از امام موسی بن جعفر و او هم از پدرش نقل نموده که گفت: علی بن ابی طالب فرمود: وصیت رسول الله (ص) بدین صورت بود:
«بسم الله الرحمن الرحیم، این عهدی است که محمدبن عبدالله به آن وصیت نموده است و به امر خداوند به آن استناد کرده است به جانشین علی بن ابی طالب امیرالمؤمنین (ع) و در آخر وصیت چنین آمده که جبرئیل و میکائیل و اسرافیل بر آن چه که محمد به علی بن ابی طالب وصیت نمود شاهد هستند آن گاه وصیت را گرفت و ضمانش بر این وصیت همان ضمانتی است که یوشع بن نون بن موسی بن عمران نمود و بر آن چه که وصی عیسی بن مریم به آن ضمانت نمود و اداء کرد و آن چه که اولیاء قبل از ایشان ضمانت کردند به این که محمد (ص) برترین پیامبران و علی (ع) برترین جانشینان و اوصیاء است». محمد (ص) وصیت خود را به علی (ع) داد و او هم وصیت را خواند، محمد (ص) امر امامت مردم و پیشوایی آن ها را به علی بن ابی طالب (ع) سپرد و این امر خداوند و بندگی اوست و اطاعت صاحبان امر است که نبوتی برای علی (ع) و غیر او بعد از محمد (ص) نیست و شهادت و گواه خداوند به این امر کافی است.
و نیز از امام صادق (ع) نقل شده است که فرمود: علی بن ابی طالب (ع) فرمود: پیامبر در وصیتش اندکی قبل از وفاتشان مرا خواست و مقداری کافور به من داد و فرمود: ای علی، ای فاطمه این کافوری است که جبرئیل آن را از بهشت آوردن و به من داده است، او به شما سلام رسانده و گفته است که: این کافور را تقسیم نمایید و قسمت مرا و خودتان را جدا نمایید. فاطمه (س) به رسول الله (ص) گفت یک سوم کافور برای شماست و بقیه آن نزد علی (ع) است با آن چه کند، رسول خدا (ص) گریست و فاطمه (س) را به آغوش کشید و فرمود: موفقه، رشیدة، مهدیة، ملهمة، سپس فرمود: یا علی بگو بقیه کافور را چه کردی، علی (ع) گفت: نصف ما بقی کافور برای فاطمه (س) و نصف دیگر برای هر کس که شما بفرمایید یا رسول الله، حضرت فرمود: یا علی بقیه این کافور برای توست پس آن را بگیر.
از امام موسی بن جعفر و ایشان هم از پدرش نقل شده که فرمود، رسول خدا (ص) فرمود: یا علی آیا تضمین می کنی که دیوان مرا بپردازی؟ گفت: بله، حضرت فرمود: خدایا شاهد باش، سپس فرمود: یا علی تو مرا غسل بده که اگر کس دیگری مرا غسل بدهد با دیدن عورت من کور می شود، علی (ع) گفت: برای چه یا رسول الله؟ فرمود: جبرئیل این چنین از پروردگار نقل فرموده است که، کسی عورت تو را نمی بیند مگر این که کور می شود علی (ع) گفت: یا رسول الله چگونه به تنهایی تو را غسل دهم؟ حضرت فرمود: جبرئیل و میکائیل و اسرافیل و ملک الموت و اسماعیل صاحب آسمان دنیا تو را در این امر یاری خواهند نمود، علی (ع) می گوید عرض کردم: چه کسی آب برای غسل بریزد؟ حضرت فرمود: فضل بن عباس اما بدون اینکه به بدن من نگاه بیندازد چرا که برای او و هر کس غیر از او از مردان و زنان نگاه کردن به عورت من حرام است، هنگامی که از غسل من فارق شدی بدن مرا بر روی تخته ای بگذار و چهل دلو (دهان گشاد) آب از چاه غرس بر بردن من بریز آنگاه پیامبر فرمود: یا علی آن هنگام دستت را بر سینه ی من بگذار و فاطمه (س) و حسن و حسین (ع) را به همراه خود حاضر نما و غیر از ایشان کسی نباشد تا از بدن من چیزی برای او معلوم شود و نبیند، سپس در آن جا می فهمی چه شده و چه خواهد شد ان شاء الله تعالی، یا علی آیا وصیت مرا قبول کردی؟ گفت: بله حضرت فرمود: خداوندا، شاهد باش. آن گاه رسول الله (ص) فرمود: چه می کنی آن جایی که پس از من بر علیه تو بر می خیزند و بر تو پیشی می گیرند و سرکشان خود را به سوی تو می فرستند و تو را به بیعت می خوانند سپس گریبان تو را گرفته و بر زمین می کشند، همان گونه که شتر رم کرده می گریزد در حالی که مذمت شده و خوار و بی یاور و محزون و غمگین هستی و پس از من در همین حالت خواهی بود، راوی می گوید: وقتی فاطمه (س) سخنان رسول الله (ص) را شنید فریادی کشید و گریست و به گریه ی او رسول الله (ص) نیز گریست و فرمود: دخترم گریه نکن و ملائک را اذیت نکن این جبرئیل است که به خاطر گریه تو می گرید و این میکائیل و صاحب سر خداوند اسرافیل است، دخترم گریه نکن که آسمان و زمین به گریه ی تو می گریند، پس علی (ع) فرمود: یا رسول الله تسلیم این مردم خواهم شد و بر هر مصیبتی که بر من وارد آید به خاطر خدا صبر می کنم و بر بی وفایی و بیعت نکردنشان صبر خواهم نمود و اگر یاوری نداشتم با ایشان نبرد نخواهم کرد پس رسول الله (ص) گفت: خداوندا تو شاهد باش. آن گاه پیامبر فرمود: یا علی با قرآن و واجبات و فرائض الهی چه می کنی؟ گفت: یا رسول الله (ص) آن ها را جمع می کنم و به مردم عرضه می نمایم که اگر قبول کردند که من شاهدم.
