کسانی که به پیامبر گرویده بودند دو دسته بودند: برخی مؤمنانی فداکار که اسلام و مسلمانان همواره مرهون فداکاریهای آنانند، و برخی کسانی که نه اینچنین. دسته دوم گروههای چندی بودند: یکی، آنان که هنوز بسیاری از منشهای جاهلیت در آنان زنده بود؛ دیگر آنان که توسعه تعلیمات اسلام هرگونه استفاده نامشروع و قدرت شیطانی را ازآنان سلب کرده بود؛ سوم آن منافقان و دو رویان پلیدی که بیشتر که به اسلام رسید به گردن آنان است. و اینان همه در جستجوی فرصتی بودند مناسب، تا با اسلام در افتند، و از اجرای کامل تعالیم آن بکاهند، و از نفوذ تربیتی آن جلوگیری کنند، و دست مرد مصممی را که دنباله وجود محمد (ص) است (به هنگام عملی ساختن و اجرا کردن کلیت احکام اسلام) ببندند. و این فرصت به یقین موکول بود به پس از رحلت پیامبر. چون در زمان حیات پیامبر، به ویژه در سالهای آخر زندگانی او، این اعمال دشمنی و انتقامگیری از اسلام و مسلمانان عملی نبود و نمی شد. نفوذ پیامبر و شخصیت او مانع از این کار بود.
چون پیامبر درگذشت، کسی گمان نمی کرد که جز علی، شخص دیگری، پیشوای امت شود و بر جای پیامبر اکرم نشیند. زیرا او، وصی پیامبر (ص)، و جانشین مسلم شرعی او، و امام مسلمانان بود. بنابراین، حق این بود که پس از درگذشت پیامبر، افراد با نفوذ اصحاب، که علی را خوب می شناختند و می دانستند ادامه درست کارهای پیامبر به او بستگی دارد، از نفوذ خود در تأیید خلافت او استفاده کنند، و او را، با هرگونه اقدامی که لازم می نمود، به جای پیامبر بنشانند، و در کمک رساندن به خلافت او، که خواسته خدا و پیامبر بود، از هیچ چیز دریغ نورزند. لیکن کار برعکس این شد. آنان همه نفوذ و قدرت خود را در بازداشتن علی بن ابیطالب از خلافت به کار بردند. و تاریخ چنین دید که یک ربع قرن، مردی چون علی خانه نشین گشت.
به راستی خانه نشین کردن علی، با اقداماتی که در سالهای نخستین اسلام، برای ازمیان بردن نهضت پیامبر می شد، از نظر نتیجه (تا حدود زیادی) نزدیک به هم بود، زیرا علی، در متن قلمرو اسلام، وجودی تازه و دارای خصایصی تازه نبود، بلکه همان امتداد وجود و عمل پیامبر بود. و روشن است که 25 سال، زمانی است که می تواند هر انحرافی را ریشه دار سازد. و همین گونه شد. و اوضاع چنان تغییر کرد، و تربیت امت چنان به تباهی گرایید که درست کردن آن از قدرت بیرون رفت، به خصوص در دوران خلافت عثمان، که گروه بسیاری به ثروت اندوزی، و غصب اموال عموی، و تضییع حقوق جامعه پرداختند. و اینهمه باعث شد تا سیمای تربیت اسلامی پایمال گردد و هویت امت مسخ شود.
