شاخه های مختلف پزشکی اسلامی، عبارت بود از: کالبد شناسی (تشریح) و فیزیولوژی، اورتوپدی و پاتولوژی. این رشته ها در طب اسلامی، یک واحد تجزیه ناپذیر را تشکیل می داد که مقدمه همه شاخه های پزشکی محسوب می شدند.
علاوه بر آن مطالعه تشریح و وظایف الاعضای بدن آدمی حتی برای متصوفان و متکلمان و فیلسوفان هم، چون برای پزشکان بسیار جالب توجه بود و دانشجویان علوم سنتی دیگر، آگاهی هایی از این دانش ها را تحصیل می کردند. بنابر چشم انداز اسلامی که افریده ها هم چون آیات الهی در نظر گرفته می شد، مسلمانان تحقیق در بدن آدمی را برای دریافت حکمت الهی که در ساختمان تن آدمی یعنی اشرف مخلوقات به خوبی آشکار است، دارای اهمیت درجه اول می دانستند. به همین جهت است که اخوان الصفا در رسائل خود، به نماد دیگری عدد پاره های بدن آدمی و تناظر آن ها با پاره های مختلف کیهان توجهی خاص کرده، و صوفیانی هم چون غزالی و ابن عربی به صورتی بسیار گسترده از نماد دیگری کالبد شناسی انسان سخن گفته بودند. بی جهت نیست که فیلسوفی چون ملاصدرا نیز در کتاب مفاتیح الغیب، به صورتی گسترده درباره این موضوع به بحث پرداخته است. جالب این که: فارابی متفکر فلسفه سیاسی اسلامی، نظریه خود را درباره اجتماع بشری از طریق توسل به نماد دیگری کالبد شناسی بدن آدمی بیان نموده است.
شریعت اسلام، کالبد شکافی در بدن آدمی را مجاز نشمرده است، چرا که حرمت کالبد شکافی در طول قرن هایی ممتد توسط بعضی از فقیهان مورد بحث و تردید قرار داشته است. ریشه فقهی این مسأله هر چه باشد، گفت که متون دینی به هر صورت با امری که ظاهرا تجاوز به احترام وحیثیت شریف ترین آفریده خدا به شمار می رفته، مخالف بوده است. درنتیجه، عملا در جهان اسلام کالبد شکافی صورت نمی گرفت و مسلمانان به تشریح و وظایف الاعضای جالینوسی و نظریه آن درباره گردش خون و روح ها سخت متکی بودند که به خوبی در متون مشهور کالبد شناسی اسلامی، مثل کتاب "مختصر در علم تشریح" تألیف عبدالمجید بیضاوی و تشریح منصوری تألیف منصور بن محمد بن فقیه الیاس منعکس شده است، که اولی در قرن هفتم هجری و دومی در قرن نهم هجری نوشته شده اند. انحراف عمده مسلمانان از تشریح و وظایف الاعضای جالینوسی، پس از آن بود که گردش کوچک خون توسط ابن نفیس در بدن کشف شد.