امام علی (ع) می فرماید: در وصیتنامه رسول الله (ص) آمده بود آن چه که حضرت به آن وصیت نموده بود به این که در هر خانه ای که از دنیا رفت در همان جا او را دفن نمایند و با سه پارچه کفن شود که یکی از آن ها (آخرین آنها)، برد یمانی باشد و کسی جز علی وارد قبرش نشود و او را دفن ننماید سپس فرمود: یا علی، تو و دخترم فاطمه و حسن و حسین (ع) نزد جنازه من بمانید و هفتاد و پنج تکبیر بگویید تو پنج تکبیر بگو و بازگرد پس از این که به تو اجازه ی نماز بر من دادند، علی (ع) گفت: پدر و مادرم به فدایت چه کسی فردا اجازه خواهد داد، حضرت فرمود: جبرئیل اذن نماز خواهد داد و سپس اهل بیتم و بستگانم دسته دسته می آیند و بر جنازه ی من نماز می خوانند سپس زنان اهل بیتم می آیند و پس از همه آنها بقیه ی مردم بیایند.
و نیز روایت است که علی (ع) به رسول الله (ص) عرض کرد: یا رسول الله به من امر فرموده اید که در خانه خودتان برای شما قبری حفر کنم و فلان کار و فلان کار را انجام دهم، حضرت فرمود: بله یا علی خانه من محل دفن و قبر من خواهد بود. علی (ع) گفت: پدر و مادرم به فدایت برای من مشخص نما در کجای خانه قبر شما حفر کنم، حضرت فرمود: در انتخاب جا اختیار با توست ببین کجا بهتر است، عایشه گفت: یا رسول الله شما کجا مقیم می شوید؟ حضرت رو به عایشه کرد و گفت: تو را در خانه ای اسکان دادم و تنها آن چه که در این خانه است برای توست پس در خانه ات آرام بگیر و مانند زمان جاهلیت زینت نمایی مکن و با ولی خود ظالمانه و از روی ستم پیشگی پیکار نکن (هر چند که تو این کار را انجام خواهی داد) عمر از این سخنان رسول الله (ص) آگاه شد و به دختر خود حفصه گفت: ای حفصه عایشه را واگذار و با پیامبر از علی سخن به میان نیاور زیرا او در حیات و حتی به هنگام مرگ نیز به یاد علی است. وهابیان چون سفر برای زیارت قبور صالحان و نیز ساختن بقعه و دست مالیدن و تبرک به قبور صالحان را حرام می دانند، با استناد به حدیثی که از طریق عائشه از پیامبر (ع) نقل می کنند علت دفن حضرت در خانه مسکونی اش را از دلایل این حکم می دانند و ادعا می کنند، آن حضرت وصیت کرد که در حجره مسکونی اش دفن گردد تا قبر پیامبر مسجد قرار نگیرد و در دسترس مردم نباشد. از نظر ما این سخن ایشان صحیح نیست زیرا: حضرت امیرالمؤمنین علی (ع) می فرمایند: خداوند، پیامبر را در پاک ترین نقاط قبض روح کرده است، پس سزاوار است در همان بقعه ای که در آن در گذشته است، دفن شود. در نتیجه، جسد پیامبر در حجره اش به خاک سپرده شد. مسلمانان این پیشنهاد را پذیرفتند. بنا بر این در انتخاب محل دفن پیامبر، سخن از مسجد قرار گرفتن قبر او در میان نبوده و خود حضرت (ص) چیزی در این باره نفرموده است.
تاریخ اسلام روایات پیامبر اکرم وصیت حضرت فاطمه (س) امام علی (ع)