دوره خلافت کوتاه امیرالمؤمنین پر از فتنه و آشوب بود و در یک جریان بحرانی عظیم در کشور اسلامی بود که امیرالمؤمنین زمام امور را به دست گرفت. تخمهای فتنه و آشوب از سالها پیش کاشته شده بود، روزگار آبستن حوادث ناگواری بود که نوبت خلافت به علی (ع) رسید. امیرالمؤمنین با کرامت و توجه به سختیها زمامداری را قبول کرد. وقتی عثمان کشته شد این کشته شدن منشأ فتنه ها و آشوبهای دیگری شد، افراد ماجراجو و منفعت طلب که دنبال فرصت و بهانه می گشتند، خون عثمان را بهانه فتنه انگیزی قرار دادند و از طرف دیگر عامه مردم جز علی (ع) کسی را نمی خواستند و حتی در زندگی عثمان عده ای می گفتند علی باید زمام امور را به دست بگیرد.
روی همین جهت عثمان از حضرت خواهش کرد که مدتی مدینه را ترک کند و در خارج مدینه در ینبع بسر ببرد که مردم او را نبینند و او را فراموش کنند. حضرت قبول کرد. بعد دو مرتبه خود عثمان حضرت را احضار کرد، چون دید یگانه کسی که می تواند مردم را نصیحت کند و بین او و مردم سفیر باشد و مردم به او اعتماد دارند آن حضرت است.
باز هم حضرت قبول کرد و آمد، مکرر اعتراضات و خواسته های مردم را به عثمان می گفت و جواب می گرفت و مکرر پیشنهادهای خیرخواهانه ای به عثمان کرد که اگر قبول می کرد کشته نمی شد، ابتدا قبول می کرد و بعد اطرافیان فاسدش رأیش را می زدند، تنها نائله زن عثمان بود که به او می گفت حرف کسی غیر از علی بن ابیطالب را قبول نکن، ولی مروان حکم و دیگران که دور عثمان را گرفته بودند بر افکار او تسلط داشتند و نمی گذاشتند پیشنهاد امیرالمؤمنین را بپذیرد.
بار دیگر عثمان دید مردم که علی را می بینند زمزمه زمامداری آن حضرت را می کنند. باز هم به وسیله عبدالله ابن عباس برای آن حضرت پیغام فرستاد و خواهش کرد که از مدینه خارج شود، این بود که حضرت با عبدالله بن عباس از این روش عثمان که یک روز می گوید از مدینه خارج شو و یک روز می گوید برگرد شکایت می کند و می فرماید: «یا ابن عباس، ما یرید عثمان الا ان یجعلنی جملا ناضحا بالغرب: اقبل و ادبر! بعث الی ان اخرج، ثم بعث الی ان اقدم، ثم هو الان یبعث الی ان اخرج! والله لقد دفعت عنه حتی خشیت ان اکون اثما؛ ای پسر عباس، عثمان فقط می خواهد، مرا مثل شتر آبکشی که با دلو بزرگ آب می کشد و زراعتی را سیراب می سازد و پیوسته در رفت و آمد است در آورد، هی می گوید: بیا، برو! یک بار برایم پیام فرستاد که از مدینه بیرون روم، سپس پیام فرستاد که بیایم، و باز اکنون پیام می فرستد که بیرون روم! به خدا سوگند به اندازه ای از او دفاع کردم که می ترسم گنهکار شده باشم». (نهج البلاغه، خطبه 240).
یک نوبت مردم آمدند به حضورش و خواهش کردند به نمایندگی آنها برود پیش عثمان مطالب و خواسته های آنها را بگوید، حضرت بعد از نصیحتهای زیادی که به عثمان کرد به او فرمود: «و انی انشدک الله الا تکون امام هذه الامة المقتول، فانه کان یقال: یقتل فی هذه الامة امام یفتح علیها القتل و القتال الی یوم القیمة، و یلبس امورها علیها، و یبث الفتن فیها. .. فلا تکونن لمروان سیقة یسوقک حیث شاء بعد جلال السن و تقضی العمر؛ و من تو را به خدا سوگند می دهم مبادا پیشوای مقتول این امت باشی، زیرا پیش از این می گفتند: در این امت پیشوایی کشته می گردد که در کشت و کشتار را تا روز قیامت بر این امت می گشاید، و کارهایشان را بر آنان مشتبه می سازد، و فتنه ها را در میان آنان می پراکند.... پس در این سنین بالای پیری و سپری شدن عمر بازیجه دست مروان مشو که تو را به سان چهارپای غارت شده به هر سو که خواهد براند» عثمان در جواب گفت: «کلم الناس فی ان یوجلونی حتی اخرج الیهم ن مظالمهم؛ با مردم سخن بگو تا مرا مهلت دهند تا ستم هایی را که به آنان شده جبران کنم» (نهج البلاغه، خطبه 164). امام فرمود: مهلتی لازم نیست، آنهایی که در مدینه هستند که مهلت لازم ندارند، آنها هم که در سایر نقاط می باشند مهلتشان همین است که دستور تو به آنها ابلاغ شود. ولی بعد مروان و دیگران آمدند و به عثمان گفتند اگر جواب مثبت به خواسته های مردم بدهی مردم جری می شوند و کار تو مشکلتر خواهد شد. مروان گفت: «والله لاقامة علی خطیة تستغفر الله منها اجمل من توبة تخوف علیها؛ یعنی ادامه تو بر گناه و بعد استغفار کردن، از توبه ای که روی تهدید مردم و تسلیم به خواسته های مردم باشد بهتر است».
بالاخره روز به روز بر مشکلات امر افزوده شد تا عثمان کشته شد، مردم مدینه آنهایی که از دست مظالم عمال و حکام گذشته به تنگ آمده بودند بالاتفاق آمدند و از علی (ع) خواستار قبول زعامت شدند و به قدری اصرار و ازدحام و اظهار رضایت کردند که خودش می فرماید چیزی نمانده بود فرزندانم زیر دست و پای مردم پامال شوند.
در یکی از خطبه های نهج البلاغه می فرماید: «و بسطتم یدی فکففتها، و مددتموها فقبضتها، ثم تداککتم علی تداک الابل الهیم علی حیاضها یوم وردها، حتی انقطعت النعل، و سقط الرداء، و وطی الضعیف، و بلغ من سرور الناس ببیعتهم ایای ان ابتهج بها الصغیر، و هدج الیها الکبیر، و تحامل نحوها العلیل، و حسرت الیها الکعاب؛ مشتم را گشودید و من بستم، و دستم را کشیدید و من جمع کردم، آن گاه به سان شتران تشنه ای که روز آبیاری بر سر گودال های آب ازدحام کنند بر سرم ازدحام کردید، به طوری که بند کفشم پاره شد، و عبا از دوشم افتاد، و افراد ناتوان پایمال شدند، و شادمانی مردم از بیعت با من به آنجا رسید که کودکان خوشحال شدند، و سالخوردگان با پاهای لرزان به سوی آن شتافتند، و بیماران به سختی خود را به آن رساندند، و دوشیزگان جوان بی نقاب به صحنه آمدند» (نهج البلاغه، 229). در یک همچو شرایطی علی (ع) زمام امور را به دست گرفت.