هرچند برایند کلی اندیشه ها کیسانیان به غالیان نزدیکتر است، اما ریشه های برخی از آموزه های شیعی و پاره ای از مفرداتی را که ویژه شیعه است باید در اندیشه همین گروه که خود نخستین یا از نخستین گروههای شیعه است جست. با این مقدمه، اصول کلی اندیشه کیسانیه- چونانکه منابع فرقه شناختی آورده اند – از این قرار است:
1- مهدویت: هرچند نمی توان اندیشه مهدویت و ظهور موعود را ابتکار کیسانیه دانست و باید ریشه های این اندیشه را در دوران آغازین اسلام و در منابع بنیادین ترین چون سنت نبوی یافت، اما دست کم این اندازه می توان گفت که در جامعه کیسانیان برای نخستین بار عنوان «مهدی» بر کسی انطباق داده شد و این مهدی کسی جز محمد بن حنفیه نبود. چنین است که ابن حنیفه را نخستین مهدی در اسلام دانسته اند، چونانکه پاره ای از منابع تاریخی نیز در بردارنده روایتهایی حاکی از مهدی دانستن او از سوی دیگران یا پذیرش این عنوان از سوی خود اوست. برای نمونه ابن سعد در این باره دو روایت می آورد: یکی از این روایتها از ابو عوانه به نقل از ابوحمزه است و از آن خبر می دهد که بر محمد بن حنفیه با عبارت «السلام علیک یا مهدی» سلام می کردند و او نیز می گفت: آری، من مهدی هستم.... روایت دیگر نیز از آن حکایت دارد که مردی در خراسان چون از وی درباره محمد بن حنفیه پرسید و ماجرای دیدار خود را با او شرح کرد و گفت: من به او گفتم «السلام علیک یا مهدی». بغدادی هم روایت می کند که عامر بن وائله کنانی از یاران محمد بن حنفیه به هنگامی که او به شام می رفت پیشاپیش وی حرکت می کرد و شعری می خواند که در آن از ابن حنفیه با عنوان مهدی یاد می شد. در شعر کثیربن عبدالرحمن هم از ابن حنیفه به عنوان امام غایب یاد می شود و از این سخن به میان می آید که او در کوه رضوی از دیدگاه پنهان شده و نزد او آب و عسل است. در برخی از منابع فرقه شناختی نیز آمده است که از دیدگاه سید حمیری، محمد بن حنفیه در کوه رضوی است و در آنجا یک شیر و یک ببر از او نگهبانی می کنند و نزد وی دو چشمه جوشان آب و عسل است و او پس از دوره ای غیبت باز خواهد گشت و جهان را که از ستم پر شده است از عدل و داد پرخواهد کرد. به هر روی، صرف نظر از تردیدی که در صحت خشنودی محمد بن حنفیه از نامیده شدن به این لقب وجود دارد این نکته تا اندازه ای روشن است که دست کم انطباق عنوان مهدی بر محمد بن حنفیه در گسترش تبلیغاتی که برای او یا با سوء استفاده از نام و عنوان او انجام می پذیرفته به کار می آمده است، چونانکه عباسیان از همین عنوان در کنار عنوان «خشنودی خاندان محمد صلی الله علیه وآله» و نیز انطباق اخبار حاکی از ظهور پرچمهای سیاه در شرق و در دعوت به دین، بر جنبش ابومسلم و طرفدارانش در این سرزمین، بهره جستند. هرچند ابن حنیفه نخستین مهدی در اسلام و به دیگر سخن نخستین کسی بود که عنوان مهدی را بر او انطباق دادند، اما پس از وی نیز این عنوان خواه از سوی کیسانیان و خواه از سوی زیدیان درباره کسان دیگر به کار رفت و شمار قابل توجهی از شخصیتها یا رهبران جنبشهای شیعی «مهدی» نامیده شدند.
