پس از خروج پیامبر به سمت مدینه مشرکین که بار دیگر خود را شکست خورده و نقشه شان را نقش برآب می دیدند با سرعت به این طرف و آن طرف رفته و در کوهها و دره ها به جستجوی پیامبر (ص) پرداختند.
در پاره ای از روایات آمده است: در میان قریش مردی بود به نام «ابوکرز» در برخی روایات سراقه گفته شده او از قبیله خزاعه بوده و در شناختن رد پای افراد مهارتی بسزا داشت، به همین جهت چند نفر از مشرکین سراغ او رفتند و از وی خواستند تا رد پای رسول الله (ص) را بیابد ابوکرز اثر قدم های رسول الله (ص) را از در خانه آن حضرت نشان داد و به دنبال آن همچنان پیش رفت تا جائی که ابوبکر به آن حضرت ملحق شده بود. در این هنگام گفت: «در اینجا ابی قحافه (پدر ابوبکر) یا پسرش نیز به او ملحق شده!»
آنها به دنبال رد پاها همچنان تا در غار پیش آمدند، پیامبر و ابوبکر در غار ثور بودند و از شکافی که از آن وارد شده بودند بیابان و صحرا را می نگریستند، به فرمان خداوند متعال عنکبوتی بر در غار منزل کرده و تار تنیده بود و کبکهائی در آنجا تخم گذاشته بودند بترتیبی که هر کس این صحنه را می دید یقین می کرد سالها کسی از این شکاف عبور نکرده و داخل غار از وجود هر جنبنده ای خالی است.
ابوکرز که تا کنار شکاف غار رد پاها را دنبال کرده بود همانجا ایستاده و گفت: «محمد و رفیقش از اینجا نگذشته اند و داخل این غار هم نشده اند زیرا اگر درون آن رفته بودند این تارها پاره می شد و این تخم ها می شکست، دیگر نمی دانم؛ یا در اینجا به زمین فرورفته اند و یا به آسمان صعود کرده اند!» این شد که عده ای از مشرکین از مقابل غار بازگشته دوباره در بیابان در جستجوی رسول الله (ص) پراکنده شدند و عده ای دیگر در اطراف غار به جستجو پرداختند. در این هنگام ابوبکر ترسید و مضطرب شد و چنانچه خداوند متعال در سوره ی توبه آیه 39 فرموده است؛ رسول الله (ص) برای اطمینان خاطرش به او گفت: «لا تحزن ان الله معنا» یعنی: «محزون مباش بدرستیکه خداوند با ما و به همراه ما ست». (توبه/ 39). و در پاره ای از روایات آمده است ابوبکر با شنیدن این سخن اطمینان بخش نیز آرام نگرفت، در این وقت یکی از مشرکین روبروی غار نشست تا بول کند، پیغمبر برای دلداری ابوبکر به او فرمود: «اگر اینها ما را می دیدند این مرد اینگونه در برابر غار برای بول کردن نمی نشست». و در روایت دیگری در سیره النبویه ی ابن کثیر ج 2- ص 243 چنین می خوانیم: وقتی رسول الله (ص) دید ابوبکر آرام نمی شود به او فرمود: «نگاه کن» و از طریق اعجاز به او دریا و کشتی ای در یک سوی غار نشان داد و به او فرمود: «اگر اینها داخل غار شوند ما سوار بر این کشتی شده و خواهیم رفت».
