متوکل بر معتزلیان سخت گرفت. واعظان را گفت تا بر فراز منبرها عقاید معتزلیان را رد کنند. در آغاز خلافت دستور داد جنازه احمد بن نصر خزاعی را که به امر واثق کشته شد به خاک بسپارند. گفتار درباره خلق قرآن را ممنوع کرد. از بحث در قدرت که از اصول معتزلیان بود جلوگیری نمود. سختگیری او نسبت به معتزلیان به شیعه هم سرایت کرد بلکه بر شیعیان بیشتر از معتزلیان سخت گرفت. در سال 236 هـ ق دستور داد مرقد سیدالشهدا (ع) را با زمین هموار کردند و آب بر آن بست و شخم کرد. همچنین در سال 235 دستور داد که یهود و نصاری باید لباسی جز لباس مسلمانان داشته باشند. این کار پیش از او هم سابقه داشت اما چندان نسبت به آن سختگیری نمی شد. نیز دستور داد بچه های اهل کتاب به مدرسه ای نروند که زبان عربی در آن تدریس می شود.
سیوطی نوشته است چون متوکل به خلافت رسید، محدثان را به سامرا خواند و آنان را گرامی داشت و عطای فراوان بخشید و گفت حدیث صفت های باری تعالی و رؤیت او را بگویید.
ابوبکر بن ابی شیبه در جامع رصافه نشست و قریب سی هزار تن در آن جا فراهم آمدند و بر متوکل دعا کردند و او را ستودند. تا آن جا که گوینده آنان گفت خلفا سه تن بودند: ابوبکر صدیق که اهل رده را کشت، عمربن عبدالعزیز که مظالم را برداشت و متوکل که سنت را زنده کرد و جهمیه را میراند.
آنچه سیوطی نوشته اگر درست باشد، نشان دهنده قدرت فقیهان و محدثانی است که بر سنت سلف می رفتند، و افکار و آراء معتزلیان را نمی پذیرفتند، بلکه آنان را کافر می خواندند. و باز نشان می دهد که متوکل بر خلاف واثق و مأمون رعایت حسن ظاهر را نمی کرده، نیز بر شیعیان سخت می گرفته و با افکار آن مخالف بوده است.
مسعودی دوره خلافت متوکل را دوره رفاه و خوبی و آسایش و امنیت خوانده است و ظاهرا این ستایش تنها به خاطر جانبداری متوکل از فقیهان و اصحاب حدیث و بخشش او نسبت به شاعران است وگرنه از این دوره بود که آزادی بحث و دقت نظر علمی در حوزه های درسی موقوف گردید. نوشته اند متوکل از قدرت بیمناک شده بود و می خواست مرکز خلافت را به دمشق ببرد و عرب ها را به جای ترکان به کار بگمارد. هرچه بوده است دسته بندی های ترکان از یک سو و اختلاف فرزندان متوکل از سوی دیگر زمینه کشتن او را فراهم ساخت. متوکل در صدد بود منتصر را (که به خلافت پس از خود معرفی کرده بود) خلع کند. در چهارم شوال 247 هـ ق ترکان با موافقت منتصر او را به همراه وزیر مورد علاقه اش، فتح بن خاقان، کشتند. با کشته شدن متوکل دست ترکان در گماردن و یا عزل خلیفه گشوده شد و چندین خلیفه به دست آنان یا کشته شدند و یا از خلافت افتادند.
متوکل به کار ساختمان علاقه داشت. مسجدی بزرگ ساخت که منار مارپیچ آن کنار شهر سامراء معروف است. وی شهر جعفریه را به نام خود بنا نهاد. ولی از سوی دیگر مردی شراب خوار و زن باره و چنان که مسعودی نوشته، چهار هزار کنیز داشت و گویند دستور می داد جانوران زهردار را میان حاضران مجلس می افکندند و چون جانوری کسی را زخم می زد او را با مرهمی خاص درمان می کرد.
محمد بن هلال صابی (غرس النعمه) داستانی از محمد بن منصور که از جانب متوکل قضاوت اهواز را بر عهده داشته و عمربن فرج رخجی، صاحب دیوان خراج او در آن ایالت، آورده است که چون نشان دهنده تصرف مأموران دولتی در مال دیوان است نوشتن خلاصه آن را مناسب می دانم.
محمد بن منصور و رخجی نزد متوکل مرتبتی یکسان داشتند و خطاب به هر دو آنان یکسان بود. رخجی از قاضی به متوکل شکایت می کرد ولی متوکل به شکایت او ترتیب اثر نمی داد و قاضی از این کار آگاه بود. روزی نامه ای از متوکل به هر دو رسید که باید کاری خاص را انجام دهند.