2- بداء: هر چند از دیدگاه شیعه نظریه بداء دیرینه ای بسیار دارد، اما در روایت منابع فرقه شناختی، این نظریه به مختار نسبت داده شده است. دلیل گرویدن مختار به این نظریه یا طرح این نظریه از سوی او را نیز بدان بازگردانده اند که گاه درباره آینده پیش بینیهایی می کرده و چون این پیش بینیها به وقوع نمی پیوسته اظهار می داشته است که خداوند در این بار بداء کرد، یعنی چیزی را بر خلاف آنچه به مصلحتی برخلاف آن خبر داده بود را تحقق و عینیت بخشید، با این تفاوت که همان انجام یافته نهایی یعنی چیزی که پیشتر خبری خلاف آن رسیده، اراده راستین خداوند بوده است. البته، در برخی از دیگر منابع این نظریه نه به کیسانیه، بلکه به سبئیه نسبت داده شد یا از این نظریه به عنوان نظریه عمومی بخشی از رافضیان – که در گزارش صاحبان ملل و نحل عنوانی برای شیعیان و عمدتا شیعه امامیه است- سخن به میان می آید. همین گزارشها مستند آن قرار گرفته است که نشار به تبرئه مختار از اندیشه بداء بپردازد و اظهار بدارد که «مختار به این حیله ها پناه نبرد، هرچند اندیشه بداء در دوره او عملا در جامعه کوفه و به دست پیروان وی آشکار شده بود.»
3- آگاهی از اسرار غیب و علم مستودع: ظاهرا شهرستانی یگانه کس یا یکی از معدود کسانی است که از «علم مستودع» نزد امام از دیدگاه کیسانیه سخن به میان آورده است. او پس از ستودن محمد بن حنفیه به اینکه دانشی سرشار و اندیشه ای روشن و پیش بینیهایی درست از آینده داشت و امیرمومنان علیه السلام او را از احوال فتنه های آینده روزگار آگاهانیده بود می افزاید: گفته اند «او علم مستودع امامت را در اختیار داشت تا آنکه این امامت را به صاحبش رساند.» شهرستانی در ادامه، عقیده پیروان ابوهاشم را نیز درباره او چنین گزارش می کند: «محمد بن حنفیه اسرار علوم را به ابوهاشم سپرده و او را از شیوه های انطباق آفاق بر انفس و همسان کردن تنزیل و تأویل و ترسیم کردن ظاهر بر باطن آگاهانیده است .آنان گفتند: هر ظاهری را باطنی، هر شخصی را روحی و هر تنزیلی را تأویلی است و هر مثالی را که در این عالم است حقیقتی در عالم دیگر نیز هست، و همه آن حکمتها و رازهایی که در آفاق گسترده است در انسانی مشخص گرد می آید. این همان دانش مستأثر است که علی علیه السلام آن را تنها به فرزند خویش محمد بن حنفیه جایگزین ساخت و وی نیز همین راز را به فرزند خود ابوهاشم سپرد و هر کس این دانش در او گرد آید همو امام حق است.» هرچند شاید این یگانه روایت برای داوری یاد شده شهرستانی بسنده نکند، اما توجه به حقیقت تاریخی غالیان، خود گواهی دیگر بر درستی گزارش وی در مورد عقیده کیسانیان به علم مستودع خواهد بود، چه، در روزگار مختار غالیان به عنوان یک نیروی فعال در کوفه حضور داشتند و میان آنها و کیسانیان نیز روابط خوبی برقرار بود و چونانکه پیشتر پگذشت مختار هم سیاست نزدیکی به این گروه را تعقیب می کرد. تکذیب علم ویژه از سوی محمد بن حنفیه نیز، خود گواهی دیگر است، چه آنکه به روایت ابن سعد، محمد بن حنفیه چون می شنود مردم می گویند نزد این خاندان بهره ای ویژه از علم است می گوید: به خداوند سوگند، ما چیزی جز آنچه میان این دو لوح است از پیامبر صلی الله علیه و آله ارث نبرده ایم. سرانجام، گواه دیگر نیز آنکه شرایط احساسی پس از حادثه عاشورا و روزگاری که شیعیان نسبت به آنچه رخ داده بود خود را مقصر می دیدند و سخت پشیمان بودند و روزگاری که از جنگ فرشتگان سوار بر اسبان ابلق و در کنار خونخواهان امام علیه السلام، و نیز کبوترهای سفید که در آسمان ظاهر می شوند و فرشتگان الهی هستند، سخن به میان می آید و چنین اساطیری بر زبان مردم است، شرایطی مناسب برای طرح اندیشه ها و نظریه های غلو آمیز بوده است. این نیز پنهان نمانده که اصولا دعوی آگاهی از غیب برای رهبران، البته نه از سوی خود آنها بلکه از سوی پیروان غلو کننده امری طبیعی است و این نوع از زیاده انگاری درباره رهبران، آن اندازه دامنه ای گسترده یافته که حتی برخی از رهبران سیاسی را هم که معمولا از آنان در ردیف پیشوایان معنوی و رهبران فکری یاد نمی شود در برگرفته است. برای نمونه یحیی بن اکثم برای مأمون مدعی افزوده شدن علم غیب به کمالهای او می شود و البته مأمون نیز این امر را تکذیب می کند. به هر روی از سه اندیشه مهدویت، بداء و علم مستودع که بگذریم اندیشه های دیگری نیز به کیسانیه نسبت داده شده که شایسته است بدانها هم نظری افکنده شود.