علی (ع) خود دراین باره، سخنان دردناک بسیار گفته است، از جمله آنهاست این سخن:
«الا وان بلیتکم قد عادت کهیئتها یوم بعث اللدنبیه؛ اکنون مصیبت و گرفتاری (جامعه و رهبری) شما، به یقین به حالت آن روز بازگشته است که خداوند پیامبر خود را برانگیخت.» یعنی به حالت و رفتار و اخلاق مردم دوره جاهلیت بازگشته اید. واقعیت یاد شده را، در «عهد نامه مالک اشتر» نیز یاد کرده است. «عهدنامه مالک اشتر»، همان دستور نامه ای است که برای شاگرد و سردار شجاع و پرهیزگار خود، مالک اشتر نخعی، هنگامی که او را به فرمانداری مصر می فرستاد، در آنجا، ضمن سفارش درباره انتخاب بهترین فرد برای مقام قضاوت، چنین فرموده است:
«....فانظر فی ذلک نظرا بلیغا، فان هذا الدین کان اسیرا فی ایدی الاشرار، یعمل فیه بالهوی، و تطلب به الدنیا؛ درباره گزینش قاضی و رسیدگی به نحوه قضاوتهای او نیک بنگر زیرا این دین، اسیر دست اشرار شده بود، و آنان طبق هوای نفس عمل می کردند، و دین را وسیله برای طلب دنیا و مال و مقام و استیلا قرار داده بودند.» (نهج البلاغه/ خطبه 16)
این بود، و اینچنین شد. در صورتی که اگر علی، پس از رحلت پیامبر، بلافاصله به خلافت نشسته بود، و به سامان دهی امور اسلام و مسلمانان پرداخته بود، یک وظیفه اساسی بیشتر نداشت: ادامه دادن روش پیامبر. اما اکنون دو وظیفه مهم و بسیار سخت در برابرش قرار داشت: یکی بازگردانیدن مردم به حالت سالهای آخر عمر پیامبر و وادار ساختن آنان به عمل بر طبق اسلام محمد، دوم ادامه دادن آن حالت و آن اسلام. و آیا مدتی کمتر از پنج سال که از عمر او، در آن اوقات، باقی مانده بود، برای این دو کار بزرگ بس بود؟ با این همه به گفته مورخان: علی تصمیم گرفت سنت پیامبر را احیاء کند، ولی دشمنان او فرصت این کار را نیز برای او باقی نگذاشتند.
بدینگونه این پنج سال را نیز، با وادار ساختن علی به جنگ و سرگرم کردن او، در بیانها و میدانها، و ایجاد گرفتاریهای گوناگون برای او، به هدر دادند. به هر حال، امام خلافت خود را با مصادره و پس گرفتن اموال و زمینهایی که عثمان به اشخاص و نزدیکان خود بخشیده بود و رد کردن آنها به بیت المال، آغاز کرد و فرمود: به خدا سوگند، اگر زمینها و اموالی را که عثمان به اشخاص واگذارده و بخشیده است، مهر زنان کرده باشند، به بیت المال باز خواهم گرداند.
سپس حکام و استانداران حکومت اشرافی پیشین، از جمله معاویه را عزل کرد. این حکام و استانداران، بیشتر کسانی بودند بی علاقه به دین، و بی علاقه به مردم، و بیخبر از روح تعالیم اسلام. از این رو بر خلاف اسلام رفتار می کردند، و برای مردم حقوقی و حرمتی نمی شناختند. و جامعه اسلامی پیوسته از دست آنان رنج می کشید و شکایت داشت علی (ع) پس از آن، به کوفه آمد، و این شهر را مقر خلافت ساخت، تا در مرکز مملکت اسلام باشد.
اکنون دیگر علی، هم بنابر آیات قرآن و دستورات پیامبر، و هم بنابر اجماع امت، خلیفه شرعی است. پس هر کس با او مخالفت کند، بر خلاف شرع و دین عمل کرده است. و این مخالفت، بنابر هر عقیده، خروج از حوزه اسلام و ایجاد تفرقه در میان مسلمین است. با این همه، معاویه این کار را کرد و همه شام و سوریه آن روز را از حوزه خلافت اسلام جدا کرد، و در مقابل خلیفه بر حق پیامبر قرار داد.
به طور کلی، پنج سال خلافت امام را هر یک از مخالفانش به صورتی تباه کردند.
طلحه بن عبیدالله و زبیربن عوام، و عایشه، دختر ابوبکر، جنگ جمل را برپا کردند. معاویه جنگ صفین را به راه انداخت. و هنگامی که در این جنگ نزدیک بود سپاهیان امام پیروز شوند، معاویه و عمرو عاص، حیله ای اندیشیدند و قرآن بر سر نیزه کردند، و از علی خواستند تا دست از جنگ بکشند. و همین حلیه دشمنانه معاویه و عمرو عاص، دسته ای به نام خوارج پدید آورد. و اینان جنگ دیگری به راه انداختند به نام جنگ نهروان. این حوادث باعث شد تا امام که پس از 25 سال خانه نشینی به مقام دینی و اجتماعی خویش (یعنی خلافت اسلام) رسید بود، نتواند اوضاع مسلمانان را سر و سامان دهد، و جریانات را به صورت روزگار پیامبر درآورد و مسلمانان را دوباره همان مسلمانان صدر اسلام کند.