طبیعت، علت حرکت و تغییر
در نظریه اخوان نفس کلی منشأ تمام افعال در عالم هستی است. همانطور که ماده در مراحل مختلف خود دارای استعداد و قابلیت و انفعال محض است، یکی از قوای نفس کلی علت همه تغییرات و تبدیلات و فعالیتهای عالم تحت القمر است. اخوان این قوه را که مسئول حرکت و تغییر است طبیعت می نامند. طبیعت نزد اهل علم یکی از قوای نفس کلی افلاک است که در تمام اجسام منطقه تحت القمر از کره اثیر تا مرکز زمین ساری است. اجسام دون فلک قمر دو نوع است: بسیط و مرکب. اجسام بسیط چهار نوع است: آتش و هوا و آب و خاک و اجسام مرکب سه نوع: جمادات و نباتات و حیوانات... این قوه کلیه موجودات را حرکت و سکون می بخشد و بر آنان حکومت می کند و آنان را به سوی تکامل می کشاند و هر یک را در مکانی قرار می دهد که مطابق طبع آنان باشد.
پس کلیه حوادثی که در روی زمین و تحت فلک قمر به وقوع می پیوندد از نیروی درونی اجسام سرچشمه نمی گیرد، بلکه اثر این عامل فوق عالم جسم است که آن را طبیعت می نامند، عاملی که حاکم بر تمام تغییرات جهانی و علت کلیه پدیده های طبیعی و جسمانی است که در این عالم کون و فساد مشاهده می شود.
طبیعت یکی از قوای نفس کلی
چنانکه اخوان در قسمتی دیگر از رسائل نوشته اند: «طبیعت یکی از قوای نفس کلی است که سراسر عالم تحت القمر را فرا گرفته است. در زبان شرعی نام آن ملائکه موکل است که موظف به حفظ و تدبیر جهان خلقت است به اذن خداوند متعال، و به اصطلاح فلسفی نیروی طبیعی است که با مشیت باری تعالی در اجسام فاعل است. آنانکه فعل طبیعت را انکار می کنند معنی واقعی این تسمیه را درک نکرده اند. بدان ای برادر که آنانکه منکر فعل طبیعت اند قائل برآنند که نسبت دادن هیچ فعلی به خداوند حی قادر صحیح نیست. البته این گفتار صحت دارد، لکن آنان می پندارند که خداوند حی قادر هیچ چیزی را جز به وسیله جسم بوجود نمی آورد... و نمی دانند که در حقیقت علاوه بر جسم، جوهری نامرئی و روحانی نیز وجود دارد و آن نفس است که آنان از اعراض می دانند که در اجسام پدید می آید و همان نفس است که به وسیله آن افعال و آثار در اجسام ظاهر می شود».
صاحبان رسائل برای طبیعت به عنوان یک نیروی نفسانی که منشأ آثار و افعال است اهمیت بسیار قائلند و دهریون و مادیون را همان منکران قوه طبیعت می شمارند و به خوبی به این امر آگاهند که درک علوم طبیعی مستلزم پی بردن به وجود چنین قوه ای است که عالم تحت القمر را به قوای نفس کلی پیوسته و یگانگی و اتحاد اجزای عالم را به این نحو حفظ می کند و به علاوه عالم جسمانی را تحت نفوذ عالم علوی قرار می دهد همانطور که اعضای بدن انسان تحت اراده نفس او قرار گرفته است. عالم اجسام از ماده بی روحی که بر آن حرکت و حیات عارض شده باشد ترکیب نیافته است، بلکه خود به منزله موجود زنده ای است که نیروی حیات یعنی همان قوه طبیعت سراسر آن را فرا گرفته و منشأ آثار و افعال گوناگونی است که در اجسام دیده می شود.
افلاک و عناصر
به نظر اخوان صفا و جمهور منجمان اسلامی، زمین در مرکز عالم قرار گرفته و هفت سیاره در هفت فلک متحدالمرکز در اطراف زمین حرکت می کنند. ماوراء فلک زحل فلک کواکب ثابته و ماوراء آن فلک محیط قرار دارد و طبقات نه گانه عالم به آن ختم می شود. در عالم سماوی از ترکیب صورت حرکت مستدیر افلاک با هیولی طبیعت پنجم که افلاک از آن ساخته شده بوجود آمده است. مقصود اخوان از طبیعت پنجم جوهری است دارای چنین خصائصی که «از یک طرف افلاک کون و فساد و تغییر و استحاله و زیادت و نقصان نمی پذیرد و از طرف دیگر حرکت آنان کامل یعنی حرکت دوری است».
طبیعت پنجم در نظر اخوان این فرق را با اثیر ارسطو و مشائیان اسلامی دارد که بنا به قول ارسطو و پیروان او عالم به دو بخش کاملا مشخص یعنی عالم تحت القمر و افلاک تقسیم شده، که یکی از عناصر اربعه ترکیب یافته است و دیگری از اثیر، یکی دارای چهار طبع حرارت و برودت و رطوبت و یبوست است و دیگری فاقد این طبایع، در حالی که در نظر اخوان عالم پیوسته و متحد است و جوهر افلاک در طبایع اربعه با عناصر سهیم است وگرنه بروج و سیارات نمی توانست دارای طبایعی باشد که در احکام نجوم به آنها نسبت داده شده است. این امتیاز بین دو نظریه که یکی عالم را واحد و پیوسته و دیگری منفک و مجزا در دو منطقه مشخص می بیند در سراسر قرون گذشته بین پیروان افلاطون و هرمس از یک سو و ارسطو از سوی دیگر در عالم اسلامی و مسیحی وجود داشت و می توان آن را یکی از جهات مهم امتیاز بین این دو مکتب محسوب داشت.
عناصر اربعه
مقصود از عناصر یا ارکان در نوشته های اخوان مانند سایر حکمای اسلامی البته همان چهار عنصر انباذقلس و ارسطو یعنی آتش و آب و هوا و خاک است که هر یک دارای دو طبع از طبایع اربعه است. اخوان کره عناصر را اسطقس می نامند که از لغت یونانی به معنی رکن و پایه اتخاذ شده است و به منزله پایه و اساس مرکبات شمرده می شود. از آنجا که کلیه حیوانات و جمادات از ترکیب عناصر بوجود آمده اند، طبیعت به انحاء مختلف بر روی ترکیبات عناصر اثر می گذارد و نفس کلی نفس هر نوعی را مطابق با امتزاج عناصر بر آن نوع افاضه می کند. ارکان اربعه به خودی خود قادر به ایجاد افعال و آثار نیست بلکه در مقابل قوه طبیعت کاملا منفعل و مطیع اوامر او است و طبیعت از درون و بیرون بر آنها حکومت کرده و مدبر آنهاست.