باری رسول الله (ص) سه روز در غار ثور بود و در این مدت عده ی کمی از محل اختفای ایشان خبر داشتند و همان عده برای ایشان و ابوبکر غذا آورده و اخبار مکه را به اطلاع آن جناب می رساندند. یکی از ایشان علی (ع) بود. او هر روز به غار آمده و شتر و راهنمای راه به منظور هجرت به مدینه را نیز او تهیه فرمود. دیگری طبق برخی نقل ها «عامر ابن فهیره» بود. او طبق گفته ی ابن اسحاق و واقدی و اسکافی و... آزاد شده ی رسول الله بود اما در برخی کتب او را غلام ابوبکر و آزاد شده ی او خوانده اند. شخص سومی که در برخی کتب نام برده شده اسماء دختر ابوبکر است. گفته شده او هر شب به غار آمده و برای رسول الله (ص) و ابوبکر غذا می آورد؛ اما این سخن مورد قبول همگان نیست به عنوان مثال در سیره ی حلبیه ج 2 ص 51 آمده است «خانواده ابوبکر از مکان رسول الله(ص) و ابوبکر خبری نداشتند تا اینکه هاتفی از جن خبر داد: ایشان در غارند» و در احتجاج طبرسی از قول امیرالمومنین آمده است که خطاب به مسلمین فرمود: «آیا کسی در میان شما جز من هست که وقتی پیامبر در غار بود برای او غذا برده و اخبار (مکه) را به اطلاع ایشان رسانده باشد؟» در این هنگام مردم پاسخ دادند: «خیر (جز تو کسی چنین کاری نکرد)».
از این اخبار علاوه بر اینکه فهمیده می شود ادعای بردن غذا توسط اسماء کذب است دانسته می شود نقلهای گفته شده مبنی بر رساندن اخبار مکه توسط عبدالله ابن ابی بکر به پدرش (ابوبکر)، در مدت در غار بودن او نیز دروغ و ساخته گی است و این نیز از فضیلت تراشی هایی است که در مقابل فضائل حقیقی امیرالمومنین برای دشمنان ایشان بافته شده. در هر صورت رسول الله (ص) به همراه ابوبکر سه روز در غار ثور ساکن بود و در این مدت مشرکین هر جائی را احتمال می دادند پیغمبر خدا(ص) به انجا رفته باشد زیرپا گذاشتند و چون اثری از آنحضرت نیافتند تدریجا مایوس شده و موقتا از جستجو و تفحص دست کشیدند اما جایزه ی مخصوصی برای کسی که رسول الله (ص) را بیابد و تحویل دهد معین کردند؛ آن جایزه «یک صد شتر» بود این مقدار شتر جایزه ی بزرگی برای اعراب به حساب می آمد. البته با گذشت چند روز معلوم شد تعیین جایزه نیز برای یافتن مخفی گاه رسول الله فایده ای ندارد و یاس مشرکین از یافتن رسول الله (ص) سبب شد تا از جستجوی بیشتر باز مانده و امنیت مجددا به راه ها بازگردد.
رسول الله (ص) با دیدن این شرایط طبق طرح قبلی از غار بیرون آمده و راه مدینه را پیش گرفت. البته برای این منظور به دو چیز نیاز داشت یکی مرکب و دیگری راهنمای راه. به همین منظور علی (ع) مامور شدتا شتران و راهنمائی را آورده و تحت اختیار رسول الله (ص) قرار دهد. ایشان نیز اطاعت امر کرده و روز سوم سکونت در غار؛ شتران را به همراه راهنما بر در غار آورد و رسول الله و همراهانش سوار بر شتران شده و راه مدینه را پش گرفتند. برخی از تاریخ نگاران نیز نوشته اند ابوبکر قبلا سه شتر را به همین منظور خریداری و آماده کرده و دخترش اسماء نیز به هنگام خروج از غار برای ایشان آذوقه آورد اما این سخنان بنا به آنچه گذشت مردود بوده و صحیح نمی باشد. با این وجود اگر این خبر را بپذیریم ناگزیریم ادامه اش را نیز بپذیریم و ادامهی آن طبق گفته ی همه کسانی که آنرا نقل کرده اند چنین است: هنگامی که رسول خدا (ص) خواست حرکت کند ابوبکر یا عبدالله ابن ارقط که همان راهنمای راه بود شتر را پیش آورد تا آن حضرت سوار شود ولی رسول الله (ص) از سوار شدن خودداری کرده و فرمودند: «شتری که از آن من نیست سوار نمی شوم» و بالاخره پس از مذاکره، رسول الله (ص) آن شتر را از ابوبکر خریداری کرد و سپس سوار شد و به راه افتاد.