4- حلول و تناسخ: به بخشی از این گروه نسبت می دهند که به حلول روح الهی در اشخاص و انتقال این روح از امام به جانشین او عقیده داشتند و می گفتند: «امامت در علی علیه السلام، سپس حسن علیه السلام، سپس حسین علیه السلام و سپس در ابن حنفیه جریان یافته و معنی این سخن آن است که روح خدا در پیامبر صلی الله علیه و آله قرار گرفته، روح پیامبر صلی الله علیه و آله به کالبد علی علیه السلام در آمده، روح علی علیه السلام به حسن علیه السلام در آمده، روح حسن علیه السلام به حسین علیه السلام در آمده، و روح حسین علیه السلام به محمد بن حنفیه در آمده، روح ابن حنفیه به ابوهاشم در آمده و روح ابوهاشم در عبدالله بن عمرو بن حرب قرار گرفته است و تا خروج محمد بن حنفیه از دره همو امام است.»
5-دعوی نبوت: به مختار نسبت داده شده – و این نسبت در مورد کسانی دیگر از کیسانیان نیز تکرار شده- است که دعوی نبوت کرد و سخنانی سجع آمیز بدین ادعا که وحی است بر زبان آورد. بغدادی این دعوی را به مختار نسبت می دهد و سبب آن را فشار و نیرنگ سبئیه می داند و مدعی می شود به همین سبب مردم کوفه بر مختار شوریدند.
6- باطنی گرایی: همچنین به کیسانیان نسبت داده شده است که معتقد بودند: «دین عبارت از فرمانبری از یک انسان – یعنی امام – است، تا جایی که این عقیده آنان را به تأویل ارکان شرع یعنی نماز، روزه، زکات و حج و جز آن بر افراد و اشخاص کشاند و برخی را نیز بدان واداشت که پس از رسیدن به مرتبه فرمانبری از یک انسان مسائل شرعی را واگذارند، برخی را نیز به سستی عقیده نسبت به قیامت کشاند و برخی را به عقیده به تناسخ و حلول و رجعت پس از مرگ وادار ساخت.»
این برایند کلی از اندیشه های بنیاد دینی است که به کیسانیه نسبت داده شده است و در این میان نکته شایسته یادآوری نیز آن است که اینها همه به گزارشهایی استناد دارد که مخالفان کیسانیه به دست داده اند، خواه این مخالفان از اهل سنت باشند و خواه از فرقه دیگر شیعه یعنی امامیه، چرا که از منابع مستقیم عقاید کیسانیان- تا جایی که نگارنده اطلاع دارد- چیزی در اختیار نیست و آنچه هست و داوریها نیز بدان تکیه می زند یا روایتهای تاریخی است که بیشتر آنها را مولفان اهل سنت نقل کرده اند و یا گزارشهای منابع فرقه شناختی که بخشی از آنها از مولفان سنی مذهب و شماری هم از مولفان امامی مذهب است. در این میان بویژه درباره سه گزارش اخیر یعنی تناسخ و حلول، دعوی نبوت و باطنی گرایی تردید وجود دارد و احتمال گزیده تر آن است که «این اندیشه ها نه در روزگار محمد بن حنفیه رخ نموده و نه مختار از آنها خبری داشته است.» بلکه این اندیشه ها یا در فرایند تکامل مذهب و در دوره های متأخر مطرح شده و یا اساسا بر ساخته دشمنان و مخالفان است و «بیشتر این نسبتها همان گونه که یکی از محققین نیز اشاره کرده بعد از مرگ مختار به او نسبت داده شده است.»