تعارض و درگیری میان علم و دین سبب شد تا حریم دین شکسته شود و راه را برای انتقادات و ایجاد شک و تردیدها بسوی معارف دینی باز کند، به همین جهت با اینکه بسیاری از منتقدان و اصلاح طلبان مانند ولتر و دیگران بدنبال دین زدایی از جامعه نبودند، بلکه بدنبال پالایش افکار و اعتقادات دینی و پیرایش آنها از مسائل فراخی بودند، از این رو درگیری آنها با کلیسا که به نظر آنها چهره دین را مشوش نموده بود، می باشد. اما در عین حال این عمل باعث شد تا نسل بعدی به آسانی دین را کنار گذاشته و عملا هیچ جایگاهی برای دین در شئون اجتماعی قائل نباشند.
ارنست کاسیرر در این رابطه می نویسد: «در نوشته ها و نامه های خویش از تکرار غریو جنگ دیرینه خود هرگز خسته نمی شد «این ننگ را بزداییم» گرچه وی قید می کند که مبارزه اش نه با ایمان بلکه با خرافات، نه با دین بلکه با کلیساست، ولی نسل بعدی که ولتر را رهبر معنوی خود می شناخت، دیگر به این تمایز توجهی نداشت» (ارنست کاسیرر، فلسفه روشنگری، صفحه 210). و به همین جهت می بینیم که بارون هولباخ (1789-1723) فیلسوف فرانسوی در کتاب خود با طرح کیفرخواستی بر علیه دین با تصریح به این موضوع که: «دین در حالی که به مردمان می آموزد که از ستمگران نامرئی بترسند و در برابر زورگویان زمینی برده و زبون باشند، همه نیروی آنان برای شکل بخشیدن به سرنوشتشان را نیز در نطفه خفه می کند» (همان، صفحه 210). و دیدرو پا را از این فراتر گذاشته، از زبان طبیعت خطاب به انسان می گوید: «ای برده خرافات بیهوده خوشبختی خود را فراسوی مرزهای این جهان که تو را در آن جای داده ام جست و جو مکن، شجاع باش و خود را از یوغ دین این رقیب گردنکش من، که حقوق مرا نمی شناسد آزاد کن، خدایانی که قدرت را غصب کرده اند دور افکن و به قوانین من باز گرد، به طبیعت که از آن گریخته ای باز گرد، طبیعت تو را دلداری می دهد و همه ترسهایی که تو را می آزارند، از میان می برد، خود را دوباره به طبیعت به انسانیت و به خویشتن واگذار کن، در این صورت در می یابی که مسیر زندگی ات گلباران شده است» (همان، صفحه 211).
با رشد روز افزون افكار ضد دینی بعد از رنسانس در غرب، جوامع اسلامی نیز از این خطر محفوظ نمانده، و مدعیان روشنفكری در جوامع اسلامی خواسته و ناخواسته به ترویج این آراء و نظریات در كشورهای اسلامی پرداختند. دو مورد آن در مصر و ایران عبارتند از :
شبلی شمیل در مصر
به عنوان مثال از طرفداران سرسخت این تفكر در مصر می توان شبلی شمیل را نام برد كه به تقلید از روحیه كلی حاكم بر محیط روشنفكری اروپا در قرن نوزدهم، به علم ایمانی بی پایان داشت و آنرا موثرترین چاره مشكلات اجتماعی شمرد، پیوسته مصریان و همه مسلمانان را سرزنش می كرد كه قرنها در بند معارف ادبی و علوم نظری، و به گفته خودش علوم كلامیه مانده اند، و آنان را به فرا گرفتن علوم دقیقتر فرا می خواند، از میان فرضیات علمی شیفته آراء داروین و مشرب تطور بود و در بسیاری از مقالاتش مسائل اجتماعی را نیز از همین دیدگاه بررسی می كرد (حمید عنایت، سیری در اندیشه سیاسی عرب، صفحه 47). شمیل مانند بسیاری از اصلاح طلبان عصر خود كه راه نجات كشور مصر را از مشكلات سیاسی، فرهنگی و … در این می دید كه دین از عرصه اجتماع عقب رانده شود و قوانین اجتماعی كه بدست خود انسانها وضع شود جای هر گونه قوانین دینی را بگیرد.