قاضی به رخجی پیام داد در مسجد جامع حاضر شو! و رخجی او را به دیوان خود خواند و سرانجام قاضی مجبور شد به دیوان برود. چون به مجلس در آمد همه برای او به پا خاستند جز رخجی که بدو اعتنایی نکرد و قاضی در آخر بساط روی بوریا نشست.
چون کار پایان یافت رخجی او را گفت «تو پنداری که مقام تو با من نزد خلیفه یکسان است. من پانصد هزار هزار دینار از مال او برداشتم و از من حساب نخواست.» قاضی در همان مجلس حکمی نوشت که رخجی محکوم به پرداختن این مال به دیوان خلیفه است و رخجی می خندید و می گفت «مرا کشتی، مرا هلاک کردی.» و او می گفت «آری به خدا.» صاحب برید موضوع را متوکل نوشت و او دستور گرفتن رخجی را داد. چون رخجی خبر یافت با خدم و حشم روانه خانه قاضی شد. ولی قاضی او را به خانه راه نداد. سرانجام به وسیله یکی از اطرافیان قاضی شبانه و به طور ناشناس به خانه قاضی رفت و نزد او گریست و خواست تا حکم را لغو کند ولی قاضی گفت حکم همچون تیری است که از کمان جهد، بازگشت آن به کمان ممکن نیست.
در سال دویست و سی و پنج متوکل سرزمین های اسلامی را که بر آن ها حکومت داشت میان سه فرزند خود منتصر، معتز و مؤید قسمت کرد. این تقسیم که به ظاهر کاری ساده می نمود، مشکل هایی را به بار آورد که سرانجام به کشته شدن او منتهی گردید. از جمله حادثه هایی که در خلافت او پدید آمد آن بود که: به سال دویست و سی و پنج، مردی در سامرا به نام محمود بن فرج نیشابوری که خود را ذوالقرنین می پنداشت ظاهر شد و بیست و هفت تن او را پیروی کردند و دو تن از یاران او در باب العامه بغداد و دو تن در جانب غربی آن شهر برخاستند. محمود و یاران او را گرفتند و نزد متوکل آوردند و تازیانه زدند. محمود می پنداشت جبرئیل بدو وحی می رساند و مصحفی گرد آورده بود که می گفت قرآن است.
حادثه دیگر این که طبری در حوادث سال دویست و سی و هفت نوشته است:
در این سال متوکل بر احمد ابی دؤاد خشمگین شد و گفت تا آب و ملک او را ضبط کنند و در سوم ربیع الاول این سال پسران او را زندانی کرد و مال فراوانی از آنان گرفت و احمد را که فلج شده بود از قضاوت برداشت و یحیی بن اکثم را قضاوت ناحیه شرقی بغداد و سوار بن عبدالله را قضاوت ناحیت غربی آن شهر داد و یک چشم هر دو قاضی کور بود. یکی از شاعران به نام جماز درباره آنان چنین سروده است:
دو قاضی را دیدم که از بزرگان و احدوثه دو عالم بودند.
آنان چنان که قضاوت را دو نیم کردند، کوری را نیز دو قسمت نمودند...
متوکل در میان عباسیان به کینه توزی با خاندان پیغمبر مشهور بود، مخصوصا امیر مؤمنان (ع) و خاندان او را سخت دشمن می داشت و هر کس را که دوست آن امام بود می کشت و مال او را می گرفت. او را بازیگری مخنث به نام عباده بود. وی بالشی بر شکم خود می بست و سرش را که بی مو بود برهنه می کرد و در حضور متوکل می رقصید و آواز خوانان می خواندند «اصلع بطین خلیفه مسلمین» آمد مقصودشان علی (ع) بود و متوکل شراب می خورد و می خندید. روزی که منتصر پسرش در مجلس او حاضر بود عباده چنان کرد. منتصر وی را تهدید کرد و او خاموش ماند. متوکل پرسید «چرا خاموش شدی.»
منتصر گفت «ای امیر مؤمنان آن که این مرد خود را بدو همانند کرده پسرعموی تو و شیخ خانواده تو و موجب فخر تو است.» متوکل آواز خوانان را گفت تا شعری که مضمون آن دشنام به منتصر است برخواندند. آن بیت موجب شد که منتصر در پی کشتن او برخیزد. گفته اند متوکل، مأمون، معتصم و واثق را که دوست علی (ع) و خاندان او به شمار می رفتند دشمن می داشت و ندیمان و همنشینان خود را از کسانی که به بعض اهل بیت شناخته بودند برمی گزید و آنان او را از علویان می ترساندند و از او می خواستند از آنان رو برگرداند و تبعیدشان کند و بدرفتاری نماید.