چیرگی مغولان بر بغداد در سال 656ق./ 1258م. و بر افتادن حکومت عباسی بغداد، آغاز دوره ای جدید در تاریخ تحولات شرق به شمار می رود. فتح بغداد و رخدادهای پسین و پیشین آن با نام دو شخصیت شیعی یعنی خواجه نصیرالدین طوسی و ابن علقمی وزیر همراه است، و نقش این دو در آن روزگار آن اندازه است که برخی اساسا شیعیان را به رهبری خواجه نصیر، یکی از عوامل تحریک کننده مغولان در استیلای بر بغداد و برافکندن بنیاد عباسیان دانسته اند. صرف نظر از درستی یا نادرستی این اتهام، این نکته به خوبی پیداست که هرچند در آغاز حمله مغولان به بغداد اماکن شیعی و سنی هر دو آسیب دیدند و حتی خواجه نصیر نیز زمانی هدف بی مهری بود، اما عناصر شیعی توانستند پیش از عناصر سنی در دوره مغولان فرصتهایی برای فعالیت به دست آورند و یا خود را از قرار گرفتن در معرض آسیبهای جدی برهانند، چنان که خواجه نصیرالدین طوسی نزد خان مغول محبوبیت یافت و کارهایی چند از قبیل اوقاف، امور شهر طوس، سمت یارغوجی، که محکمه قضایی مغولان بود، و نیز، رصدخانه مراغه به او واگذار گردید و کار خواجه آن اندازه بالا گرفت که پس از مرگ هولاکو در 663ق./1265م. جانشین او اباقاآن با کوشش خواجه به قدرت رسید. در دوره های بعد نیز همچنان شیعیان و عالمان شیعی کما بیش مورد احترام بودند، چنان که غازان خان پس از اسلام آوردن در سال 644ق./1295م. و به هنگام دیدار از عراق در سالهای 696ق./ 1296م. و 698ق./ 1298 م. به طور خاص به حله – شهری که داوطلباته تسلیم شده و در آن روزگاران اندیشه شیعی بود- رفت و مرقد امامان شیعه را در نجف و کربلا زیادت کرد و دستور داد در شمال حله نهری بسازند. این نهر همان است که بعدها نهر غازانی نام گرفت. پس از غاران، آن نیز در روزگار فرمانروایی سلطان محمد خدابنده و به سال 709ق./ 1309م. در حوزه فرمانروایی او تشیع، مذهب رسمی اعلام شد، و در همین دوره بود که فقیه بزرگ شیعه جمال الدین حسن بن یوسف بن مطهر حلی مشهور به علامه حلی – و همو که تجرید خواجه را شرح کرد- به دربار سلطان محمد خدابنده رفت و دو کتاب خود یعنی نهج الحق و کشف الصدق و نیز منهاج الکرامه فی اثبات الامامه را به نام این پادشاه و در نشر معارف تشیع نوشت و از آن پس دیگر بار به حله بازگشت. به هر روی، دوران معاصر سقوط بغداد و ظهور ایلخانان برای شیعه دوراه ای همراه با شکوفایی بود و کانون دانش شیعی در این دوره نیز شهر حله، و در دوره بعد شهر حلب در شام بود.
از حله عالمان بزرگی برخاستند که سیدبن طاووس (د.662ق.)، نجم الدین جعفر بن حسن حلی مشهور به محقق حلی ( د.676ق.)، حسن بن یوسف بن مطهر مشهور به علامه حلی (د. 726ق.) از آن جمله اند. علی بن عیسی اربلی نیز از دیگر شخصیتهای این دوره است که تفکری میانه را دنبال می کند. شاید همین نوع از تفکر میانه در آن روزگار زمینه پیوند فکری سنیان و شیعیان و اثرگذاری اندیشه شیعی بر اهل سنت را در این دوره فراهم ساخته، و پدیده هایی چون پیوند ابن فوطی حنبلی مذهب با اربلی و کسانی از آل طاووس، وجود عالمانی از مذاهب مختلف در پیرامون خواجه نصیرالدین طوسی، اظهار علاقه برخی از عالمان شافعی مذهب به مدفون شدن در مشهد امام کاظم علیه السلام، گواههایی بر این رویکرد دینی در روزگار آمیخته به تسامح دینی ایلخانی هستند.
نکته دیگری که درباره این دوره نباید از نظر دور داشت آمیخته شدن علم کلام شیعی با فلسفه ابن سینا، اشراق سهرودی و تصوف ابن عربی و بویژه ظهور رویکرد صوفیانه در اندیشه کلامی است و کسانی چون ابن میثم بحرانی (د. 679ق./ 1280م.)، رجب بن محمد برسی ( در حدود 774ق./ 1372م.)، سیدحیدر آملی (پس از 794ق./1392م.)، صائدالدین بن ترکه ( د. 830ق./ 1427م.)، ابن ابی جمهور احسائی ( د. حدود 901ق./ 1495م.) از جمله نمایندگان این رویکرد هستند. این نسل، خود، سلف چهره های معروف عرفان و تصوف هستند که در دوران صفوی ظهور کردند.
سرانجام آخرین نکته درباره این دوره آنکه در منطقه شام گروههایی از شیعیان معتدل، در میان گروههای غالی شیعه و جماعتهای تندرو اهل سنت، در مناطق محصور چون جبع و میس از توابع منطقه جبل عامل و نیز در مناطقی چون کرک اقامت گزیدند، و در همین منطقه بود که شخصیتهایی چون محمدبن مکی جزینی عاملی مشهور به شهید اول ( د. 786ق./ 1384م.) و زین الدین بن علی بن احمد جبعی عاملی مشهور به شهید ثانی ( د. 966م. / 1559م.) برخاستند و به نشر دانش شیعی همت گماشتند. به هر روی، شیعه پس از پشت سر گذاشتن دوره ایلخانان مغول و پس از آن دوره تیموریان و با برخورداری از موقعیتهایی مناسب در این دوران، و در شرایطی که آمیخته ای از کلام شیعی و عرفان و تصوف را پشتوانه اندیشه خود قرار داده و از دیگر سوی رویکردی دوازده امامی نیز در میان سنیان و در کنار خود می یافت، به دورانی گام نهاد که آغاز رسمیت یافتن شیعه دوازده امامی به صورت گسترده بود.