباره دین طبیعی، در منازعات الهیاتی نیم قرن پیش از آن بیان شده، افراد زیادی از اظهار نظر صریح هیوم و تدوین فراگیر آن نقادی ها استقبال کردند تا ناخشنودی خود را از تلاش های قبلی که برای تثبیت الهیات طبیعی بر پایه دلایل پیشینی یا پسینی صورت گرفته، نشان دهند. به نظر او، از «فهم درست کاستی های عقل طبیعی» نتیجه می شود که موضع مناسبی که در این امور می توان اتخاذ کرد، موضع شکاکیت فلسفی است.
کانت در کتاب نقد عقل محض با تعیین قلمرو عقل محض تعارضاتی را که به هنگام تلاش برای اثبات حقایق استعلایی پدید می آید، نشان داد. نقادی های او از براهین وجود شناختی، کیهان شناختی وفرجام شناختی مورد توجه بسیاری قرار گرفت تا میخ های بیشتری بر تابوت الهیات طبیعی کوبیده شود، به خصوص آن جا که ادعا می شود که الهیات طبیعی حقانیت اعتقادات اساسی خداشناسی را ثابت می کند. گرچه ممکن است برخی از این نتیجه گیری او تسلی یابند که ما می توانیم و باید درباره «اعتقاد به خدا و جهان دیگر» «از نظر اخلاقی یقین» داشته باشیم؛ اما برخی دیگر از استدلال او مبنی بر این که دیگر کسی نمی تواند ادعا کند که نسبت به این گونه امور شناخت داشته باشد، به شدت به زحمت افتادند. وقتی مبانی عقلانی اعتقاد خداباورانه به ظاهر به گونه ای باشد که کاملا تضعیف شده است، این اعتقاد چنان که باید معتبر دانسته نمی شود.