تا بدینوسیله بتوان آن همبستگی و اتحاد لازم را در جامعه بوجود آورد و جلوی هر نوع تخاصم و درگیری را گرفت و امنیت و آرامش را به جامعه ارزانی داشت و به گفته هشام شرابی، استاد تاریخ و پژوهشگر مركز مطالعات استراتژیك و بین المللی دانشگاه جورج تاون: «شمیل نیز ماوراءالطبیعه را از جهان بینی اجتماعی حذف كرد. او معتقد بود جامعه مانند طبیعت است، قوانین عقلی قابل تعریفی بر آن حاكم اند، و هر گونه اشاره به حاكمیت ماوراءالطبیعه گمراه كننده است… شمیل به اندیشه حقوق طبیعی نزدیك شد، خود را از هر مفهوم بویژه دینی جدا كرد» (هشام شرابی، روشنفكران عرب و غرب، ترجمه عبدالرحمن عالم، صفحه 87). و به قول نویسنده كتاب سیری در اندیشه سیاسی عرب : «آرزوی شمیل آن بود كه به جای دین یا بهتر بگوییم حكومت روحانیون، آیینی بتوان یافت كه مایه همكاری و یگانگی اجتماعی شود. ناسیونالیسم و مسلك قومیت به نظر او چنین آیینی بود و همه مصریان را از مسلمانان و قبط و یهود و مهجر سوری و … با هم یگانه می كرد، ولی شمیل می گفت كه گاه تعصب ملی بهمان اندازه خرافه های مذهبی مایه نفاق می شود، از اینرو ناسیونالیسم باید بتدریج جایی خود را به مسلك برادری بین المللی انتر ناسیونالیسم و جهانشهری بدهد» (سیری در اندیشه سیاسی عرب، صفحه 53).
ثمره چنین تفكر و اندیشه ای باعث شد كه در سال 1909 میلادی كه سخن از تمدید امتیاز كانال سوئز بمدت شصت سال دیگر به میان آید، با آنكه شورای قانونگذاری مصر با آن به مخالفت بر می خیزد، اما شمیل كه در خواب و خیال جهانشهری سیر می كند با پشتیبانی از واگذاری این امتیاز چنین استدلال می كند كه پیشرفت علوم به پیروی از آن، پیشرفت اجتماعی در روزگار ما تندتر از هر زمان دیگر روی می دهد، و به همین جهت مفهوم وطن نیز در حال دگرگونی است و بزودی سراسر جهان را در برخواهد گرفت، در ظرف مدت شصت سالی كه موضوع دعواست جهان چنان دگرگون خواهد شد كه تصورش ممكن نیست، و در پایان آن كانال به همان اندازه به مصر تعلق خواهد داشت كه به چین یا آمریكا، پس بهتر تا زمان از دست نرفته، مصر حق موجود را فدای حق موهوم نكند و با شركت كانال سوئز در سازش در آید.
میرزا ملكم خان در ایران
در ایران نیز تعارض علم و دین در قالب تجدد و نواندیشی و به اصطلاح اصلاح طلبی خود را نشان می دهد طرفداران این اندیشه وارداتی كه میرزا ملكم خان را می توان بعنوان چهره تمام عیار این گروه معرفی كرد، معتقد بودند كه اسلام نیز مانند مسیحیت به نوعی پروتستانسیم نیاز دارد و برای ایجاد چنین اصلاحاتی در دین اسلام، مارتین لوتری باید پا در میدان گذاشته، تا بتواند دین و مذهب را از خرافات زدوده و شكل حقیقی و واقعی دین را به مردم بشناساند و دست واسطه ها را از سر دین كوتاه نماید. و همانگونه كه شارل مسمر روزنامه نگار فرانسوی در سال 1862 میلادی اظهار می دارد، میرزا ملكم خان، با چنین اندیشه ای پا در میدان گذاشت زیرا كه در نظر وی اسلام تنها یك مذهب نبوده بلكه سیستم كامل یك سازمان اجتماعی می باشد، كه همگام كردن آن با تمدن، از ریشه كن كردن آن آسانتر است. طرح وی شامل یك رنسانس اسلامی شبیه به رنسانس مسیحیت كه اصلاحات لوتر را با خود به همراه آورده بود و به منظور اجرای نقشه خود خویشتن را به صورت مدافع مذهبی كه از قرآن ناشی می شود در آورد (حامد الگار، میرزا ملكم خان، ترجمه جهانگیر عظیما و مجید تفرشی، صفحه 8).
خود میرزا ملكم خان نیز در خطاب به بلنت سیاستمدار انگلیسی با تصریح به این موضوع می گوید: «من تشخیص دادم كه باید عقاید اومانیستی غرب را در لفافه اسلام مطرح كنم تا قابل قبول باشد» و در تبیین این معنی به بلنت می گوید : «در محافل خصوصی همیشه از لزوم پیرایشگری اسلام سخن می گفتم» (علی اكبر ابراهیمی بشكانی، تاراج هستی، صفحه 101). بر اساس چنین اندیشه ای است كه ملكم خان با تاسیس مجمع آدمیت و آنرا نشانه ای از تجلی دولت حقه امام زمان (عج) دانستن در روزنامه قانون شماره پنجم در تعریف این مجمع می نویسد : «اصول آدمیت به طوری مطابق اسلام و به قسمی مناسب دردهای حالیه ایران است كه هر مسلمان با شعور به محض اینكه از حقایق آدمیت بویی می شنود بی اختیار خود را به این دایره می اندازد. اگر چنین نكند دشمن اسلام، منكر خدا كورترین حیوان دنیاست» (حامد الگار، میرزا ملكم خان، صفحه 240).
ملكم با اعتقاد به اینكه نه تنها باید از دین بعنوان ابزار اصلاحگری برای رسیدن به اصلاحات غربی استفاده كرد بلكه با ایجاد شكاكیت و رواج آن در میان جامعه پایه ها و بنیانهای دینی را سست نموده، و جامعه را بدون درگیری و ایجاد حساسیت نسبت به ارزشهای دینی به سمت بی دینی كشاند و ریشه دین را از درون خشكانید. از اینرو به نظر وی راهی را كه میرزا فتحعلی آخوندزاده در حمله رویاروی به اصول مذهبی برگزیده بود راهی پسندیده نیست، زیرا نه تنها باعث سست شدن پایه های اعتقادی افراد نسبت به مذهب نمی گردد، بلكه سبب خصومت و در نتیجه مقاومت نسبت به اندیشه منادیان ضد دین از خود نشان داده، و اعتقادات آنها را قوی تر می سازد. به همین جهت وی بر خلاف میرزا فتحعلی با ایجاد شكاكیت نسبت به باورهای دینی از قبیل اینكه «آیا خداوند برای مدتی طولانی خوابیده بود و بعد بیدار شد دید كه دنیای او را ادیان باطله ملوث كرده اند آنوقت به فكر فرستادن حضرت موسی و دیگر رفقایش افتاد» (همان، صفحه 102)؛ ملكم با توجه به اینكه اگر قرار است بتوان آنچه را كه در اروپا بعد از رنسانس اتفاق افتاد در ایران و دیگر كشورهای اسلامی محقق ساخت، باید در لفافه دین آنرا پیچیده و به خورد جامعه داد، در سخنرانی كه در فوریه 1891 میلادی در چلسی در خانه كشیشی بنام هرهاویس با تصریح به این مطلب می گوید: «به شما اطمینان می دهم كه همین پیشرفت مختصری كه در ایران و تركیه بخصوص در ایران تحقق یافته، نتیجه این واقعیت است كه افرادی كه عقاید و اصول شما اروپائیان را بكار برده اند، به جای اینكه بگویند منبع آن عقاید اروپاست، یا از انگلستان، فرانسه یا آلمان آمده، گفته اند ما با اروپائیان كاری نداریم آن افكار و اصول حقیقی دین خود ما می باشد كه فرنگیان از ما اخذ كرده اند و این شیوه تاثیر بسیار شگفتی داشته است» (همان، صفحه 188).
اما از آنجائیکه نفوذ دین در اعماق باطن انسانها، که برگرفته از فطرت است چنان نیرومند و قوی است، که هرگونه تلاشی را که مخالفان و معاندان دین چه در غرب و چه در شرق بکار گرفتند تا بتوانند بساط دین را از صحنه عالم برچینند، نه تنها موفقیت چشم گیری نصیب آنها نشد، بلکه حتی در کشوری مانند آمریکا همانگونه که فوریو کلمبو نویسنده کتاب خدا در آمریکا با بیان اینکه امروزه گروههایی در غالب مسیحیت نوین در این کشور شکل گرفته که زیر بنای افکار سیاسی و اجتماعی آنها عبارتست از: «حکومت به هیچ روی حق ندارد در خصوص مسائل دین بی طرف بماند. قانون باید در بستر دین جریان یابد و از آن ملهم باشد؛ زیرا هر یک از این دو، بخشی از اراده و خواست خداوند هستند، نه حکومت می تواند بی طرف بماند و نه قانون؛ از این رو یا باید جلوه ای از اراده خداوند باشند یا خلاف خواست او حرکت کنند» (فوریو کلمبو، خدا در آمریکا، ترجمه محمد بقائی، صفحه 237-236).
جهان غرب دین علم جامعه شناسی اصلاح طلبی تفکر تاریخ کشورهای اسلامی دانشمندان